Στις παραμονές του ξεσπάσματος του Β' Παγκοσμίου Πολέμου, το αντιαποικιακό συναίσθημα αναβλύζει σε όλη τη Νοτιοανατολική Ασία. Κατά τη διάρκεια του πολέμου, ο ιαπωνικός αυτοκρατορικός στρατός διέσχισε με γοργούς ρυθμούς την περιοχή. Ενώ ορισμένοι ντόπιοι μπορεί να ήταν αρχικά αισιόδοξοι για την εκδίωξη των Ευρωπαίων ιμπεριαλιστών, οι Ιάπωνες αποδείχθηκαν βάναυσοι κυβερνήτες- εκατομμύρια στρατολογήθηκαν σε σκληρή εργασία. Σε μια προσπάθεια να κερδίσουν την τοπική συνεργασία, οι Ιάπωνες φούντωσαν τη φλόγα της δυτικής δυσαρέσκειας- ως ακούσια συνέπεια, στο τέλος του πολέμου, όταν οι Ιάπωνες αποσύρθηκαν και οι Ευρωπαίοι επέστρεψαν, το εθνικιστικό συναίσθημα ήταν όχι μόνο υψηλό αλλά και οργανωμένο.
Η μία μετά την άλλη, οι πρώην αποικίες κέρδισαν ή κέρδισαν την ανεξαρτησία τους, μόνο και μόνο για να αντιμετωπίσουν νέες προκλήσεις: ταραχοποιοί, αντάρτες μειονοτήτων και κομμουνιστές αντάρτες - που συχνά δρούσαν με την υποκίνηση των δυνάμεων του Ψυχρού Πολέμου, της Κίνας, της Σοβιετικής Ένωσης και των ΗΠΑ - συχνά υπονόμευαν τη σταθερότητα.
Το Βιετνάμ, μετά την απελευθέρωσή του από τους Γάλλους, διχοτομήθηκε αρχικά στα δύο, με το βόρειο τμήμα να ανήκει στον ηγέτη της αντίστασης και μαρξιστή Χο Τσι Μινχ και το νότιο τμήμα στον αντικομμουνιστή Νγκο Ντινχ Ντιέμ. Οι ΗΠΑ φοβήθηκαν ένα κομμουνιστικό Βιετνάμ και επενέβησαν - αρχικά κρυφά και στη συνέχεια με ολοκληρωτικό πόλεμο - για να ματαιώσουν τις προσπάθειες του Βορρά να ενώσει τη χώρα υπό κομμουνιστική κυριαρχία. Ο Βορράς κέρδισε, αλλά μόνο μετά από καταστροφικές απώλειες και στις δύο πλευρές.
Εν τω μεταξύ, ένας σκιώδης πόλεμος λάμβανε χώρα στην Καμπότζη και το Λάος, καθώς τα αμερικανικά βομβαρδιστικά προσπαθούσαν να ξεριζώσουν τους Βιετναμέζους κομμουνιστές αντάρτες χρησιμοποιώντας το πέρασμα μέσω των γειτόνων του Βιετνάμ. Η Καμπότζη διαλύθηκε σε εμφύλιο πόλεμο και οι Ερυθροί Χμερ κατέλαβαν την εξουσία. Το νέο καθεστώς, υπό τον Πολ Ποτ, φιλοδοξούσε να δημιουργήσει μια εθνοτικά χμερ, αγροτική κομμουνιστική κοινωνία. Μεγάλος αριθμός του πληθυσμού - περίπου 1,5 εκατομμύριο Καμποτζιανοί (20% του πληθυσμού) - σκοτώθηκε σε εκκαθαρίσεις πριν οι βιετναμέζικες δυνάμεις βάλουν τέλος στη σκληρή και τρομακτική τετραετή βασιλεία των Ερυθρών Χμερ το 1979.
Οι αντικομμουνιστικές εκκαθαρίσεις στην Ινδονησία τη δεκαετία του 1960 είχαν ως αποτέλεσμα εκατοντάδες χιλιάδες νεκρούς και τη δικτατορία του Σουχάρτο που διήρκεσε τρεις δεκαετίες. Ένα πραξικόπημα του 1962 εγκαινίασε μισό αιώνα σχεδόν αδιάλειπτης στρατιωτικής διακυβέρνησης στη Μιανμάρ. Στην Ταϊλάνδη έχουν γίνει δώδεκα στρατιωτικά πραξικοπήματα από το 1932. Η Μαλαισία και ιδιαίτερα η Σιγκαπούρη χαιρετίζονται ως οι μεταπολεμικές επιτυχίες της περιοχής, αν και η τάξη συχνά διατηρήθηκε εις βάρος των πολιτικών ελευθεριών, μέσω νόμων κατά της μετανάστευσης και περιορισμών στις ελευθερίες του Τύπου.