Το Εθνικό Πανεπιστήμιο του Αγίου Μάρκου ιδρύθηκε στις 12 Μαΐου 1551, στη Λίμα (
Περού), ως "Real Universidad de la Ciudad de los Reyes" (Πραγματικό Πανεπιστήμιο της Πόλης των Βασιλέων), από τον αυτοκράτορα Κάρολο Α΄ της
Ισπανίας. Ήταν το πρώτο πανεπιστήμιο που ιδρύθηκε επίσημα (με βασιλικό διάταγμα) στην
αμερικανική ήπειρο. Ο πρώτος πρύτανης του ήταν ο Juan Bautista de la Roca. Κατά τη διάρκεια των πρώτων χρόνων του ήταν μοναστικό ίδρυμα. Ο Pedro Fernández Valenzuela ήταν ο πρώτος κοσμικός πρύτανης του το 1571. Στις 17 Σεπτεμβρίου 1574, εξελέγη το όνομα του ευαγγελιστή "San Marcos" (Άγιος Μάρκος) ως το επίσημο όνομα για το κύριο πανεπιστήμιο του Αντιβασιλέα του Περού.
Το Πανεπιστήμιο του San Marcos ξεκίνησε τις τάξεις του με τις σπουδές της θεολογίας και των τεχνών, ενώ μετά από μερικά χρόνια εισήχθησαν οι σπουδές του δικαίου και της ιατρικής. Ο αντιβασιλέας του Περού Φρανσίσκο ντε Τολέδο βοήθησε στην εκκοσμίκευση του πανεπιστημίου, οπότε ήταν δυνατή η επιλογή θρησκευτικού ή κοσμικού προσώπου ως πρύτανη. Κατά τη διάρκεια του 18ου αιώνα, πολλοί Λατινοαμερικανοί διανοούμενοι από το Πανεπιστήμιο του San Marcos άρχισαν να ασκούν κριτική στο αποικιακό σύστημα. Το San Marcos και τα κολέγια San Carlos και San Fernando (μετά την ενσωμάτωσή τους στο πανεπιστήμιο) παρακολουθούνταν από τον Αντιβασιλέα.
Κατά τη διάρκεια της χειραφέτησης, το πανεπιστήμιο ήταν πολύ σημαντικό πρόσωπο για τα κινήματα ανεξαρτησίας. Το πρώτο συντακτικό συνέδριο του Περού έλαβε χώρα στο παρεκκλήσι του Πανεπιστημίου San Marcos το 1822. Κατά τη διάρκεια του 19ου αιώνα το πανεπιστήμιο επέστρεψε στο τοπικό του, γνωστό ως "Casona", δίπλα στο πανεπιστημιακό πάρκο. Μέχρι το 1946, το πανεπιστήμιο ονομαζόταν συνήθως Πανεπιστήμιο της Λίμα, στη συνέχεια, εκείνο το έτος επισημοποιήθηκε η ονομασία του ως "Universidad Nacional Mayor de San Marcos" (Εθνικό Πανεπιστήμιο του San Marcos). Το 1951, εγκαινιάστηκε το Στάδιο του Πανεπιστημίου του Σαν Μάρκος, στο πλαίσιο των εορτασμών για την 400ή επέτειο του.
Σήμερα, το Πανεπιστήμιο του San Marcos διαθέτει 20 σχολές και 62 ακαδημαϊκές σχολές, και είναι το μοναδικό πανεπιστήμιο του Περού που προσφέρει σπουδές στους κύριους τομείς της γνώσης (σύμφωνα με τα κριτήρια της UNESCO). Το San Marcos θεωρείται ως το κύριο πανεπιστήμιο του Περού λόγω της σημαντικής συμμετοχής του κατά τη διάρκεια της ιστορίας του Περού και των αξιόλογων αποφοίτων και καθηγητών του. Είναι το μοναδικό πανεπιστήμιο του Περού με έναν νομπελίστα, τον Mario Vargas Llosa, μεταξύ των αποφοίτων του.