Η αρχιτεκτονική του μικροελεγκτή AVR αναπτύχθηκε από την Atmel το 1996. Βασίζεται στην αρχιτεκτονική του μικροελεγκτή Harvard. Ο AVR ήταν μία από τις πρώτες οικογένειες μικροελεγκτών που χρησιμοποίησαν μνήμη flash on-chip για την αποθήκευση του προγράμματος, σε αντίθεση με την προγραμματιζόμενη ROM μιας χρήσης, την EPROM ή την EEPROM που χρησιμοποιούσαν άλλοι μικροελεγκτές εκείνη την εποχή.

Πολλοί πιστεύουν ότι το AVR σημαίνει Risc processor των Alf (Egil Bogen) και Vegard (Wollan)".

Αυτή η αρχιτεκτονική αντικαθιστά την παλαιότερη αρχιτεκτονική MCS-51. Ένας κύκλος μηχανής του MCS-51 διαρκεί 12 κύκλους ρολογιού και οι περισσότερες εντολές εκτελούνται σε έναν κύκλο μηχανής.

Οι μικροελεγκτές AVR (MCU) μπορούν να εκτελέσουν τις περισσότερες εντολές σε έναν μόνο κύκλο μηχανής, αλλά ένας κύκλος μηχανής διαρκεί μόνο έναν κύκλο ρολογιού. Η απόδοση ανά κύκλο ρολογιού είναι 12 φορές υψηλότερη με τον AVR.

Ο πυρήνας διαθέτει 32 καταχωρητές γενικού σκοπού που συνδέονται απευθείας με την ALU. Επιτρέπει την πρόσβαση σε δύο ανεξάρτητους καταχωρητές και την εκτέλεση εντολών με αυτούς σε έναν κύκλο μηχανής.