Ο Μάναφορτ τελεί υπό έρευνα από πολλές ομοσπονδιακές υπηρεσίες. Το Ομοσπονδιακό Γραφείο Ερευνών (FBI) φέρεται να έχει ενεργή ποινική έρευνα εναντίον του από το 2014 σχετικά με επιχειρηματικές συναλλαγές στην Ουκρανία. Είναι επίσης πρόσωπο ενδιαφέροντος στην έρευνα του FBI για την αντικατασκοπεία που ερευνά τη ρωσική ανάμιξη στις εκλογές του 2016 στις Ηνωμένες Πολιτείες, υπό τον Ρόμπερτ Μιούλερ.
Σύλληψη
Στις 30 Οκτωβρίου 2017, ο Μάναφορτ παραδόθηκε στο FBI μετά την είδηση ότι ομοσπονδιακό σώμα ενόρκων του απήγγειλε κατηγορίες. Κατηγορούσαν τον Μάναφορτ για συνωμοσία κατά των Ηνωμένων Πολιτειών, συνωμοσία για ξέπλυμα χρήματος, μη υποβολή αναφορών για ξένους τραπεζικούς και χρηματοοικονομικούς λογαριασμούς, μη εγγεγραμμένος πράκτορας ξένου εντολέα, ψευδείς και παραπλανητικές δηλώσεις FARA και ψευδείς δηλώσεις.
Στις 15 Ιουνίου 2018, η εγγύηση του Μάναφορτ ανακλήθηκε και οδηγήθηκε στη φυλακή λόγω των κατηγοριών για παρακώλυση της δικαιοσύνης και παραποίηση μαρτύρων που φέρεται να συνέβησαν ενώ βρισκόταν σε κατ' οίκον περιορισμό. Δήλωσε αθώος σε αυτές τις πρόσθετες κατηγορίες και από τον Ιούνιο του 2018 αναμένει επί του παρόντος τη δίκη του.
Καταδίκη
Την Τρίτη, 21 Αυγούστου 2018, ο Μάναφορτ καταδικάστηκε για πέντε κατηγορίες φορολογικής απάτης, δύο κατηγορίες τραπεζικής απάτης και μία κατηγορία για μη αναφορά ξένων τραπεζικών λογαριασμών. Συνολικά, οι ένορκοι καταδίκασαν τον Μάναφορτ για 8 από τις 18 κατηγορίες που τον βάρυναν και δήλωσαν ότι δεν κατέληξαν σε αδιέξοδο για τις υπόλοιπες 10 κατηγορίες (ο δικαστής της περιφέρειας των ΗΠΑ T. S. Ellis III κήρυξε κακοδικία για τις κατηγορίες αυτές).
