Ο Σάντσο ΣΤ' κληρονόμησε ένα αποδυναμωμένο βασίλειο, αντικείμενο συχνών επιδρομών από το Βασίλειο της Καστίλης του Αλφόνσου Ζ' και από την κομητεία της Βαρκελώνης του Ραμόν Μπερενγκέρ Δ', επίσης βασιλιά της Αραγωνίας, ο οποίος το 1140 είχε συμφωνήσει τον διαχωρισμό του βασιλείου με τη συνθήκη του Καρριόν.
Προσπάθησε να αποκαταστήσει τα σύνορα του βασιλείου του, τα οποία είχαν μειωθεί από τις συνθήκες του Tudején και του Carrión, τις οποίες είχε αναγκαστεί να υπογράψει με την Καστίλη και την Αραγονία στις αρχές της βασιλείας του. Με τη Συμφωνία της Σόρια, η Καστίλη επιβεβαιώθηκε τελικά στην κατοχή των κατακτημένων εδαφών. Μπροστά σε μια πιθανή στρατιωτική κατάληψη από την Καστίλη περαιτέρω δυτικών περιοχών της Ναβαρράς, ο Σάντσο ΣΤ' επιβεβαίωσε εκ νέου τη βασιλική εξουσία ιδρύοντας αρκετές πόλεις το 1181, μεταξύ άλλων το Σαν Σεμπαστιάν, τη Βιτόρια και το Τρεβίνιο.
Ήταν εχθρικός προς τον κόμη Ραϋμόνδο Μπερενγκάρ Δ΄ της Βαρκελώνης, αλλά ο γιος του Ραϋμόνδου, ο βασιλιάς Αλφόνσο Β΄ της Αραγωνίας, μοιράστηκε μαζί του τα εδάφη που είχε πάρει από τη Μούρθια με τη συνθήκη της Σανγκουέσα το 1168. Το 1190, οι δύο γείτονες υπέγραψαν και πάλι στο Μπόρχα σύμφωνο αμοιβαίας προστασίας από την καστιλιάνικη επέκταση.
Πέθανε στις 27 Ιουνίου 1194, στην Παμπλόνα, όπου είναι θαμμένος.
