Στην ταινία Neon Genesis Evangelion New Theatrical Version (επίσης γνωστή ως Rebuild of Evangelion), ο Kaworu παίζει ελαφρώς μεγαλύτερο ρόλο. Εμφανίζεται για πρώτη φορά κοντά στο τέλος του 1.0: Είσαι (όχι) μόνος, ξυπνάς σε ένα φέρετρο στο φεγγάρι. Στη συνέχεια σηκώνεται και κοιτάζει τη γη, σχολιάζοντας ότι "ο Τρίτος δεν έχει αλλάξει" και ότι ανυπομονεί να τον συναντήσει (τον Shinji Ikari).
Στο 2.0: Μπορείτε (όχι) να προχωρήσετε, ο Gendo Ikari και ο Kozo Fuyutsuki επισκέπτονται τη σεληνιακή βάση του Seele για να παρατηρήσουν την κατασκευή της Μονάδας 06 και βλέπουν τον Kaworu να κάθεται στο δάχτυλο της Μονάδας 06, φορώντας μόνο ένα παντελόνι. Ο Kaworu φαίνεται να απευθύνεται στον Gendo ως "Πατέρα", αν και είναι άγνωστο αν το εννοούσε κυριολεκτικά ή μεταφορικά. Ο Kaworu φαίνεται επίσης για λίγο να φοράει μια φόρμα, ακόμα στο φεγγάρι, ενώ η Mari Illustrious Makinami ετοιμάζεται να πολεμήσει τον Zeruel στο Geofront. Η τελευταία του εμφάνιση στο 2.0 είναι στο τέλος της ταινίας, μετά τους τίτλους τέλους. Αυτό που πιθανώς είναι μια λόγχη του Longinus εκσφενδονίζεται προς τη γη και καταλήγει να καρφώνει τη Μονάδα 01, σταματώντας την Τρίτη Σύγκρουση. Ο Kaworu εμφανίζεται τότε να κατεβαίνει προς τη γη με τη Μονάδα 06, με ένα ασυνήθιστα θυμωμένο βλέμμα στο πρόσωπό του. Υπόσχεται ότι αυτή τη φορά θα φέρει στον Σίντζι την ευτυχία.
Στην επόμενη ταινία, 3.0: You can (not) redo, ο Kaworu παίζει πολύ μεγαλύτερο ρόλο. Καθώς η Asuka και ο Shinji στη Μονάδα 01 πέφτουν στη γη, ο Kaworu λέει ότι περίμενε τον Shinji. Την επόμενη φορά τον βλέπουμε να παίζει πιάνο στα κεντρικά γραφεία της Nerv, αφού ο Σίντζι μεταφέρεται εκεί από τη Μονάδα 00. Ο πατέρας του Σίντζι αργότερα ενημερώνει τον Σίντζι ότι θα είναι συγκυβερνήτης μιας νέας μονάδας Evangelion, της Μονάδας 13, μαζί με τον Καορού (χωρίς να λέει το όνομα του Καορού). Στη συνέχεια, ο Kaworu καλεί τον Shinji και του ζητάει να παίξει πιάνο. Εκείνος διστάζει στην αρχή, αλλά με την καθοδήγηση του Kaworu οι δυο τους μπορούν να παίξουν ένα ντουέτο μαζί πολύ όμορφα, παρά τον ισχυρισμό του Shinji ότι δεν μπορούσε να παίξει. Ο Kaworu συστήνεται και του λέει ότι είναι και οι δύο παιδιά που τους συνδέει η μοίρα. Ο Kaworu και ο Shinji συνεχίζουν να παίζουν πιάνο μαζί (κάτι που έμμεσα τους βοηθά να συγχρονιστούν για να ενεργοποιήσουν μαζί τη Μονάδα 13 αργότερα), και αρχίζουν να βλέπουν ο ένας τον άλλον ως φίλους, με τον Kaworu να σχολιάζει ότι "πραγματικά γεννήθηκε για να τον συναντήσει" - μια σχεδόν ακριβής φράση από το ρόλο του στην αρχική σειρά. Όταν ο Shinji εκφράζει το φόβο του για το τι συνέβη στα 14 χρόνια που έλειπε, ο Kaworu του δείχνει την καταστροφή της σχεδόν Τρίτης Πρόσκρουσης, τονίζοντας ότι όλα αυτά προκλήθηκαν από τον Shinji, αλλά και διαβεβαιώνοντάς τον ότι "υπάρχει πάντα ελπίδα" και αργότερα λέγοντας στον Shinji ότι μαζί μπορούν να διορθώσουν τα πάντα με τα δύο δόρατα στο Κεντρικό Δόγμα.
Πριν πιλοτάρει τη Μονάδα 13, ο Kaworu αφαιρεί το DSS choker από το λαιμό του Shinji και το τοποθετεί στο δικό του, ώστε ο Shinji να μην φοβάται το θάνατο ενώ ενεργοποιούν τη Μονάδα 13. Αφού κατεβαίνει στο Κεντρικό Δόγμα για να πάρει τα δόρατα, ωστόσο, ο Kaworu συνειδητοποιεί ότι κάτι δεν πάει καλά. Προτρέπει τον Σίντζι να μην πάρει τα δόρατα, αλλά ο Σίντζι κλείνει τον έλεγχο και τα αφαιρεί ούτως ή άλλως. Λίγο μετά από αυτό, ξεκινάει το Fourth Impact και η Μονάδα 13 ξυπνάει. Το DSS choker αρχίζει να ενεργοποιείται και ο Shinji οδηγείται σε απόγνωση με τη γνώση ότι αυτός προκάλεσε το Fourth Impact και ότι ο Kaworu, ίσως ο μοναδικός του φίλος σε αυτό το σημείο, πρόκειται να πεθάνει.
Παρ' όλα αυτά, ο Kaworu ισχυρίζεται ότι ήταν αυτός που έδωσε το έναυσμα για το Fourth Impact, επειδή έγινε ο 13ος Άγγελος. Πριν πεθάνει, ο Kaworu ζητάει συγγνώμη από τον Shinji που δεν μπόρεσε να του φέρει την ευτυχία και υπόσχεται ότι θα ξανασυναντηθούν. Το κολάρο στη συνέχεια πυροδοτείται, αφήνοντας τον Shinji σχεδόν σε κώμα, παρόμοια με την κατάστασή του στην αρχή του End of Evangelion.
