Το καλοκαίρι του 1986, ο Wiles αποφάσισε να αποδείξει το θεώρημα. Οι Gerhard Frey, Jean-Pierre Serre και Ken Ribet είχαν κάνει επιτυχημένη έρευνα τα τελευταία χρόνια. Ο Wiles συνειδητοποίησε ότι μπορούσε να αποδείξει μια περιορισμένη μορφή του θεωρήματος της αρθρωτότητας. Έτσι, αποφάσισε να λύσει αυτό το πρόβλημα. Αυτό έγινε κάπως μυστικά. Το 1993, παρουσίασε την απόδειξή του για πρώτη φορά στο κοινό σε ένα συνέδριο στο Κέιμπριτζ. Τον Αύγουστο του 1993, ωστόσο, αποδείχθηκε ότι η απόδειξη περιείχε ένα κενό. Ο Wiles προσπάθησε να καλύψει αυτό το κενό. Όμως το λάθος που έκανε ήταν πολύ βασικό. Ο Wiles πήρε την κρίσιμη ιδέα για την αποφυγή, αντί να καλύψει αυτό το κενό. Αυτή του ήρθε στις 19 Σεπτεμβρίου 1994. Μαζί με τον πρώην μαθητή του Richard Taylor, δημοσίευσε μια δεύτερη εργασία. Αυτό απέφυγε το λάθος και έτσι ολοκλήρωσε την απόδειξη. Και οι δύο εργασίες δημοσιεύθηκαν το 1995 σε έναν ειδικό τόμο των Annals of Mathematics.