Η ιστορία διαδραματίζεται στο θωρηκτό HMS Indomitable το 1797 κατά τη διάρκεια των Γαλλικών Επαναστατικών Πολέμων. Υπάρχει ένας σύντομος πρόλογος στην αρχή και ένας επίλογος στο τέλος, κατά τη διάρκεια του οποίου ο ηλικιωμένος καπετάνιος αναπολεί την ιστορία που συνέβη πολλά χρόνια νωρίτερα. Η υπόλοιπη όπερα αφηγείται αυτή την ιστορία.
Πρόλογος
Ο καπετάνιος Vere, ένας ηλικιωμένος άνδρας, αναπολεί τη ζωή του και την εποχή του στο ναυτικό. Σκέφτεται τι συνέβη στον Μπίλι Μπαντ μερικά χρόνια νωρίτερα και αισθάνεται θλίψη επειδή δεν μπόρεσε να τον σώσει.
Πράξη 1
Το πλήρωμα του Indomitable εργάζεται στο κατάστρωμα. Εκεί εργάζεται ένας νέος άνθρωπος (ο αρχάριος). Γλιστράει και πέφτει πάνω σε έναν αξιωματικό. Ο νεοσύλλεκτος μαστιγώνεται σκληρά γι' αυτό. Την ίδια στιγμή ένα άλλο μέλος του πληρώματος έρχεται με τρεις νέους που έχουν πιεστεί (εξαναγκαστεί) να έρθουν να εργαστούν στο πλοίο. Ένας από αυτούς τους τρεις άνδρες είναι ο Μπίλι Μπαντ.
Ο Μπίλι Μπαντ είναι πολύ χαρούμενος στη νέα του δουλειά. Συνειδητοποιεί όμως πόσο σκληρά θα του φέρονται. Ο υπεύθυνος του πληρώματος είναι ο Κλάγκαρτ. Είναι ο αρχιπλοίαρχος και είναι πολύ σκληρός. Λέει ότι πιστεύει ότι ο Μπίλι Μπαντ είναι ένας καλός νέος, αν και τραυλίζει. Ο Μπίλι αποχαιρετά με χαρά το πλοίο στο οποίο δούλευε, το οποίο ονομαζόταν Rights of Man. Δεν βλέπει την ειρωνεία στο όνομα αυτού του πλοίου (εκεί είχε τουλάχιστον κάποια δικαιώματα, αλλά τώρα πρόκειται να του φέρονται άσχημα. Η λέξη "αδάμαστος" σημαίνει: "κάτι που δεν μπορεί να νικηθεί"). Στον Κλάγκαρτ δεν αρέσει η συμπεριφορά του Μπίλι και λέει στον Σκουίκ να τον παρακολουθεί προσεκτικά.
Ο δόκιμος επιστρέφει από το μαστίγωμά του. Πονάει τόσο πολύ που δεν μπορεί να περπατήσει. Ο Μπίλι σοκάρεται, αλλά σκέφτεται ότι ο ίδιος δεν θα υποστεί τέτοια μεταχείριση όσο υπακούει στους κανόνες του πλοίου.
Ο Dansker λέει στους νέους άνδρες ότι το παρατσούκλι του καπετάνιου Vere είναι "Starry Vere". Ο Μπίλι πιστεύει ότι πρέπει να είναι καλός άνθρωπος και του ορκίζεται πίστη, αν και δεν τον έχει δει ακόμα. Στην τετράπρακτη εκδοχή ο καπετάνιος Vere έρχεται στο κατάστρωμα και ενθαρρύνει τους άνδρες να τα πάνε καλά στη μάχη.
Πράξη 2
Στην καμπίνα του, ο καπετάνιος Vere συζητά με τους αξιωματικούς του για τη γαλλική επανάσταση. Συζητούν για τις μεταλλάξεις που συνέβησαν στο βρετανικό ναυτικό. Οι αξιωματικοί λένε ότι ο Μπίλι μπορεί να προκαλέσει προβλήματα, αλλά ο Βερ πιστεύει ότι οι άνδρες του είναι όλοι καλοί.
Όταν ο Billy βρίσκει τον Squeak να ψάχνει τα πράγματά του, θυμώνει και ο τραυλισμός του χειροτερεύει. Χτυπάει τον Σκουίκ στο έδαφος. Ο Κλάγκαρτ φαίνεται να είναι με το μέρος του Μπίλι και έτσι δεν τιμωρείται. Ωστόσο, ο Κλάγκαρτ θέλει να γίνει κακός με τον Μπίλι. Δίνει κάποια χρήματα στον Νοικοκύρη και του λέει ότι πρέπει να πείσει τον Μπίλι να ξεκινήσει ανταρσία και ότι πρέπει να δώσει στον Μπίλι τα χρήματα ως δωροδοκία. Ο Νοβίκος δεν τολμά να αρνηθεί. Ο Μπίλι αρνείται τη δωροδοκία και νομίζει ότι θα ανταμειφθεί, αλλά ο Ντάνσκερ τον προειδοποιεί ότι ο Κλάγκαρτ είναι επικίνδυνος. Ο Μπίλι είναι πολύ αφελής για να καταλάβει τι λέει ο Ντάνσκερ. Τραγουδούν ένα ντουέτο στο οποίο ο Μπίλι τραγουδάει πόσο υπέροχη είναι η ζωή στο πλοίο και ο Ντάνσκερ προσπαθεί να προειδοποιήσει τον Μπίλι για τον Κλάγκαρτ: "Ο Τζέμι-πόδαρος είναι κάτω από τα πόδια σου".
Πράξη 3
Ο Claggart αρχίζει να λέει στον Vere ότι ο Billy θα μπορούσε να προκαλέσει προβλήματα, αλλά διακόπτεται όταν βλέπει ένα γαλλικό πλοίο. Το Indomitable επιτίθεται, αλλά χάνει τον εχθρό από τα μάτια του μέσα στην ομίχλη. Ο Claggart επιστρέφει και λέει στον Vere ότι ο Billy αποτελεί απειλή ανταρσίας. Ο Vere δεν τον πιστεύει και στέλνει για τον Billy ώστε ο Claggart να του μιλήσει.
Αργότερα, στην καμπίνα του Vere, ο Claggart επαναλαμβάνει την ψευδή κατηγορία παρουσία του Billy. Για άλλη μια φορά, ο Μπίλι αρχίζει να τραυλίζει επειδή είναι τόσο θυμωμένος. Μη μπορώντας να μιλήσει, χτυπάει τον Κλάγκαρτ και τον σκοτώνει. Ο καπετάνιος πρέπει να συγκεντρώσει τους αξιωματικούς. Αποφασίζουν ότι ο Μπίλι είναι ένοχος και τον καταδικάζουν σε απαγχονισμό. Ο Μπίλι ικετεύει τον Βιρ να τον σώσει και οι αξιωματικοί τον ρωτούν τι πρέπει να κάνουν, αλλά ο Βιρ σιωπά. Μπαίνει στην καμπίνα όπου κρατείται ο Μπίλι. Η μουσική υποδηλώνει ότι ο καπετάνιος λέει στον Μπίλι για τη θανατική του καταδίκη.
Πράξη 4
Ο Ντάνσκερ φέρνει στον Μπίλι ένα ποτό. Του λέει ότι το πλήρωμα είναι πρόθυμο να στασιάσει για χάρη του, αλλά ο Μπίλι αποδέχεται τη μοίρα του. Νωρίς το πρωί το πλήρωμα συγκεντρώνεται στο κατάστρωμα και ο Μπίλι εκτελείται. Λίγο πριν πεθάνει εξυμνεί τον Vere, τραγουδώντας: "Starry Vere, God Bless you!", και το υπόλοιπο πλήρωμα επαναλαμβάνει τα λόγια του.
Επίλογος
Ο Vere, ως γέρος, θυμάται την ταφή του Billy στη θάλασσα. Σκέφτεται πώς ο νεαρός άνδρας τον είχε ευλογήσει καθώς πέθαινε, και συνειδητοποιεί ότι αυτό ήταν πραγματική καλοσύνη. Ο Vere είναι πλέον σε ειρήνη με τον εαυτό του. Η ορχήστρα σταματά να παίζει και η φωνή του Vere ακούγεται καθώς τα φώτα σβήνουν.
