Λίγους μήνες μετά την εκλογή του, το χρηματιστήριο κατέρρευσε και άρχισε η Μεγάλη Ύφεση.
Σε αντίθεση με τον Andrew Mellon και τον Calvin Coolidge που πίστευαν ότι η ομοσπονδιακή κυβέρνηση θα έπρεπε να κρατήσει τα χέρια της μακριά από την οικονομία, ο Herbert Hoover πίστευε ότι κάποια δράση της ομοσπονδιακής κυβέρνησης είναι απαραίτητη.
Ενώ αντιτάχθηκε σε ένα κράτος πρόνοιας που θα έδινε χρήματα σε ανθρώπους που δεν κάνουν τίποτα, ήθελε να δημιουργήσει θέσεις εργασίας μέσω διαφόρων κυβερνητικών προγραμμάτων, συμπεριλαμβανομένης της κατασκευής ενός τεράστιου φράγματος που αργότερα θα ονομαζόταν φράγμα Χούβερ.
Η ομοσπονδιακή κυβέρνηση εισέπραττε λιγότερα χρήματα από φόρους λόγω της κακής οικονομίας και η κυβέρνηση ξόδευε περισσότερα χρήματα από όσα έπαιρνε, οπότε ο Χούβερ προσπάθησε να αυξήσει τα έσοδα της κυβέρνησης για να εξισορροπήσει τον προϋπολογισμό. Υπέγραψε τον νόμο περί εσόδων του 1932, ο οποίος ήταν μια μεγάλη αύξηση της φορολογίας. Υπέγραψε επίσης τη μεγαλύτερη αύξηση των δασμών (φόρος στα αγαθά που διακινούνται μεταξύ ξένων χωρών και των Ηνωμένων Πολιτειών) στην αμερικανική ιστορία, η οποία επιδείνωσε τη Μεγάλη Ύφεση, παρόλο που 1000 οικονομολόγοι τον προειδοποίησαν να μην το υπογράψει.
Ο Χούβερ αρνήθηκε να δώσει τα υποσχεθέντα χρήματα συνταξιοδότησης στους φτωχούς βετεράνους του Α' Παγκοσμίου Πολέμου (που ονομάστηκαν Bonus Army) νωρίτερα από ό,τι είχε συμφωνηθεί, οπότε αυτοί κατέβηκαν σε απεργία. Ο Χούβερ διέταξε τον στρατό των Ηνωμένων Πολιτειών να τους αναγκάσει να φύγουν. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα μια αιματηρή σύγκρουση που έπληξε τη φήμη του Χούβερ.
Ο Χούβερ δεν ήταν χαρισματικός και δεν επικοινωνούσε καλά με τους ανθρώπους, γεγονός που έκανε πολλούς ανθρώπους να τον θεωρούν κακοπροαίρετο.
Ο Χούβερ υποστήριξε την πολύ αντιδημοφιλής απαγόρευση του αλκοόλ και δεν ήθελε να καταστήσει το αλκοόλ νόμιμο.
Ενώ ο Χούβερ υποστήριζε κάποια κυβερνητική εμπλοκή στην οικονομία, ήταν αντίθετος με το New Deal του Φραγκλίνου Ρούσβελτ, επειδή πίστευε ότι απαιτούσε υπερβολική κυβερνητική εμπλοκή στην οικονομία.
Λόγω της αποτυχίας του να διορθώσει τη Μεγάλη Ύφεση, έχασε τις εκλογές του 1932 από τον Φραγκλίνο Ρούσβελτ.
