Εχθρότητα μεταξύ της Μαργαρίτας και του Δούκα του Γιορκ
Αφού αποσύρθηκε από το Λονδίνο για να ζήσει πλουσιοπάροχα στο Γκρίνουιτς, η Μαργαρίτα ασχολήθηκε με τη φροντίδα του νεαρού γιου της και δεν έδειξε κανένα σημάδι πολιτικής βούλησης μέχρι που πίστεψε ότι ο σύζυγός της απειλούνταν με εκθρόνιση από τον φιλόδοξο Ριχάρδο της Υόρκης, 3ο Δούκα της Υόρκης, ο οποίος, προς μεγάλη της απογοήτευση, είχε διοριστεί Λόρδος Προστάτης ενώ ο Ερρίκος ήταν διανοητικά ανίκανος από το 1453 έως το 1454. Ο δούκας ήταν ένας αξιόπιστος διεκδικητής του αγγλικού θρόνου και μέχρι το τέλος της προστασίας του υπήρχαν πολλοί ισχυροί ευγενείς και συγγενείς έτοιμοι να υποστηρίξουν τη διεκδίκησή του. Ο δούκας της Υόρκης ήταν ισχυρός- οι σύμβουλοι του Ερρίκου διεφθαρμένοι- ο ίδιος ο Ερρίκος έμπιστος, εύπλαστις και όλο και πιο ασταθής- η Μαργαρίτα προκλητικά αντιδημοφιλής, βλοσυρά και γενναία αποφασισμένη να διατηρήσει το αγγλικό στέμμα για τους απογόνους της. Ωστόσο, τουλάχιστον ένας μελετητής εντοπίζει την πηγή της ενδεχόμενης πτώσης των Λανκαστρίων όχι τόσο στις φιλοδοξίες του Γιορκ όσο στην κακώς εννοούμενη έχθρα της Μαργαρίτας προς τον Γιορκ και στην υπερβολική της επιείκεια σε αντιδημοφιλείς συμμάχους. Παρ' όλα αυτά, η βασίλισσα Μαργαρίτα ήταν μια ισχυρή δύναμη στον κόσμο της πολιτικής. Ο βασιλιάς Ερρίκος ήταν στόκος στα χέρια της όταν ήθελε να γίνει κάτι.
Η βιογράφος της Μαργαρίτας Helen Maurer, ωστόσο, διαφωνεί με τους παλαιότερους ιστορικούς που έχουν χρονολογήσει την πολυδιαφημισμένη εχθρότητα μεταξύ της βασίλισσας και του Γιορκ στην εποχή που εκείνος απέκτησε το αξίωμα του προστάτη. Υποστηρίζει ότι ο αμοιβαίος ανταγωνισμός προέκυψε δύο χρόνια αργότερα, το 1455, στον απόηχο της Πρώτης Μάχης του Σεντ Άλμπανς, όταν η Μαργαρίτα τον αντιλήφθηκε ως πρόκληση για την εξουσία του βασιλιά. Η Maurer βασίζει αυτό το συμπέρασμα σε μια συνετή μελέτη του τρόπου παρουσίασης των δώρων από τη Μαργαρίτα- αυτή αποκάλυψε ότι η Μαργαρίτα φρόντιζε να αποδείξει ότι ευνοούσε εξίσου τόσο τον Γιορκ όσο και τον Έντμουντ Μπόφορτ (Σόμερσετ) στις αρχές της δεκαετίας του 1450. Ο Μάουρερ ισχυρίζεται επίσης ότι η Μαργαρίτα φάνηκε να αποδέχεται την προστασία του Γιορκ και υποστηρίζει ότι δεν υπάρχουν ουσιαστικά στοιχεία που να στηρίζουν τη μακροχρόνια πεποίθηση ότι ήταν υπεύθυνη για τον αποκλεισμό των Γιορκιστών από το Μεγάλο Συμβούλιο μετά την ανάκαμψη του Ερρίκου (βλ. παρακάτω).
Ο αείμνηστος ιστορικός Paul Murray Kendall, από την άλλη πλευρά, υποστήριξε ότι οι σύμμαχοι της Μαργαρίτας, ο Έντμουντ Μπόφορτ (Σόμερσετ) και ο Γουίλιαμ ντε λα Πόλε, τότε κόμης του Σάφολκ, δεν δυσκολεύτηκαν να την πείσουν ότι ο Γιορκ, μέχρι τότε ένας από τους πιο έμπιστους συμβούλους του Ερρίκου ΣΤ', ήταν υπεύθυνος για την αντιδημοτικότητά της και ήδη πολύ ισχυρός για να τον εμπιστευτεί κανείς. Η Μαργαρίτα όχι μόνο έπεισε τον Ερρίκο να ανακαλέσει τον Γιορκ από τη θέση του κυβερνήτη στη Γαλλία και να τον εξορίσει αντ' αυτού στην Ιρλανδία, αλλά επιχείρησε επανειλημμένα να τον δολοφονήσει κατά τη διάρκεια των ταξιδιών του από και προς την Ιρλανδία, μία φορά το 1449 και ξανά το 1450. Η κοινή ευθύνη του Edmund Beaufort (Somerset) και του Suffolk για τη μυστική παράδοση του Maine το 1448 και στη συνέχεια η επακόλουθη καταστροφική απώλεια της υπόλοιπης Νορμανδίας το 1449 έφερε τη Μαργαρίτα και την αυλή του Ερρίκου αντιμέτωπη με ταραχές, εξεγέρσεις των μεγιστάνων και εκκλήσεις για την παραπομπή και εκτέλεση των δύο ισχυρότερων συμμάχων της Μαργαρίτας. Θα μπορούσε επίσης να είχε καταστήσει αναπόφευκτη μια τελική μάχη μέχρι θανάτου μεταξύ της Μαργαρίτας και του Οίκου της Υόρκης, καθιστώντας εμφανή την επικίνδυνη δημοτικότητα του Ριχάρδου στα κοινά. Ο Ριχάρδος της Υόρκης, που επέστρεψε με ασφάλεια από την Ιρλανδία το 1450, αντιμετώπισε τον Ερρίκο και έγινε εκ νέου δεκτός ως έμπιστος σύμβουλος. Λίγο αργότερα, ο Ερρίκος συμφώνησε να συγκαλέσει το Κοινοβούλιο για να αντιμετωπίσει τις εκκλήσεις για μεταρρυθμίσεις. Όταν συνεδρίασε το Κοινοβούλιο, τα αιτήματα δεν θα μπορούσαν να είναι λιγότερο αποδεκτά από τη Μαργαρίτα: όχι μόνο παραπέμφθηκαν τόσο ο Έντμουντ Μπόφορτ (Σόμερσετ) όσο και ο Σάφολκ για εγκληματική κακοδιαχείριση των γαλλικών υποθέσεων και ανατροπή της δικαιοσύνης, αλλά κατηγορήθηκε ως έγκλημα κατά του Σάφολκ (που ήταν πλέον δούκας) ότι είχε εναντιωθεί στον βασιλιά εναντίον του δούκα της Υόρκης. Περαιτέρω, τα αιτήματα για μεταρρύθμιση που διατυπώθηκαν περιλάμβαναν την αναγνώριση του δούκα της Υόρκης ως πρώτου συμβούλου του βασιλιά, και ο πρόεδρος των Κοινοτήτων, ίσως με περισσότερη θέρμη παρά σοφία, πρότεινε ακόμη και την αναγνώριση του Ριχάρδου, δούκα της Υόρκης, ως διαδόχου του θρόνου. Μέσα σε λίγους μήνες, ωστόσο, η Μαργαρίτα είχε ανακτήσει τον έλεγχο του Ερρίκου, το Κοινοβούλιο διαλύθηκε, ο απρόσεκτος Πρόεδρος ρίχτηκε στη φυλακή και ο Ριχάρδος της Υόρκης αποσύρθηκε προς το παρόν στην Ουαλία.
Το 1457, το βασίλειο εξοργίστηκε και πάλι όταν ανακαλύφθηκε ότι ο Πιερ ντε Μπρεζέ, ένας ισχυρός Γάλλος στρατηγός και οπαδός της Μαργαρίτας, είχε αποβιβαστεί στις αγγλικές ακτές και είχε κάψει την πόλη Σάντουιτς. Ως επικεφαλής μιας γαλλικής δύναμης 4.000 ανδρών από το Honfleur, είχε ως στόχο να εκμεταλλευτεί το χάος στην Αγγλία. Ο δήμαρχος, John Drury, σκοτώθηκε σε αυτή την επιδρομή. Στη συνέχεια καθιερώθηκε η παράδοση, η οποία επιβιώνει μέχρι σήμερα, ότι ο δήμαρχος του Σάντουιτς φοράει μια μαύρη ρόμπα πενθώντας αυτή την ατιμωτική πράξη. Η Μάργκαρετ, σε συνδυασμό με τον ντε Μπρεζέ, έγινε αντικείμενο κακοήθων φημών και χυδαίων μπαλάντων. Η δημόσια αγανάκτηση ήταν τόσο μεγάλη που η Μαργαρίτα, με μεγάλη απροθυμία, αναγκάστηκε να δώσει στον συγγενή του Δούκα του Γιορκ, Ριχάρδο Νέβιλ, 16ο κόμη του Γουόργουικ, την εντολή να φυλάξει τη θάλασσα για τρία χρόνια. Κατείχε ήδη τη θέση του καπετάνιου του Καλαί.
Ηγέτης της φατρίας των Λανκαστρίων
Οι εχθροπραξίες μεταξύ των αντίπαλων φατριών των Γιορκιστών και των Λάνκαστριαν σύντομα εξελίχθηκαν σε ένοπλη σύγκρουση. Τον Μάιο του 1455, λίγο περισσότερο από πέντε μήνες αφότου ο Ερρίκος ΣΤ' ανάρρωσε από μια κρίση ψυχικής ασθένειας και έληξε η προστασία του Ριχάρδου της Υόρκης, η Μαργαρίτα συγκάλεσε ένα Μεγάλο Συμβούλιο από το οποίο αποκλείστηκαν οι Γιορκιστές. Το Συμβούλιο ζήτησε τη συγκέντρωση των ομότιμων στο Λέστερ για να προστατεύσουν τον βασιλιά "από τους εχθρούς του". Η Υόρκη ήταν προφανώς προετοιμασμένη για σύγκρουση και σύντομα βάδιζε νότια για να συναντήσει τον στρατό των Λανκαστριανών που βάδιζε βόρεια. Οι Λανκαστρινοί υπέστησαν συντριπτική ήττα στην Πρώτη Μάχη του Σεντ Άλμπανς στις 22 Μαΐου 1455. Ο Έντμουντ Μποφόρ (Σόμερσετ), ο κόμης του Νορθάμπερλαντ και ο λόρδος Κλίφορντ σκοτώθηκαν, το Γουίλτσαϊρ εγκατέλειψε το πεδίο της μάχης και ο βασιλιάς Ερρίκος συνελήφθη αιχμάλωτος από τον νικητή δούκα του Γιορκ. Τον Μάρτιο του 1458, μαζί με τον σύζυγό της και κορυφαίους ευγενείς των αντιμαχόμενων παρατάξεων, έλαβε μέρος στην πομπή της Ημέρας της Αγάπης στο Λονδίνο.
Το 1459, οι εχθροπραξίες επαναλήφθηκαν στη μάχη του Blore Heath, όπου ο James Tuchet, 5ος βαρόνος Audley, ηττήθηκε από έναν στρατό των Yorkist υπό τον Richard Neville, 5ο κόμη του Salisbury.