Το υδρογόνο έχει τρία κύρια ισότοπα: το πρωτόνιο (1H), το δευτέριο (2H) και το τρίτιο (3H). Αυτά τα ισότοπα σχηματίζονται φυσικά στη φύση. Το πρίτιο και το δευτέριο είναι σταθερά. Το τρίτιο είναι ραδιενεργό και έχει χρόνο ημιζωής περίπου 12 χρόνια. Οι επιστήμονες έχουν δημιουργήσει άλλα τέσσερα ισότοπα υδρογόνου (4H to7 H), αλλά αυτά τα ισότοπα είναι πολύ ασταθή και δεν υπάρχουν στη φύση.
Τα κύρια ισότοπα του υδρογόνου είναι μοναδικά επειδή είναι τα μόνα ισότοπα που έχουν όνομα. Τα ονόματα αυτά χρησιμοποιούνται ακόμη και σήμερα. Το δευτέριο και το τρίτιο αποκτούν μερικές φορές τα δικά τους σύμβολα, D και T. Ωστόσο, η Διεθνής Ένωση Καθαρής και Εφαρμοσμένης Χημείας δεν συμπαθεί ιδιαίτερα αυτά τα ονόματα, παρόλο που χρησιμοποιούνται συχνά. Υπάρχουν και άλλα ισότοπα που είχαν τα δικά τους ονόματα όταν οι επιστήμονες μελετούσαν τη ραδιενέργεια. Όμως, τα ονόματά τους δεν χρησιμοποιούνται πλέον σήμερα.


