Ο πυρήνας είναι το κέντρο ενός ατόμου. Αποτελείται από νουκλεόνια που ονομάζονται (πρωτόνια και νετρόνια) και περιβάλλεται από το νέφος των ηλεκτρονίων. Το μέγεθος (διάμετρος) του πυρήνα κυμαίνεται από 1,6 fm (10-15 m) (για ένα πρωτόνιο στο ελαφρύ υδρογόνο) έως περίπου 15 fm (για τα βαρύτερα άτομα, όπως το ουράνιο). Τα μεγέθη αυτά είναι πολύ μικρότερα από το μέγεθος του ίδιου του ατόμου κατά έναν παράγοντα από περίπου 23.000 (ουράνιο) έως περίπου 145.000 (υδρογόνο). Αν και αποτελεί μόνο ένα πολύ μικρό μέρος του ατόμου, ο πυρήνας έχει το μεγαλύτερο μέρος της μάζας. Σχεδόν όλη η μάζα ενός ατόμου αποτελείται από τα πρωτόνια και τα νετρόνια του πυρήνα με πολύ μικρή συνεισφορά από τα ηλεκτρόνια που βρίσκονται σε τροχιά.

Τα νετρόνια δεν έχουν φορτίο και τα πρωτόνια είναι θετικά φορτισμένα. Επειδή ο πυρήνας αποτελείται μόνο από πρωτόνια και νετρόνια είναι θετικά φορτισμένος. Τα πράγματα που έχουν το ίδιο φορτίο απωθούνται μεταξύ τους: αυτή η απώθηση είναι μέρος αυτού που ονομάζεται ηλεκτρομαγνητική δύναμη. Αν δεν υπήρχε κάτι άλλο που να συγκρατεί τον πυρήνα μαζί, δεν θα μπορούσε να υπάρξει, επειδή τα πρωτόνια θα απωθούνταν το ένα από το άλλο. Στην πραγματικότητα ο πυρήνας συγκρατείται από μια άλλη δύναμη, γνωστή ως ισχυρή πυρηνική δύναμη.

Η λέξη nucleus προέρχεται από το 1704 και σημαίνει "πυρήνας ενός καρυδιού". Το 1844, ο Michael Faraday χρησιμοποίησε τη λέξη nucleus για να περιγράψει το "κεντρικό σημείο ενός ατόμου". Η σύγχρονη ατομική έννοια προτάθηκε από τον Ernest Rutherford το 1912. Η χρήση της λέξης πυρήνας στην ατομική θεωρία, ωστόσο, δεν έγινε αμέσως. Το 1916, για παράδειγμα, ο Gilbert N. Lewis έγραψε στο διάσημο άρθρο του The Atom and the Molecule ότι "το άτομο αποτελείται από τον πυρήνα και ένα εξωτερικό άτομο ή κέλυφος".