Το 1961, ο Norman Scott (γεν. 12 Φεβρουαρίου 1940), πρώην μοντέλο, γνώρισε τον Thorpe ενώ εργαζόταν ως σταβλίτης. Ισχυρίστηκε ότι αυτός και ο Thorpe είχαν σεξουαλική σχέση μεταξύ 1961 και 1963, όταν οι ομοφυλοφιλικές πράξεις ήταν παράνομες στη Βρετανία.
Οι έρευνες οδήγησαν στο να κατηγορηθούν ο Thorpe και τρεις άλλοι για συνωμοσία με σκοπό τη δολοφονία του Scott. Κατά τη διάρκεια της έρευνας, ένας συλλέκτης όπλων αντίκες, ο Dennis Meighan, ομολόγησε ότι είχε προσληφθεί από έναν εκπρόσωπο ενός προσώπου που ονομαζόταν "ένας κύριος Μεγάλος στο Φιλελεύθερο Κόμμα" για να σκοτώσει τον Σκοτ έναντι 13.500 λιρών. Ο Meighan ισχυρίστηκε αργότερα ότι η προφορική ομολογία του 1975 είχε συντομευθεί σημαντικά όταν του προσφέρθηκε για υπογραφή: "Διάβασα την κατάθεση, η οποία μου έκανε μεγάλη χάρη, αλλά και στον Jeremy Thorpe, γιατί τον άφησε τελείως απ' έξω...".
Το πόρισμα του δικαστή επικρίθηκε ευρέως για την προκατάληψή του και έγινε πρωτοσέλιδο όταν χαρακτήρισε τον Scott "απατεώνα, έναν ικανό ψεύτη... έναν απατεώνα". Οι τέσσερις κατηγορούμενοι αθωώθηκαν στις 22 Ιουνίου 1979. Ο Dennis Meighan δεν κλήθηκε ποτέ να καταθέσει και παρέμεινε σιωπηλός μέχρι το 2014, όταν αναγνώρισε την εμπλοκή του και σχολίασε: "Ήταν μια συγκάλυψη, χωρίς αμφιβολία, αλλά με βόλευε μια χαρά".
Η υπόθεση Scott κατέστρεψε τον Thorpe, ο οποίος παραιτήθηκε από αρχηγός του Φιλελεύθερου Κόμματος και ηττήθηκε στις επόμενες γενικές εκλογές του 1979.