Το SUNY διοικείται από ένα Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο αποτελείται από δεκαέξι μέλη, δεκαπέντε εκ των οποίων διορίζονται από τον Κυβερνήτη, με τη σύμφωνη γνώμη της Γερουσίας της Πολιτείας της Νέας Υόρκης. Το δέκατο έκτο μέλος είναι ο πρόεδρος της Συνέλευσης των φοιτητών του SUNY. Το Διοικητικό Συμβούλιο διορίζει τον Καγκελάριο, ο οποίος εκτελεί χρέη Διευθύνοντος Συμβούλου του SUNY. Η καγκελάριος του SUNY είναι η Nancy L. Zimpher.
Η πολιτεία της Νέας Υόρκης συμβάλλει στη χρηματοδότηση του συστήματος SUNY, το οποίο, μαζί με το CUNY, παρέχει χαμηλότερου κόστους εκπαίδευση σε επίπεδο κολεγίου στους κατοίκους της πολιτείας. Οι φοιτητές του SUNY προέρχονται επίσης από χώρες εκτός της πολιτείας και από 171 χώρες του εξωτερικού. Οι φοιτητές εκτός πολιτείας και οι ξένοι φοιτητές πληρώνουν περισσότερα δίδακτρα από ό,τι οι φοιτητές από την πολιτεία της Νέας Υόρκης. Αν και τα δίδακτρα είναι υψηλότερα για αυτούς τους φοιτητές που δεν είναι κάτοικοι, τα δίδακτρά τους επιδοτούνται από τα δολάρια των φορολογουμένων της Πολιτείας της Νέας Υόρκης.
Για το ακαδημαϊκό έτος 2010-2011, το κόστος των διδάκτρων στα σχολεία του SUNY για ένα προπτυχιακό πτυχίο είναι λιγότερο από τα δύο τρίτα του κόστους των περισσότερων άλλων κρατικών κολεγιακών ιδρυμάτων στις ΗΠΑ.Τα δίδακτρα στο Πολιτειακό Πανεπιστήμιο της Νέας Υόρκης στο Μπάφαλο για ένα προπτυχιακό πτυχίο είναι 7.772,75 δολάρια ανά εξάμηνο ή 15.545,50 δολάρια ανά έτος για τους μη μόνιμους φοιτητές. Τα προπτυχιακά δίδακτρα για φοιτητές που δεν κατοικούν στο Πανεπιστήμιο του Maryland είναι 24.830,44 δολάρια ετησίως. Τα δίδακτρα και τα τέλη στο Πανεπιστήμιο του Όρεγκον για φοιτητές μη κατοίκους είναι 25.830,00 δολάρια ετησίως.
Υπάρχει μεγάλη ποικιλία κολλεγίων στο σύστημα SUNY με κάποια επικάλυψη στις ειδικότητες από χώρο σε χώρο. Το SUNY χωρίζει τις πανεπιστημιουπόλεις του σε τέσσερις διακριτές κατηγορίες: πανεπιστημιακά κέντρα/ιδρυματικά ιδρύματα, πανεπιστημιακά κολέγια, τεχνολογικά κολέγια και κοινοτικά κολέγια. Το SUNY έχει επίσης μια μοναδική σχέση με τα θεσμοθετημένα κολέγια του, η οποία ενσωματώνει τα κρατικά χρηματοδοτούμενα κολέγια σε άλλα ιδρύματα, όπως το Πανεπιστήμιο Cornell και το Πανεπιστήμιο Alfred. Οι σπουδαστές στα θεσμοθετημένα κολέγια έχουν το πλεονέκτημα των επιδοτούμενων από την πολιτεία διδάκτρων, ενώ λαμβάνουν όλες τις ανέσεις της πανεπιστημιακής ζωής των ιδρυμάτων υποδοχής.
Το SUNY και το City University of New York είναι εντελώς διαφορετικά πανεπιστημιακά συστήματα. (Ωστόσο, και τα δύο είναι δημόσια ιδρύματα που λαμβάνουν χρηματοδότηση από την Πολιτεία της Νέας Υόρκης). Επίσης, το SUNY δεν πρέπει να συγχέεται με το Πανεπιστήμιο της Πολιτείας της Νέας Υόρκης (University of the State of New York - USNY), το οποίο είναι ο κυβερνητικός οργανισμός-ομπρέλα για τα περισσότερα ιδρύματα που σχετίζονται με την εκπαίδευση και για πολλούς εργαζόμενους που σχετίζονται με την εκπαίδευση (δημόσιους και ιδιωτικούς) στην Πολιτεία της Νέας Υόρκης και το οποίο περιλαμβάνει, ως συστατικό στοιχείο, το Υπουργείο Παιδείας της Πολιτείας της Νέας Υόρκης.
Εκπροσώπηση των φοιτητών
Στη δεκαετία του 1970, οι φοιτητές ζήτησαν εκπροσώπηση με δικαίωμα ψήφου στα διοικητικά συμβούλια των κολεγίων του SUNY. Το 1971, το Πολιτειακό Νομοθετικό Σώμα πρόσθεσε πέντε μέλη με δικαίωμα ψήφου φοιτητών στο Διοικητικό Συμβούλιο του Cornell. Το 1975, το νομοθετικό σώμα πρόσθεσε μια θέση φοιτητή χωρίς δικαίωμα ψήφου στα συμβούλια όλων των μονάδων του SUNY. Δύο επιστολές γνωμοδότησης του Γενικού Εισαγγελέα της Πολιτείας της Νέας Υόρκης περιόρισαν τα κοινοβουλευτικά δικαιώματα των φοιτητικών μελών να συμμετέχουν στις συνεδριάσεις. Τα έγγραφα αυτά έδειχναν ότι τα φοιτητικά μέλη δεν ήταν στην πραγματικότητα Δημόσιοι Λειτουργοί. Για το λόγο αυτό ο Γενικός Εισαγγελέας δήλωσε ότι οι φοιτητές θα μπορούσαν να οδηγηθούν σε δίκη για τις αποφάσεις τους. Το 1977, μια άλλη νομοθετική τροποποίηση κατέστησε τα φοιτητικά μέλη των συμβουλίων και των επιτροπών του SUNY υποκείμενα στο Νόμο περί Δημοσίων Υπαλλήλων του NYS ή στο Γενικό Δημοτικό Νόμο του NYS και χορήγησε στους εκπροσώπους των φοιτητών κοινοβουλευτικές εξουσίες για την υποβολή ή την υποστήριξη προτάσεων και την τοποθέτηση θεμάτων στην ημερήσια διάταξη των οργάνων. Τέλος, ο νομοθέτης έδωσε πλήρη δικαιώματα ψήφου στα μέλη των φοιτητών το 1979, με αποτέλεσμα οι φοιτητές όλων των μονάδων του SUNY να έχουν εκπροσώπους με δικαίωμα ψήφου, εκτός από το NYS College of Environmental Science and Forestry. Τέλος, το 1986, το νομοθετικό σώμα έδωσε δικαιώματα ψήφου και στον εκπρόσωπο των φοιτητών του εν λόγω κολεγίου.
