Ο Shinya Yamanaka (γεννημένος στις 4 Σεπτεμβρίου 1962 στην Οσάκα) είναι Ιάπωνας γιατρός. Του απονεμήθηκε το βραβείο Νόμπελ Φυσιολογίας ή Ιατρικής για το 2012 μαζί με τον Τζον Γκέρντον. Κέρδισε το Βραβείο Wolf Ιατρικής το 2011 μαζί με τον Rudolf Jaenisch- και το Βραβείο Τεχνολογίας της Χιλιετίας το 2012 μαζί με τον Linus Torvalds.
Ερευνά τα βλαστικά κύτταρα ενηλίκων. Είναι διευθυντής του Κέντρου Έρευνας και Εφαρμογής των κυττάρων iPS και καθηγητής στο Ινστιτούτο Ιατρικών Επιστημών στα Σύνορα του Πανεπιστημίου του Κιότο. Είναι επίσης ανώτερος ερευνητής στα Ινστιτούτα J. David Gladstone που συνδέονται με το UCSF στο Σαν Φρανσίσκο της Καλιφόρνιας και καθηγητής ανατομίας στο Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνιας στο Σαν Φρανσίσκο (UCSF). Ο Γιαμανάκα είναι επίσης ο σημερινός πρόεδρος της Διεθνούς Εταιρείας Έρευνας Βλαστοκυττάρων (ISSCR).