Στο Μπουσάν, υπάρχουν πολλά αντικείμενα που δείχνουν τη ζωή των προγόνων όταν οι Κορεάτες χρησιμοποιούσαν πέτρες για το κυνήγι. Τα περισσότερα απομεινάρια είναι από την αρχή της περιόδου της πέτρινης εποχής και υπάρχουν σωροί από όστρακα γύρω από τα ποτάμια ή τον ωκεανό Dongsam-dong, Yeongseon-dong, Dadae-dong, Amnam-dong, Geumgok-dong και Beombang. Ωστόσο, οι άνθρωποι πιθανότατα ζούσαν στην ύστερη λίθινη εποχή. Κατά την Εποχή του Χαλκού, οι άνθρωποι ζούσαν σε ορισμένα μέρη όπως το Sajik-dong και το Nampo-dong σε αυτή την πόλη, επειδή υπάρχουν πολλά λείψανα σε σύγκριση με εκείνα της Λίθινης Εποχής. Η Εποχή του Χαλκού επηρέασε τον πολιτισμό Γιαγιόι στην Ιαπωνία. Οι άνθρωποι χρησιμοποιούσαν επίσης σίδηρο κατά την Εποχή του Σιδήρου εδώ, επειδή πολύς σίδηρος κατασκευαζόταν στο Μπουσάν. Το βασίλειο Silla ήλεγχε την περιοχή του Μπουσάν, το Μπουσάν ονομάστηκε Geochilsanguk, Geochilsangun και άλλαξε σε Dongnaehyeon. Το Dongnae εξακολουθεί να χρησιμοποιείται ως όνομα της περιοχής στο Μπουσάν.
Στο νότιο τμήμα της Κορέας, που κυριαρχείτο από τη δυναστεία Goryeo, το Busan ελεγχόταν από το σύστημα της Sillla. Στη δυναστεία Τζοσεόν, το λιμάνι του Μπουσάν άνοιξε το 1407 και ήταν μια σημαντική πόλη επειδή βρίσκεται κοντά στην Ιαπωνία. Η κορεατική κυβέρνηση επέτρεψε στους Ιάπωνες να ζουν στο Μπουσάν, επειδή το Μπουσάν ήταν ανοιχτό στο εμπόριο μεταξύ Κορέας και Ιαπωνίας από τον 15ο αιώνα και οι Ιάπωνες έχτισαν σπίτια και κτίρια. Όταν συνέβη ο πόλεμος Imjin, οι Ιάπωνες υπό τον έλεγχο του Toyotomi Hideyoshi εισέβαλαν στην Κορέα το 1592, αφού η δυναστεία Joseon δεν οδήγησε την Ιαπωνία στη δυναστεία Min, η Ιαπωνία είπε ότι χρειαζόταν τον τρόπο να πάει στην Κίνα και να κατακτήσει τη δυναστεία Ming στην Κίνα, αλλά η Ιαπωνία άλλαξε τα λόγια της και επιτέθηκε στην Κορέα. Εκείνη την εποχή, η δυναστεία Χοσέον δεν ήταν προετοιμασμένη για τον πόλεμο. Επομένως, δεδομένου ότι η Κορέα και η δυναστεία Μινγκ είχαν καλή σχέση με την Κίνα, η δυναστεία Μινγκ βοήθησε το Χοσέον να πολεμήσει την Ιαπωνία. Όταν πέθανε ο Τογιοτόμι Χιντεγιόσι, οι Ιάπωνες στρατιώτες έφυγαν από την επαρχία τους επειδή έχασαν τον ήρωά τους και δεν μπορούσαν να πολεμήσουν τόσο με την Κορέα όσο και με την Κίνα.
Δεδομένου ότι το Μπουσάν είναι μια πόλη-λιμάνι, το εμπόριο μεταξύ Κορέας και Ιαπωνίας γινόταν στο Μπουσάν μέχρι το 1876, όταν το Μπουσάν-Πο (λιμάνι) άνοιξε με τη συνθήκη του Κανγκουά. Εκείνη την εποχή, το Μπουσάν ήταν το πρώτο διεθνές λιμάνι. Αργότερα, τα άλλα λιμάνια χρησιμοποιήθηκαν για το εμπόριο επειδή η Ιαπωνία ήθελε να πουλήσει αγαθά και τρόφιμα μέσω του εμπορίου με μια αθέμιτη συμφωνία για το εμπόριο.
Η Ιαπωνία εισέβαλε ξανά και αποίκησε την Κορέα από το 1910 έως το 1945. Στη συνέχεια, η Ιαπωνία ήλεγχε την Κορέα, συμπεριλαμβανομένου του Μπουσάν. Μετά τη λήξη του Β' Παγκοσμίου Πολέμου, η Κορέα χωρίστηκε στη Βόρεια Κορέα, η οποία ελεγχόταν από τη Ρωσία, και στη Νότια Κορέα, η οποία κυβερνιόταν από το Ηνωμένο Κράτος της Αμερικής. Κατά τη διάρκεια του πολέμου της Κορέας, το Μπουσάν ήταν η προσωρινή πρωτεύουσα της Νότιας Κορέας από το 1950 έως το 1953 και μία από τις πόλεις που δεν κατακτήθηκαν από τη Βόρεια Κορέα όταν έγινε ο πόλεμος της Κορέας. Ως εκ τούτου, πολλοί Νοτιοκορεάτες μετακόμισαν στο Μπουσάν από άλλα μέρη. Εκείνη την εποχή, τα στρατεύματα του ΟΗΕ αποβιβάστηκαν στο Μπουσάν και περικύκλωσαν το Μπουσάν για να προστατεύσουν τους Κορεάτες από τους κομμουνιστές και να νικήσουν τη Βόρεια Κορέα και άλλους συμμαχικούς κομμουνιστές στις 30 Ιουνίου 1950. Οι στρατιώτες της Νότιας Κορέας και του ΟΗΕ άρχισαν να πολεμούν με τους Βορειοκορεάτες και τους κομμουνιστές στην Κορέα. Ο πόλεμος της Κορέας συνέβη όταν η κορεατική κυβέρνηση έγινε σε Δημοκρατία της Κορέας και Λαϊκή Δημοκρατία της Κορέας λόγω της πολιτικής ιδεολογίας μετά τον πόλεμο του Ειρηνικού και τον 2ο Παγκόσμιο Πόλεμο. Το 1995, το όνομα της πόλης άλλαξε από Busan City (Jikhalsi) σε Busan Metropolitan City.