Η γενετική σύνδεση συμβαίνει όταν τα αλληλόμορφα σε διαφορετικούς τόπους δεν διαχωρίζονται τυχαία. Ο δεύτερος νόμος του Μέντελ παραβιάζεται έτσι.
Τα γονίδια συνδέονται όταν βρίσκονται στο ίδιο χρωμόσωμα. Τότε τείνουν να παραμένουν μαζί κατά τη διάρκεια της μείωσης. Τα αλληλόμορφα για γονίδια σε διαφορετικά χρωμοσώματα συνήθως δεν συνδέονται, λόγω της ανεξάρτητης διαλογής των χρωμοσωμάτων κατά τη διάρκεια της μαιώσεως.
Υπάρχει κάποια διασταύρωση του DNA κατά τη διάρκεια της μείωσης, όταν τα χρωμοσώματα διαχωρίζονται. Έτσι, τα αλληλόμορφα στο ίδιο χρωμόσωμα μπορούν να διαχωριστούν και να πάνε σε διαφορετικά θυγατρικά κύτταρα. Υπάρχει μεγαλύτερη πιθανότητα να συμβεί αυτό εάν τα αλληλόμορφα βρίσκονται σε μεγάλη απόσταση μεταξύ τους στο χρωμόσωμα, καθώς είναι πιο πιθανό να συμβεί διασταύρωση μεταξύ τους. Η σχετική απόσταση μεταξύ δύο γονιδίων μπορεί να υπολογιστεί χρησιμοποιώντας τους απογόνους ενός οργανισμού που εμφανίζει δύο συνδεδεμένα γενετικά χαρακτηριστικά. Σημειώνεται το ποσοστό των απογόνων όπου τα δύο χαρακτηριστικά δεν συνδυάζονται. Όσο υψηλότερο είναι το ποσοστό των απογόνων που εμφανίζουν και τα δύο χαρακτηριστικά, τόσο πιο κοντά στο χρωμόσωμα βρίσκονται τα δύο γονίδια.
Αυτή ήταν η πρώτη τεχνική που χρησιμοποιήθηκε για τη χαρτογράφηση γονιδίων σε χρωμοσώματα. Με τον υπολογισμό του αριθμού των ανασυνδυαστών είναι δυνατόν να ληφθεί ένα μέτρο για την απόσταση μεταξύ των γονιδίων. Η απόσταση αυτή ονομάζεται μονάδα γενετικού χάρτη (m.u.), ή centimorgan, και ορίζεται ως η απόσταση μεταξύ γονιδίων για τα οποία ένα προϊόν της μείωσης σε 100 είναι ανασυνδυασμένο. Μια συχνότητα ανασυνδυασμού (RF) 1 % ισοδυναμεί με 1 m.u. Ένας χάρτης σύνδεσης δημιουργείται με την εύρεση των αποστάσεων χάρτη μεταξύ ενός αριθμού χαρακτηριστικών που υπάρχουν στο ίδιο χρωμόσωμα, αποφεύγοντας ιδανικά σημαντικά κενά μεταξύ των χαρακτηριστικών για να αποφευχθεί η πιθανότητα πολλαπλών διασταυρώσεων.