Υπάρχει επίσης ένα παιχνίδι με κάρτες Pokémon. Οι παίκτες χρησιμοποιούν κάρτες Pokémon για να πολεμήσουν μεταξύ τους και να τις συλλέξουν ανοίγοντας πακέτα. Υπάρχουν επίσης ζωντανά τουρνουά που διοργανώνονται από τη Nintendo. Η ζημιά των Pokémon μετριέται από "μετρητές ζημιάς" ή αντικείμενα που τοποθετούνται στις κάρτες για να παρακολουθούν τη ζημιά. Αφού αθροίσετε όλους τους αριθμούς στους μετρητές ζημιάς, τους αφαιρείτε από τους HP (πόντους υγείας) της κάρτας για να βρείτε πόσα HP έχουν απομείνει. Στην τράπουλα ενός παίκτη χρησιμοποιούνται μόνο 60 κάρτες, και έξι από αυτές τοποθετούνται στην άκρη σε μια στοίβα που ονομάζεται "κάρτες βραβείων". Αφού ένας παίκτης εξουδετερώσει την κάρτα ενός αντιπάλου, ο νικητής παίρνει μόνο μία κλειστή κάρτα βραβείου για τα μη-EX Pokémon. Εν τω μεταξύ, όταν κάποιος κάνει ένα EX Pokémon να λιποθυμήσει, παίρνει δύο κάρτες επάθλου. Υπάρχει μία στοίβα απόρριψης για κάθε παίκτη, όπου πηγαίνουν τα λιποθυμασμένα Pokémon. Μερικοί τρόποι για να κερδίσετε είναι να πάρετε όλες τις κάρτες επάθλου σας ή/και να κάνετε τον αντίπαλό σας να τραβήξει όλες τις κάρτες του.
Υπάρχουν κάρτες σχεδιασμένες ως διάφορα Pokémon, τα οποία συνήθως χρειάζονται κάρτες "Ενέργειας" για να χρησιμοποιήσουν επιθέσεις. Υπάρχουν επίσης κάρτες "Εκπαιδευτή", οι οποίες χρησιμοποιούνται για πρόσθετα πράγματα εκτός από τις άμεσες επιθέσεις των Pokémon, όπως το να δίνουν στα Pokemon περισσότερα HP. Οι περισσότεροι οπαδοί της σειράς συμφωνούν ότι μια καλή τράπουλα αποτελείται από περίπου είκοσι κάρτες "Pokémon", είκοσι κάρτες "Ενέργειας" και είκοσι κάρτες "Εκπαιδευτή".
Οι παίκτες μπορούν να εξελίξουν τα Benched ή Active Pokémon τους. Ο πάγκος είναι ένα σημείο που μπορεί να κρατήσει Pokémon, και αυτά τα Pokémon μπορούν να εξελιχθούν με την κάρτα εξέλιξής τους. Τα Ενεργά Pokémon μπορούν επίσης να εξελιχθούν, αλλά μπορούν επίσης να χρησιμοποιήσουν επιθέσεις. Για να εξελίξετε ένα Pokémon, μπορείτε απλά να τοποθετήσετε την κάρτα εξέλιξής του πάνω του.
Όλες οι κάρτες Pokémon έχουν τύπους. Ο τύπος επηρεάζει το πόσο αποτελεσματική είναι μια επίθεση. Για παράδειγμα, μια συγκεκριμένη κάρτα Pikachu τύπου Lightning μπορεί να χρησιμοποιήσει μια επίθεση που κανονικά προκαλεί 80 ζημιές. Αν το Pikachu τη χρησιμοποιήσει εναντίον ενός Pokémon με Αδυναμία +20 στον Φωτισμό, προσθέτετε 20 επιπλέον ζημιά στην κανονική ζημιά για να γίνει 100. Οι τύποι μπορούν επίσης να κάνουν τα πράγματα λιγότερο αποτελεσματικά.
Υπάρχει επίσης ένα ειδικό είδος Pokémon στο παιχνίδι με κάρτες που ονομάζεται "EX" Pokémon. Τα EX & GX Pokémon είναι πιο δυνατά από τα κανονικά, αλλά όταν βγαίνουν νοκ άουτ, ο αντίπαλος του παίκτη τραβάει δύο από τις κάρτες του βραβείου του (με τα κανονικά Pokémon είναι μόνο μία.) Επίσης, υπάρχει ένας άλλος ειδικός τύπος Pokémon στο παιχνίδι με κάρτες που ονομάζεται "Delta Species" Pokémon, τα οποία έχουν τύπους που είναι διαφορετικοί από τους τυπικούς, όπως ένα Charmander τύπου Electric, που συνήθως είναι τύπου Fire. Στην επέκταση του παιχνιδιού εμπορικών καρτών "Diamond & Pearl", εισήχθησαν οι κάρτες "LV.X". Αυτές μοιάζουν λίγο με τις κάρτες εξέλιξης, αλλά μπορούν να χρησιμοποιηθούν μόνο σε Ενεργά Pokémon. Στην επέκταση "HeartGold & SoulSilver", η The Pokémon Company κυκλοφόρησε νέες κάρτες, οι οποίες ονομάστηκαν κάρτες LEGEND. Οι κάρτες LEGEND είναι δύο κάρτες που πωλούνται ξεχωριστά, οι οποίες όταν τοποθετούνται μαζί δημιουργούν μία εικόνα. Μπορούν να χρησιμοποιηθούν μόνο όταν οι δύο κάρτες από τις οποίες αποτελούνται είναι μαζί- δεν μπορούν να λειτουργήσουν ξεχωριστά.