Η κομητεία Shawnee (κωδικός κομητείας SN) είναι κομητεία στο βορειοανατολικό Κάνσας, στις κεντρικές Ηνωμένες Πολιτείες. Κατά την απογραφή του 2010, ο πληθυσμός της ήταν 177.934 κάτοικοι, γεγονός που την καθιστά την τρίτη πολυπληθέστερη κομητεία του Κάνσας.
Η πολυπληθέστερη πόλη της, η Topeka, είναι η πρωτεύουσα της πολιτείας και η έδρα της κομητείας. Η κομητεία ήταν μία από τις αρχικές 33 κομητείες που δημιουργήθηκαν από το πρώτο εδαφικό νομοθετικό σώμα το 1855.
Πήρε το όνομά της από τη φυλή των ιθαγενών Αμερικανών Shawnee.