Η γη γύρω από τη λίμνη είναι το σπίτι της φυλής Thao. Πρόκειται για έναν ιθαγενή λαό. Σύμφωνα με τον θρύλο, οι κυνηγοί Thao ανακάλυψαν τη λίμνη Sun Moon αφού κυνήγησαν ένα ελάφι. Το ελάφι τους οδήγησε στη λίμνη. Διαπίστωσαν ότι η λίμνη ήταν όμορφη και είχε πολλά ψάρια. Ένα νησί στη μέση της λίμνης θεωρείται ως τόπος λατρείας για τους Thao.
Στο παρελθόν η λίμνη ονομαζόταν λίμνη Καντίδιος. Πήρε το όνομά της από τον ιεραπόστολο Georgius Candidius. Η λίμνη ονομάστηκε για πρώτη φορά λίμνη Sun Moon Lake το 1821, σε ένα βιβλίο με τίτλο Travels to Shueilishe του Deng Chuan-an. Κατά τη δυναστεία Τσινγκ, οι Κινέζοι άρχισαν να μετακινούνται στην περιοχή γύρω από τη λίμνη Sun Moon Lake. Πολλοί άνθρωποι ήθελαν να ανοίξουν εκεί εστιατόρια, ξενοδοχεία και καταστήματα.
Όταν η Ταϊβάν ήταν υπό την κυριαρχία της Ιαπωνίας, έκαναν πολλές αλλαγές. Τα πρώτα εργοστάσια παραγωγής ενέργειας κατασκευάστηκαν το 1934. Κατασκευάζονταν για 15 χρόνια και το έργο ξεκίνησε το 1919. Ο σιδηρόδρομος Jiji Line κατασκευάστηκε για να βοηθήσει την κατασκευή των σταθμών ηλεκτροπαραγωγής. Το νησί Λάλου μετονομάστηκε σε "Νησί Τζέιντ". Οι Ιάπωνες κατασκεύασαν ένα μεγάλο φράγμα το 1931 που έκανε τη λίμνη πολύ μεγαλύτερη. Το 1946, η νέα κινεζική κυβέρνηση μετονόμασε τη λίμνη σε "Νησί Κουανγκχουά". Το όνομα παρέμεινε έτσι μέχρι τον σεισμό του 921 το 1999 που προκάλεσε ζημιές στο νησί. Μετά το σεισμό, το νησί μετονομάστηκε σε νησί Lalu. Μετονομάστηκε επειδή η κυβέρνηση της Ταϊβάν ήθελε να βοηθήσει στη διατήρηση του πολιτισμού των Τάο.
Το 1967, δημιουργήθηκε ένα Κέντρο Πολιτισμού Αβοριγίνων για να βοηθήσει στη διατήρηση του πολιτισμού των Thao. Το 1975, το κέντρο εγκαινιάστηκε. Το 1990, ένα σκάφος αναποδογύρισε ενώ βρισκόταν στο νερό. Αυτό προκάλεσε τον θάνατο 57 ανθρώπων. Μόνο 25 άτομα επέζησαν. Το 2012, μια εικόνα της λίμνης Sun Moon χρησιμοποιήθηκε στα διαβατήρια της Λαϊκής Δημοκρατίας της Κίνας. Αυτό εξόργισε την κυβέρνηση της Ταϊβάν, επειδή λένε ότι η Ταϊβάν και η λίμνη Sun Moon Lake δεν είναι μέρος της Λαϊκής Δημοκρατίας της Κίνας.