Το πρώτο τμήμα του μετρό, αντικατέστησε μια πολύ πολυσύχναστη διαδρομή του τραμ και ακολούθησε την Yonge Street από τη λεωφόρο Eglinton νότια μέχρι την Front Street, στη συνέχεια στράφηκε δυτικά για ένα τετράγωνο για να καταλήξει στην Bay Street, δίπλα στον κύριο σιδηροδρομικό σταθμό της πόλης Union Station και έτσι ο σταθμός του μετρό ονομάστηκε επίσης Union. Η γραμμή αυτή ολοκληρώθηκε το 1954 και είχε μήκος 7,4 χιλιόμετρα.
Το 1963 προστέθηκε ένα άλλο τμήμα, το οποίο πήγαινε βόρεια από το σταθμό Union, κάτω από τη λεωφόρο University Avenue και το Queen's Park μέχρι κοντά στην οδό Bloor Street, όπου έστριψε δυτικά για να καταλήξει στην οδό St. George και Bloor Street.
Η γραμμή Bloor-Danforth άνοιξε το 1966 κατά μήκος της Bloor Street και της Danforth Avenue από την Keele Street έως τη Woodbine Avenue, ενώ το 1968 επιμηκύνθηκε για να εκτείνεται από τη λεωφόρο Islington Avenue έως το σταθμό Warden στη λεωφόρο Warden και St. Clair Avenues.
Η όδευση της γραμμής μέσω της κοιλάδας του Ντον κατέστη δυνατή λόγω μιας επιλογής που είχε γίνει πριν από σαράντα και πλέον χρόνια. Όταν το 1919 κατασκευάστηκε η οδογέφυρα Prince Edward Viaduct κατά μήκος του ποταμού Don, ο σχεδιασμός της περιελάμβανε διπλά καταστρώματα κάτω από το δρόμο για να επιτρέψει τη μελλοντική διέλευση σιδηροδρομικών γραμμών. Αυτό επέτρεψε στον υπόγειο σιδηρόδρομο να διασχίσει την κοιλάδα Don Valley μέχρι τη λεωφόρο Danforth στην ανατολική πλευρά.
Η γραμμή Yonge-University επεκτάθηκε βόρεια κατά 8,7 χιλιόμετρα από τη λεωφόρο Eglinton Avenue έως τη λεωφόρο Finch Avenue και τη Yonge το 1973 και το 1974.
Περισσότερες γραμμές (9,9 χλμ.) προστέθηκαν στη γραμμή Yonge-University Line το 1978, όταν επεκτάθηκε από την οδό St. George και Bloor, βόρεια και βορειοδυτικά μέχρι τη λεωφόρο Eglinton και την Allen Road, και στη συνέχεια βόρεια κατά μήκος του μέσου της Allen Road μέχρι τη λεωφόρο Wilson Avenue.
Τον Οκτώβριο του 1976, ένας εμπρησμός (πυρκαγιά που τέθηκε σκόπιμα) κατέστρεψε τα βαγόνια του μετρό και προκάλεσε ζημιές στο σταθμό Christie. Αυτό προκάλεσε το κλείσιμο της γραμμής Bloor-Danforth για τρεις ημέρες, ενώ ο σταθμός Christie έκλεισε για κάποιο χρονικό διάστημα για επισκευές. Το 1980 προστέθηκαν περισσότερες γραμμές και στα δύο άκρα της γραμμής Bloor-Danforth. Αυτές οι επεκτάσεις προσέθεσαν από έναν σταθμό, αποβάθρες λεωφορείων και, στο ανατολικό άκρο, χώρο για τη σύνδεση με το Scarborough RT.
Με έξι σταθμούς σε 6,8 χιλιόμετρα τροχιάς, το Scarborough RT είναι μια γραμμή που είναι σχεδόν όλη χτισμένη πάνω από το έδαφος, και η οποία δεν έχει άμεσες γραμμές που συνδέουν τις άλλες γραμμές και χρησιμοποιεί διαφορετικά τρένα. Χρησιμοποιεί τους συρμούς Intermediate Capacity Transit System (ICTS), οι οποίοι είναι πολύ διαφορετικοί από τους συρμούς του μετρό. Η διαδρομή είναι πλήρως διαχωρισμένη από την οδική κυκλοφορία και τους πεζούς, οι σταθμοί είναι πλήρως καλυμμένοι και τα τρένα έχουν πολλές πόρτες που χρησιμοποιούν υψηλές πλατφόρμες.
Στο βόρειο άκρο του τμήματος Spadina της γραμμής Yonge-University-Spadina προστέθηκε ένα επιπλέον 1,6 χλμ., προσθέτοντας έναν σταθμό (Downsview), με χώρο στάθμευσης για λεωφορεία.
Τον Αύγουστο του 1995, η TTC είχε ένα πραγματικά άσχημο ατύχημα στο μετρό, το λεγόμενο ατύχημα Russell Hill, στη γραμμή Yonge-University-Spadina νότια του σταθμού St. Clair West. Τρεις γυναίκες έχασαν τη ζωή τους και 100 άνθρωποι τραυματίστηκαν, μερικοί σοβαρά.
Η νεότερη γραμμή του μετρό, η Sheppard, άνοιξε το 2002. Διατρέχει 5,5 χλμ. ανατολικά, κάτω από τη λεωφόρο Sheppard από το σταθμό Sheppard της γραμμής Yonge (που τώρα ονομάζεται Sheppard-Yonge), μέχρι το σταθμό Don Mills στη συμβολή Sheppard και Don Mills Road. Η γραμμή Sheppard έχει λιγότερους χρήστες από τις άλλες δύο γραμμές του μετρό, και σε αυτήν κινούνται μικρότερα τρένα.
Στα πενήντα και πλέον χρόνια της ιστορίας του, το πρώτο μωρό που γεννήθηκε σε πλατφόρμα σταθμού του μετρό TTC σημειώθηκε μόλις πρόσφατα, στις 6 Φεβρουαρίου 2006. Το περιστατικό αυτό συνέβη στο σταθμό Wellesley και προκάλεσε καθυστερήσεις στο σύστημα του μετρό. Ήταν πρωτοσέλιδο για πολλές ημέρες.
Προστέθηκε ένα αυτόματο φωνητικό σύστημα για την αναγγελία κάθε σταθμού (όπως: "Ο επόμενος σταθμός είναι ο Bloor, σταθμός Bloor."), το οποίο έπαψε να χρειάζεται ο χειριστής του τρένου να αναγγέλλει κάθε στάση. Το αυτοματοποιημένο σύστημα χρησιμοποιείται σε ολόκληρο το σύστημα του μετρό και του RT.