Όπως όλα τα ανατολικά μπαχαρικά, το πιπέρι ήταν ιστορικά τόσο καρύκευμα όσο και φάρμακο. Το μακρύ πιπέρι, που ήταν ισχυρότερο, ήταν συχνά το προτιμώμενο φάρμακο, αλλά χρησιμοποιούνταν και τα δύο.
Οι μαύροι κόκκοι πιπεριού αναφέρονται στην ιατρική Ayurveda, Siddha και Unani στην Ινδία. Το Συριακό Βιβλίο Φαρμάκων του 5ου αιώνα συνταγογραφεί το πιπέρι (ή ίσως το μακρύ πιπέρι) για ασθένειες όπως δυσκοιλιότητα, διάρροια, ωτίτιδα, γάγγραινα, καρδιοπάθεια, κήλη, βραχνάδα, δυσπεψία, τσιμπήματα εντόμων, αϋπνία, πόνο στις αρθρώσεις, ηπατικά προβλήματα, πνευμονοπάθεια, στοματικά αποστήματα, ηλιακό έγκαυμα, τερηδόνα και πονόδοντο. Διάφορες πηγές από τον 5ο αιώνα και μετά αναφέρουν επίσης ότι το πιπέρι είναι καλό για τη θεραπεία οφθαλμικών προβλημάτων. Συχνά ειδικές αλοιφές που παρασκευάζονται με πιπέρι πρέπει να εφαρμόζονται απευθείας στο μάτι. Δεν υπάρχουν σημερινά ιατρικά στοιχεία που να αποδεικνύουν ότι οποιαδήποτε από αυτές τις θεραπείες έχει κάποιο όφελος- το πιπέρι που εφαρμόζεται απευθείας στο μάτι θα ήταν αρκετά άβολο και πιθανώς επιζήμιο.
Για μεγάλο χρονικό διάστημα, οι άνθρωποι πίστευαν ότι το πιπέρι είναι η αιτία του φτερνίσματος- αυτό εξακολουθεί να πιστεύεται ακόμα και σήμερα. Ορισμένες πηγές λένε ότι η πιπερίνη ερεθίζει τα ρουθούνια, γεγονός που θα προκαλέσει το φτέρνισμα- ορισμένες λένε ότι είναι απλώς η επίδραση της λεπτής σκόνης στο αλεσμένο πιπέρι, και ορισμένες λένε ότι το πιπέρι στην πραγματικότητα δεν είναι καθόλου πολύ αποτελεσματικός παράγοντας φτερνίσματος. Ελάχιστες ή και καθόλου ελεγχόμενες μελέτες έχουν διεξαχθεί για να απαντήσουν στο ερώτημα.
Το πιπέρι μπορεί να ερεθίσει τα έντερα. Επομένως, εξαλείφεται από τη διατροφή των ασθενών που υποβάλλονται σε χειρουργική επέμβαση στην κοιλιά και έχουν έλκος. Η αντικατάσταση ονομάζεται συνήθως δίαιτα με άπαχη τροφή.
Το πιπέρι περιέχει μικρές ποσότητες σαφρόλης, μιας καρκινογόνου ένωσης.
