Κυβερνητική θέση της Πολιτείας Bayelsa
Ο Τζόναθαν ξεκίνησε την καριέρα του στην πολιτική το 1998, αφού εντάχθηκε στο Λαϊκό Δημοκρατικό Κόμμα (PDP) το 1998. Ο Τζόναθαν, ο οποίος ήταν αναπληρωτής κυβερνήτης της πολιτείας Μπαγιέλσα, διαδέχτηκε τον κυβερνήτη Diepreye Alamieyeseigha, ο οποίος παραπέμφθηκε από τη συνέλευση της πολιτείας Μπαγιέλσα, αφού κατηγορήθηκε για νομιμοποίηση εσόδων από παράνομες δραστηριότητες στο Ηνωμένο Βασίλειο. Τον Σεπτέμβριο του 2006, η σύζυγος του Τζόναθαν κατηγορήθηκε από την υπηρεσία καταπολέμησης του εγκλήματος της χώρας, την Επιτροπή Οικονομικού και Χρηματοοικονομικού Εγκλήματος (EFCC), για εγκλήματα που σχετίζονται με ξέπλυμα χρήματος.
Προεδρική κούρσα
Τον Δεκέμβριο του 2006, ο Τζόναθαν επιλέχθηκε ως υποψήφιος σύντροφος του Ουμάρου Γιαρ'Αντούα για το προεδρικό χρίσμα του PDP στις εκλογές του Απριλίου 2007. Στις 20 Απριλίου 2007, λίγο πριν από τις προεδρικές εκλογές, σημειώθηκε βίαιη επίθεση από μαχητές. Η αστυνομία δήλωσε ότι κάποιοι προσπάθησαν να σκοτώσουν τον Τζόναθαν. Ωστόσο, αυτό δεν συνέβη τελικά.
Αντιπροεδρία
Μετά τη νίκη του PDP στις εκλογές, την οποία ορισμένοι δεν θεωρούσαν δίκαιη, μαχητές ανατίναξαν το εξοχικό σπίτι του Τζόναθαν στο Ότου-Έκε της Πολιτείας Μπαγιέλσα στις 16 Μαΐου- δύο αστυνομικοί σκοτώθηκαν κατά την επίθεση. Ο Τζόναθαν δεν βρισκόταν εκεί εκείνη τη στιγμή.
Αναπληρωτής Πρόεδρος
Ο πρόεδρος Umaru Yar'Adua αναχώρησε από τη Νιγηρία στις 23 Νοεμβρίου 2009 για ιατρική περίθαλψη. Δεν σχεδίασε να αναλάβει κάποιος τα καθήκοντά του. Στις 13 Ιανουαρίου 2010, ομοσπονδιακό δικαστήριο έδωσε στον αντιπρόεδρο Τζόναθαν την εξουσία να εκτελεί τις κρατικές υποθέσεις κατά τη συνεχιζόμενη απουσία του προέδρου. Στις 22 Ιανουαρίου 2010, το Ανώτατο Δικαστήριο της Νιγηρίας αποφάνθηκε ότι το Ομοσπονδιακό Εκτελεστικό Συμβούλιο (FEC) είχε 14 ημέρες για να αποφασίσει αν ο πρόεδρος Γιαρ'Αντούα "είναι ανίκανος να ασκήσει τα καθήκοντα του αξιώματός του". Σε μια πανεθνική ομιλία τον Φεβρουάριο του 2010, ο Τζόναθαν κάλεσε όλους τους Νιγηριανούς να παραμερίσουν τις θρησκευτικές και εθνοτικές διαφορές και να συνεργαστούν για το κοινό καλό. Ο Τζόναθαν δήλωσε: "Τα γεγονότα του πρόσφατου παρελθόντος έθεσαν σε δοκιμασία τη συλλογική μας αποφασιστικότητα ως δημοκρατικό έθνος", "Είμαι ευτυχής που γνωρίζω ότι το έθνος μας επέδειξε ανθεκτικότητα και ενότητα σκοπού.
Στις 9 Φεβρουαρίου 2010, η Γερουσία αποφάσισε ότι η προεδρική εξουσία θα πρέπει να ανατεθεί στον αντιπρόεδρο. Ορίσθηκε να εκτελεί χρέη εκτελούντος χρέη Προέδρου, με όλες τις εξουσίες που τον συνοδεύουν, έως ότου και εφόσον ο Yar'Adua επανέλθει σε πλήρη υγεία. Η μεταβίβαση της εξουσίας χαρακτηρίστηκε από δικηγόρους και νομοθέτες της αντιπολίτευσης ως "πραξικόπημα χωρίς λόγο". Το Σύνταγμα της Νιγηρίας απαιτεί γραπτή επιστολή του Προέδρου που να δηλώνει ότι δεν μπορεί να υπηρετήσει ή ότι το υπουργικό συμβούλιο στέλνει ιατρική ομάδα για να τον εξετάσει, αλλά η διάταξη αυτή δεν έχει προφανώς τηρηθεί, αφήνοντας κάποιες αμφιβολίες ως προς τη συνταγματικότητα της ενέργειας.
