Πρώιμα χρόνια (2000-02)
Το 2000, ο Iwata έγινε επικεφαλής του τμήματος εταιρικού σχεδιασμού της Nintendo. Επίσης, μπήκε στο διοικητικό συμβούλιο. Κατά τα επόμενα δύο χρόνια, ήθελε να κάνει την ανάπτυξη παιχνιδιών φθηνότερη και συντομότερη, ενώ παράλληλα φρόντιζε η ποιότητα να παραμένει καλή. Κατά τη διάρκεια των δύο πρώτων χρόνων του στη Nintendo, η εταιρεία είδε τα κέρδη της να αυξάνονται κατά 20 και 41%. Το έργο του Iwata βοήθησε σε αυτό. Όταν ο Yamauchi, πρόεδρος της εταιρείας από το 1949, αποσύρθηκε στις 24 Μαΐου 2002, ο Iwata έγινε ο τέταρτος πρόεδρος της Nintendo. Ήταν ο πρώτος πρόεδρος της Nintendo που δεν ανήκε στην οικογένεια Yamauchi μέσω αίματος ή γάμου. Ο Yamauchi ζήτησε από τον Iwata ένα πράγμα: "η Nintendo να έχει νέες ιδέες και να δημιουργεί υλικό που να δείχνει αυτό το ιδανικό. Και να φτιάχνει λογισμικό που να έχει το ίδιο πρότυπο". Η Nintendo ήταν μια εταιρεία που ήθελε τον ατομικισμό, με μια πολιτική που δημιούργησε ο Yamauchi για τη δημιουργία νέων θέσεων ανάπτυξης όταν χρειαζόταν. Ωστόσο, αυτό εμπόδιζε την καλή συνεργασία μεταξύ των τμημάτων.
Όταν προήχθη ο Iwata, η Nintendo ήταν ακόμα μια κερδοφόρα εταιρεία. Ωστόσο, δεν τα πήγαινε τόσο καλά όσο άλλοι κατασκευαστές κονσολών. Το GameCube πουλούσε ελάχιστα σε σύγκριση με τους ανταγωνιστές του, με το PlayStation 2 της Sony και το Xbox της Microsoft να το ξεπερνούν σε πωλήσεις. Η προεδρία του συνέβη επίσης όταν το online gaming έγινε δημοφιλές. Η Nintendo δεν είχε αρχίσει να ασχολείται με το online gaming. Ο ίδιος ήταν προσεκτικός σχετικά με το να το κάνει, λέγοντας: "Δεν είμαστε εναντίον της ιδέας να πάμε στο διαδίκτυο. Είμαστε απλώς πρακτικοί". Δημιούργησε επίσης μια σχέση μεταξύ της Nintendo και της Capcom που βοήθησε το GameCube. Κατά τη διάρκεια μιας συνέντευξης το 2002, ο Iwata δήλωσε ότι αισθανόταν ότι η βιομηχανία παιχνιδιών γινόταν πολύ αποκλειστική. Ήθελε να φτιάχνει υλικό και παιχνίδια που όλοι οι άνθρωποι θα ήθελαν να παίζουν και όχι να εστιάζει στα καλά γραφικά.
Ένα από τα πρώτα πράγματα που έκανε ως πρόεδρος ήταν να συναντηθεί απευθείας με τους 40 επικεφαλής των τμημάτων της εταιρείας και άλλους 150 υπαλλήλους. Αυτό ήταν πολύ διαφορετικό από τον Yamauchi: ο Yamauchi δεν συναντιόταν συχνά με τους υπαλλήλους και συνήθως έβγαζε μόνο μία ομιλία κάθε χρόνο. Ο Iwata γνώριζε ότι επειδή είναι πρόεδρος, αυτό δεν σήμαινε ότι όλοι θα συμφωνούσαν μαζί του. Αποφάσισε να τους μιλήσει σε προσωπικό επίπεδο. Αν οι εργαζόμενοι διαφωνούσαν με την άποψή του, ο Iwata τους πρότεινε να ακολουθήσουν την ιδέα τους αντί για τη δική του. Είπε ότι "οι δημιουργοί βελτιώνονται μόνο αν παίρνουν ρίσκα". Ο Iwata έφερε επίσης περισσότερα δεδομένα και επιστήμη στο επιχειρηματικό κομμάτι της εταιρείας. Ο Yamauchi έπαιρνε αποφάσεις χρησιμοποιώντας τη διαίσθηση και την εμπειρία, ο Iwata είχε ιδέες με πολλά δεδομένα για να πείσει τους ανθρώπους. Ο Iwata προήγαγε επίσης τους Miyamoto, Genyo Takeda, Yoshihiro Mori και Shinji Hatano σε αντιπροσωπευτικούς διευθυντές στο διοικητικό συμβούλιο της εταιρείας. Οι θέσεις τους είχαν την ίδια εξουσία με τη δική του.
Αναζωογόνηση της εταιρείας (2003-09)
Σε συνέχεια της συνέντευξής του το 2002, ο Iwata είπε ότι υπήρχε ένα πρόβλημα στην αγορά παιχνιδιών στην εναρκτήρια ομιλία του στο Tokyo Game Show του 2003. Κατά τη διάρκεια αυτής της ομιλίας, σκέφτηκε την ιστορία της βιομηχανίας και ότι υπήρχε λιγότερο ενδιαφέρον για τα βιντεοπαιχνίδια. Ξεκινώντας από τα τέλη της δεκαετίας του 1990, ήταν λιγότερες οι πωλήσεις στην ιαπωνική αγορά. Αυτό συνεχίστηκε και στις αρχές της δεκαετίας του 2000. Ο ανταγωνισμός μεταξύ της Nintendo και της Sony σήμαινε ότι οι κονσόλες επικεντρώνονταν περισσότερο στο ισχυρό υλικό. Ωστόσο, το Nintendo 64 ήταν πολύ δύσκολο για τους προγραμματιστές να δημιουργήσουν παιχνίδια. Εξαιτίας αυτού, το λογισμικό δεν ήταν τόσο καλό. Ο Iwata ζήτησε να γίνει μια ανάλυση. Η Nintendo αποφάσισε ότι η εστίαση στο υλικό δεν ήταν ο καλύτερος τρόπος για την προώθηση των βιντεοπαιχνιδιών. Αποφάσισαν να επικεντρωθούν στο λογισμικό. Το 2004, υπήρξε μια μεγάλη αλλαγή στη Nintendo. Ο Iwata συγχώνευσε διάφορα τμήματα που είχαν δημιουργηθεί υπό τον Yamauchi. Ήθελε να έχει συνεργατική εργασία σε όλη την εταιρεία. Αργότερα δημιούργησε το "User Expansion Project" το 2005. Εργαζόμενοι που κανονικά δεν είχαν σχέση με την ανάπτυξη παιχνιδιών έδιναν ιδέες για νέα παιχνίδια.
Σε μια συνέντευξη τον Μάρτιο του 2004, ο Iwata δήλωσε: Iwata είπε: "Τα παιχνίδια έχουν φτάσει σε αδιέξοδο". Είπε ότι οι προγραμματιστές σπαταλούσαν πάρα πολύ χρόνο εστιάζοντας στους βασικούς παίκτες- είπε ότι δεν θα έβγαζαν κέρδος αν δεν έφτιαχναν παιχνίδια για τον κανονικό παίκτη. Ήθελε επίσης να δείξει ότι η Nintendo, μια "συντηρητική" εταιρεία, θα γινόταν ένας νέος μεγάλος δημιουργός ψυχαγωγίας. Ο Iwata δημιούργησε μια στρατηγική "μπλε ωκεανού" για να βοηθήσει τη Nintendo να ανταγωνιστεί τους άλλους κατασκευαστές κονσολών. Αντί να τους ανταγωνίζεται για ισχυρό υλικό, ο Iwata αποφάσισε να φτιάξει ενδιαφέρον και διασκεδαστικό υλικό και παιχνίδια.
Οικονομική ύφεση (2010-14)
| Καθαρές πωλήσεις της Nintendo ανά οικονομικό έτος (2006-15) |
| Οικονομικό έτος | | | | Πωλήσεις (εκατ. ¥) |
| 2006 | | 508,827 |
| 2007 | | 966,534 |
| 2008 | | 1,672,423 |
| 2009 | | 1,838,622 |
| 2010 | | 1,182,177 |
| 2011 | | 1,014,345 |
| 2012 | | 647,652 |
| 2013 | | 635,422 |
| 2014 | | 571,726 |
| 2015 | | 549,780 |
| Οι ετήσιες καθαρές πωλήσεις της Nintendo σε εκατομμύρια γιενΣημείωση : Το πράσινο χρώμα υποδηλώνει λειτουργικά κέρδη, ενώ το μαύρο χρώμα υποδηλώνει λειτουργικές ζημίες. |
Το Nintendo 3DS και το Wii U δεν ήταν τόσο επιτυχημένα όσο το DS και το Wii. Τα οικονομικά της Nintendo χειροτέρεψαν από το 2010.