Αρχικά ονομαζόταν Cuteanal Town. Ο πρώτος ηγέτης της, ο John Wright, μετονόμασε την πόλη από την αγγλική πόλη Lancaster της πατρίδας του. Το σύμβολο της πόλης, το κόκκινο τριαντάφυλλο, προέρχεται από τον οίκο του Λάνκαστερ. Το Λάνκαστερ αποτελούσε μέρος του Χάρτη του 1681 Penn's Woods του Γουίλιαμ Πεν και σχεδιάστηκε από τον Τζέιμς Χάμιλτον το 1734. Ενσωματώθηκε ως δήμος το 1742 και ενσωματώθηκε ως πόλη το 1818. Όταν οι Βρετανοί κατέλαβαν τη Φιλαδέλφεια κατά την Αμερικανική Επανάσταση, το Λάνκαστερ έγινε η πρωτεύουσα των αποικιών στις 27 Σεπτεμβρίου 1777. Αφού το Ηπειρωτικό Κογκρέσο συνεδρίασε μια μέρα, μετακόμισε ακόμη πιο μακριά, στο Γιορκ της Πενσυλβάνια. Η κυβέρνηση της Πενσυλβάνια μετακόμισε επίσης από τη Φιλαδέλφεια στο Λάνκαστερ, αλλά παρέμεινε στο Λάνκαστερ μέχρι να αποχωρήσουν τα βρετανικά στρατεύματα από τη Φιλαδέλφεια. Το Λάνκαστερ ήταν και πάλι πρωτεύουσα της Πενσυλβάνια από το 1799 έως το 1812, μετά την οποία η πρωτεύουσα μεταφέρθηκε στο Χάρισμπουργκ.
Το 1737, χτίστηκε στην πόλη η φυλακή της κομητείας Λάνκαστερ, η οποία είχε ως πρότυπο το κάστρο του Λάνκαστερ στην Αγγλία. Η φυλακή παραμένει σε χρήση. Εκεί διεξάγονταν δημόσιοι απαγχονισμοί μέχρι το 1912.
Ο πρώτος ασφαλτοστρωμένος δρόμος στις Ηνωμένες Πολιτείες ήταν ο πρώην αυτοκινητόδρομος Philadelphia and Lancaster Turnpike (ο οποίος αποτελεί μέρος της σημερινής διαδρομής 30 των ΗΠΑ). Η Turnpike άνοιξε το 1795. Ο Turnpike συνέδεε τις πόλεις Λάνκαστερ και Φιλαδέλφεια και σχεδιάστηκε από έναν Σκωτσέζο μηχανικό ονόματι Τζον Λούντον Μακ Άνταμ. Οι κάτοικοι του Λάνκαστερ είναι γνωστό ότι χρησιμοποιούν τη λέξη, "macadam", αντί για "πεζοδρόμιο" ή "άσφαλτο". Η ονομασία αυτή αποτελεί αναφορά στη διαδικασία ασφαλτόστρωσης που χρησιμοποιούσε ο MacAdam.
Η πόλη του Λάνκαστερ φιλοξένησε πολλές σημαντικές προσωπικότητες της αμερικανικής ιστορίας. Το Wheatland, το κτήμα του Τζέιμς Μπιουκάναν, του δέκατου πέμπτου προέδρου των Ηνωμένων Πολιτειών, είναι ένα από τα πιο δημοφιλή αξιοθέατα του Λάνκαστερ. Ο Thaddeus Stevens, που θεωρείται από τα πιο ισχυρά μέλη της Βουλής των Αντιπροσώπων των Ηνωμένων Πολιτειών, έζησε στο Λάνκαστερ ως δικηγόρος. Ο Στίβενς απέκτησε φήμη ως ριζοσπάστης Ρεπουμπλικάνος και για την απολυταρχία του. Η Όπερα Φούλτον στην πόλη πήρε το όνομά της από τον καταγόμενο από το Λάνκαστερ Ρόμπερτ Φούλτον, ο οποίος είχε σχεδιάσει το σύγχρονο ατμόπλοιο.
Μετά την Αμερικανική Επανάσταση, η πόλη του Λάνκαστερ έγινε κέντρο σιδηρουργίας. Δύο από τα πιο συνηθισμένα προϊόντα που χρειάζονταν οι πρωτοπόροι για να εγκαταστήσουν τα σύνορα κατασκευάστηκαν στο Λάνκαστερ: η άμαξα Conestoga και το μακρύ τουφέκι της Πενσυλβάνια. Η άμαξα Conestoga πήρε το όνομά της από τον ποταμό Conestoga, ο οποίος διασχίζει την πόλη.
Το 1803, ο Meriwether Lewis επισκέφθηκε το Lancaster για να εκπαιδευτεί στις μεθόδους έρευνας από τον γνωστό τοπογράφο Andrew Ellicott. Κατά τη διάρκεια της επίσκεψής του, ο Lewis έμαθε να σχεδιάζει το γεωγραφικό μήκος και πλάτος ως μέρος της συνολικής εκπαίδευσης που χρειαζόταν για να ηγηθεί της αποστολής των Lewis και Clark.
Το 1879, ο Franklin Winfield Woolworth άνοιξε το πρώτο του επιτυχημένο κατάστημα "five and dime" στην πόλη Lancaster. Την εταιρεία F. W. Woolworth διαδέχεται η Foot Locker.
Το Lancaster ήταν μία από τις κοινότητες που κέρδισαν το βραβείο All-America City το 2000.