Οι άνθρωποι ζουν στην περιοχή της Μπουρκίνα Φάσο εδώ και χιλιάδες χρόνια. Αρχικά, ήταν κυνηγοί-συλλέκτες, κυνηγώντας ζώα και συλλέγοντας φρούτα και λαχανικά. Αργότερα έγιναν αγρότες. Οι άνθρωποι που ονομάζονταν Mossi έφτασαν μεταξύ του 11ου και του 13ου αιώνα. Κυβερνούσαν την περιοχή μέχρι το τέλος του 19ου αιώνα. Το 1896 η Γαλλία νίκησε το βασίλειο των Mossi και έγινε αποικιοκράτης της Μπουρκίνα Φάσο. Μετά τον Πρώτο Παγκόσμιο Πόλεμο, η χώρα ονομάστηκε Άνω Βόλτα.
Το 1960, η Άνω Βόλτα ανεξαρτητοποιήθηκε από τη Γαλλία. Ο πρώτος πρόεδρος της νέας χώρας ήταν ο Maurice Yaméogo. Αφού έγινε πρόεδρος, ο Yaméogo απαγόρευσε άλλα πολιτικά κόμματα. Για αρκετά χρόνια ο λαός της Άνω Βόλτα ήταν πολύ δυσαρεστημένος με την κυβέρνηση και το 1966 ο στρατός ανέλαβε την εξουσία με στρατιωτικό πραξικόπημα. Το 1983 την κυβέρνηση ανέλαβαν και πάλι στρατιωτικοί που ονομάζονταν Thomas Sankara και Blaise Compaoré. Ο Sankara έγινε πρόεδρος. Το 1984 άλλαξε το όνομα της χώρας σε Μπουρκίνα Φάσο. Σημαίνει "γη των τίμιων ανθρώπων".
Τον Δεκέμβριο του 1985, η Μπουρκίνα Φάσο ξέσπασε πόλεμο για πέντε ημέρες με τη γειτονική χώρα Μάλι. Το 1987, έγινε άλλο ένα στρατιωτικό πραξικόπημα και ο Σανκάρα δολοφονήθηκε (δολοφονήθηκε). Πρόεδρος έγινε ο Blaise Compaoré.
Στις 28 Οκτωβρίου 2014 οι διαδηλωτές άρχισαν να διαδηλώνουν στην Ουαγκαντούγκου. Ο Compaoré ήταν έτοιμος να αλλάξει το σύνταγμα και να παρατείνει την 27χρονη διακυβέρνησή του. Στις 30 Οκτωβρίου 2014, ορισμένοι διαδηλωτές έβαλαν φωτιά στο κοινοβούλιο. Κατέλαβαν επίσης την έδρα της εθνικής τηλεόρασης. Στις 31 Οκτωβρίου 2014, ο πρόεδρος Compaoré, παραιτήθηκε μετά από 27 χρόνια στην εξουσία.
Το 2015 η χώρα διεξήγαγε τις πρώτες της εκλογές. Πρόεδρος εξελέγη ο Roch Marc Christian Kabore, πρώην πρωθυπουργός.