Ο χρωμοφόρος είναι το τμήμα ενός μορίου που είναι υπεύθυνο για το χρώμα του.

Το χρώμα προκαλείται όταν ένα μόριο απορροφά ορισμένα μήκη κύματος ορατού φωτός. Διαβιβάζει ή αντανακλά μόνο άλλα μήκη κύματος, γεγονός που προκαλεί το χρώμα που βλέπουμε.

Στα βιολογικά μόρια που αιχμαλωτίζουν ή ανιχνεύουν φωτεινή ενέργεια, ο χρωμοφόρος είναι το τμήμα του μορίου που ανταποκρίνεται όταν προσπίπτει φως.

Τα χρωμοφόρα δημιουργούν το χρώμα στα χρωματοφόρα, τα οποία είναι τα χρωστικά και φωτοανακλαστικά κύτταρα που βρίσκονται σε πολλά ζώα.