Μετά το θάνατο του πατέρα τους, του αυτοκράτορα Huayna Capac, και του μεγαλύτερου αδελφού τους, Ninan Cuyochi, ο οποίος ήταν ο κληρονόμος, η αυτοκρατορία μοιράστηκε μεταξύ των δύο επιζώντων αδελφών, Huáscar και Atahualpa. Ο Χουασκάρ πήρε το μεγαλύτερο μέρος της με την πρωτεύουσα
Κούσκο και ο Αταχούλπα τα βόρεια τμήματα, συμπεριλαμβανομένου του
Κίτο (σήμερα πρωτεύουσα του Ισημερινού). Για μερικά χρόνια, τα δύο αδέλφια βασίλεψαν χωρίς προβλήματα. Όμως ο Ουασκάρ απαίτησε από τον Αταχουάλπα να του δώσει όρκο. Ο Atahuallpa αρνήθηκε, και άρχισε ο εμφύλιος πόλεμος.
Η τελική μάχη έλαβε χώρα στο Quipaipan, όπου ο Huascar αιχμαλωτίστηκε. Ο Αταχουάλπα ξεκουραζόταν στην πόλη Καχαμάρκα στις Άνδεις με τον στρατό του που αποτελούνταν από 80.000 στρατιώτες και κατευθυνόταν προς τον νότο και το Κούσκο για να διεκδικήσει τον θρόνο του.
Μέχρι τότε ο Ισπανός κατακτητής Φρανσίσκο Πιζάρο είχε ιδρύσει την πόλη Πιούρα, τον πρώτο ισπανικό οικισμό στο Περού, τον Ιούλιο του 1532. Μετά από δύο μήνες πορείας, ο Πιζάρο είχε φτάσει στην Καχαμάρκα με μόλις 168 άνδρες υπό τις διαταγές του και έστειλε τον Ερνάντο ντε Σότο, τον μοναχό Βιθέντε ντε Βαλβέρδε και τον ντόπιο διερμηνέα Φελίπιλο να μιλήσουν με τον Αταχουάλπα για την ισπανική παρουσία.
Οι Ισπανοί απεσταλμένοι επέστρεψαν στον Πιζάρο, ο οποίος προετοίμασε αιφνιδιαστική επίθεση εναντίον του στρατού του Αταχουάλπα στη μάχη της Καχαμάρκα στις 16 Νοεμβρίου 1532.
Σύμφωνα με την ισπανική νομοθεσία, οι Ισπανοί κήρυξαν επίσημα τον πόλεμο στους Ίνκας. Όταν ο Atahuallpa ρώτησε ψυχρά τον ιερέα Valverde με ποια εξουσία αυτός και ο λαός του μπορούσαν να λένε τέτοια πράγματα, ο Valverde του πρόσφερε μια Βίβλο, λέγοντας ότι η εξουσία προερχόταν από τις λέξεις σε αυτήν. Την εξέτασε και στη συνέχεια ρώτησε γιατί δεν του μιλούσε. Στη συνέχεια την πέταξε στο έδαφος. Αυτό έδωσε στους Ισπανούς τη δικαιολογία που χρειάζονταν για να ξεκινήσουν πόλεμο εναντίον των Ίνκας. Άνοιξαν πυρ και σε διάστημα 2 ωρών σκοτώθηκαν περισσότεροι από δύο χιλιάδες στρατιώτες των Ίνκας. Στη συνέχεια οι Ισπανοί φυλάκισαν τον Αταχουάλπα στο Ναό του Ήλιου.
Ο Atahuallpa δεν μπορούσε ακόμη να πιστέψει ότι οι Ισπανοί σκόπευαν να πάρουν τον έλεγχο του βασιλείου του. Πίστευε ότι αν τους έδινε το χρυσό και το ασήμι που ζητούσαν θα έφευγαν. Σε αντάλλαγμα για την απελευθέρωσή του, συμφώνησε να γεμίσει ένα μεγάλο δωμάτιο με χρυσό και υποσχέθηκε στους Ισπανούς το διπλάσιο ποσό σε ασήμι. Αν και έμεινε έκπληκτος από την προσφορά, ο Πιζάρο δεν είχε καμία πρόθεση να απελευθερώσει τον Ίνκα, επειδή χρειαζόταν την επιρροή του ηγεμόνα στους ιθαγενείς για να διατηρήσει την τάξη στη γύρω χώρα.
Στη συνέχεια όμως ο Πιζάρο αποφάσισε να τον εκτελέσει, επειδή φοβόταν ότι θα μπορούσε να απελευθερωθεί από έναν στρατηγό των Ίνκας. Ο Πιζάρο οργάνωσε μια εικονική δίκη και έκρινε τον Αταχουάλπα ένοχο για την εξέγερση κατά των Ισπανών και τη δολοφονία του Χουασκάρ, του ίδιου του αδελφού του. Ο Atahuallpa καταδικάστηκε σε εκτέλεση με καύση. Ο ίδιος τρομοκρατήθηκε, καθώς οι Ίνκας πίστευαν ότι η ψυχή δεν θα μπορούσε να μεταβεί στη μεταθανάτια ζωή αν το σώμα καεί. Ο μοναχός Vicente de Valverde, ο οποίος νωρίτερα είχε προσφέρει τη Βίβλο στον Atahuallpa, παρενέβη ξανά, λέγοντας στον Atahuallpa ότι αν συμφωνούσε να ασπαστεί τον χριστιανισμό θα έπειθε τους υπόλοιπους να μετατρέψουν την ποινή. Ο Atahualpa συμφώνησε να βαπτιστεί στη χριστιανική πίστη. Του δόθηκε το όνομα Juan Santos Atahualpa και στη συνέχεια στραγγαλίστηκε με στραγγαλισμό αντί να καεί. Ο Αταχουάλπα πέθανε στις 29 Αυγούστου 1533. Τον Atahuallpa διαδέχθηκε ο αδελφός του, ο μαριονέτα Ίνκα Tupac Huallpa, και αργότερα ένας άλλος αδελφός του Manco Inca Yupanqui.
