Τα πρωτότυπα που χρησιμοποιήθηκαν για τον σχεδιασμό των ηλεκτρικών συστημάτων του ελεγκτή χρησιμοποίησαν τον λεγόμενο "ζυγό και το gimbal" που προέρχονται από ένα σύστημα ραδιοελέγχου που χρησιμοποιείται για την οδήγηση μοντέλων αεροπλάνων. Αυτός ο απλός σχεδιασμός έδινε πολύ ωραίο έλεγχο και ήταν ιδιαίτερα αξιόπιστος. Τα πραγματικά χειριστήρια που πωλήθηκαν με το παιχνίδι ήταν αρκετά διαφορετικά και αποτέλεσαν μεγάλη απογοήτευση για τις ομάδες ανάπτυξης. Ο σχεδιασμός του αναλογικού χειριστηρίου, το οποίο χρησιμοποιούσε μια αδύναμη λαστιχένια μπότα αντί για ελατήρια για να κεντράρει το χειριστήριο, προκάλεσε σε πολλά χειριστήρια την αδυναμία κεντραρίσματος. Ένα άλλο σημαντικό ελάττωμα των χειριστηρίων ήταν ότι ο σχεδιασμός δεν παρείχε ομαλό έλεγχο κατά τη διαδρομή του μοχλού. Αυτό έκανε τον έλεγχο των παιχνιδιών δυσκίνητο. Τα χειριστήρια περιλάμβαναν, ωστόσο, ένα κουμπί παύσης. Αυτό αποτελούσε καινοτομία εκείνη την εποχή, αλλά θα γινόταν στάνταρ σε όλα σχεδόν τα μελλοντικά συστήματα παιχνιδιών. Τα ανταλλακτικά joysticks κυκλοφόρησαν και από άλλους κατασκευαστές.
Η Atari Inc. κυκλοφόρησε το χειριστήριο Pro-Line Trak-Ball για το σύστημα, το οποίο χρησιμοποιήθηκε για τίτλους όπως το Centipede ή το Defender. Ένα χειριστήριο με κουπί και μια ενημερωμένη έκδοση του αρχικού χειριστηρίου με αυτοκέντρωση ήταν επίσης υπό επεξεργασία, αλλά δεν έφτασαν ποτέ στην αγορά.
Στο web-video-game review show, James Rolfe's The Angry Video Game Nerd, ο χαρακτήρας του Rolfe παρουσιάζεται ως πολύ απογοητευμένος με την προσπάθεια να χρησιμοποιήσει τα χειριστήρια και το Pro-Line Trak Ball, καθώς κανένα από αυτά δεν λειτουργεί σωστά. Άλλες περιπτώσεις διαδικτυακών εκπομπών αναθεώρησης παιχνιδιών που αντιπαθούν το χειριστήριο είναι σε εκπομπές όπως το Mark Bussler's Classic Game Room, όπου ο οικοδεσπότης εμφανίζεται να δηλώνει ότι τα χειριστήρια του Atari 5200 είναι τα χειρότερα χειριστήρια παιχνιδομηχανών όλων των εποχών.
Το χειριστήριο κατατάχθηκε ως το 10ο χειρότερο χειριστήριο βιντεοπαιχνιδιών από τον συντάκτη του IGN Craig Harris.
