Σε ένα πραξικόπημα τον Οκτώβριο του 1965, ο στρατός κατέλαβε την εξουσία αφού ισχυρίστηκε ψευδώς ότι η δολοφονία πολλών ανώτερων στρατηγών είχε οργανωθεί από το Κομμουνιστικό Κόμμα Ινδονησίας. Αυτή ήταν η αρχή της Νέας Τάξης του Σουχάρτο. Αυτή η κυβέρνηση ήταν βίαια αντικομμουνιστική. Ο Pramoedya ήταν επικεφαλής της Πολιτιστικής Οργάνωσης του Λαού, μιας λογοτεχνικής ομάδας που συνδεόταν με το Κομμουνιστικό Κόμμα της Ινδονησίας. Έτσι, το καθεστώς της Νέας Τάξης τον αποκάλεσε κομμουνιστή και εχθρό του κράτους. Κατά τη διάρκεια της βίαιης αντικομμουνιστικής εκκαθάρισης το 1965-66, ο Pramoedya συνελήφθη, ξυλοκοπήθηκε και φυλακίστηκε από την κυβέρνηση του Suharto. Ονομάστηκε πολιτικός κρατούμενος. Τα βιβλία του απαγορεύτηκαν και φυλακίστηκε χωρίς δίκη, πρώτα στο Νούσα Καμπανγκάν στα ανοικτά των νότιων ακτών της Ιάβας και στη συνέχεια στην ποινική αποικία Μπούρου στα ανατολικά νησιά του ινδονησιακού αρχιπελάγους. .
Κατά τη διάρκεια της φυλάκισής του στο νησί Μπούρου του απαγορεύτηκε να γράφει. Δημιούργησε όμως την πιο γνωστή σειρά έργων του , το Κουαρτέτο του Μπούρου. Πρόκειται για μια σειρά τεσσάρων ιστορικών μυθιστορημάτων μυθοπλασίας που αφηγούνται την ανάπτυξη του ινδονησιακού εθνικισμού. Τα βιβλία είναι εν μέρει βασισμένα στις δικές του εμπειρίες που βίωσε μεγαλώνοντας. Οι αγγλικοί τίτλοι των βιβλίων είναι οι εξής: This Earth of Mankind, Child of All Nations, Footsteps και House of Glass. Ο κεντρικός χαρακτήρας της σειράς ονομάζεται Μίνκε. Είναι ένας ανήλικος βασιλικός της Ιάβας. Ο χαρακτήρας μοιάζει με έναν Ινδονήσιο δημοσιογράφο που ονομάζεται Tirto Adhi Surjo. Ήταν ενεργός στο εθνικιστικό κίνημα.
Το κουαρτέτο περιλαμβάνει ισχυρούς γυναικείους χαρακτήρες ινδονησιακής και κινεζικής εθνικότητας. Τα βιβλία δείχνουν πόσο δύσκολο ήταν για αυτούς τους ανθρώπους να ζουν υπό την αποικιοκρατία. Βίωσαν ρατσιστικές διακρίσεις και επιθέσεις. Αγωνίστηκαν για προσωπική και εθνική πολιτική ανεξαρτησία. Τα βιβλία αυτά είναι χαρακτηριστικά του μεγαλύτερου μέρους της γραφής της Pramoedya. Αφηγούνται προσωπικές ιστορίες και επικεντρώνονται σε άτομα που εμπλέκονται στις κινήσεις της ιστορίας ενός έθνους.
Ο Pramoedya είχε κάνει έρευνα για τα βιβλία πριν σταλεί στο στρατόπεδο φυλακών Buru. Όταν συνελήφθη, η βιβλιοθήκη του κάηκε και μεγάλο μέρος της συλλογής του και των πρώτων του συγγραμμάτων χάθηκε. Στο νησί Buru, αποικία φυλακών, δεν του επιτρεπόταν να έχει ούτε ένα μολύβι. Ο Pramoedya πίστευε ότι θα μπορούσε ποτέ να γράψει τα μυθιστορήματα σε χαρτί. Αφηγούνταν τις ιστορίες των μυθιστορημάτων στους συγκρατούμενούς του. Άλλοι κρατούμενοι άκουγαν τις ιστορίες και στη συνέχεια τον βοηθούσαν. Έκαναν πρόσθετη εργασία ώστε ο Pramoedya να μην χρειάζεται να δουλεύει τόσο πολύ. Έτσι τελικά μπόρεσε να γράψει τα μυθιστορήματα. Τα τελικά βιβλία πήραν το όνομά τους, "Κουαρτέτο Buru", από τη φυλακή όπου τα δημιούργησε. Έχουν συγκεντρωθεί και εκδοθεί στα αγγλικά. Ο Maxwell Lane τα μετέφρασε. Βρίσκονται επίσης σε πολλές άλλες γλώσσες. Μέχρι το 2005, είχαν εκδοθεί σε 33 γλώσσες (BIWP). Πολλοί άνθρωποι εκτός Ινδονησίας πίστευαν ότι αυτά ήταν εξαιρετικά βιβλία. Κέρδισαν πολλά βραβεία. Αλλά η κυβέρνηση της Ινδονησίας απαγόρευσε την έκδοση στην Ινδονησία. Έτσι, ένα από τα πιο διάσημα λογοτεχνικά έργα της Ινδονησίας ήταν σχεδόν αδύνατο να το βρει ο λαός της χώρας, την ιστορία του οποίου αφορούσε. Οι Ινδονήσιοι στο εξωτερικό σάρωναν αντίγραφα και τα μοιράζονταν στο Διαδίκτυο με ανθρώπους στο εσωτερικό της χώρας.
Τα έργα του Pramoedya για την αποικιακή Ινδονησία αναγνώριζαν τη σημασία του Ισλάμ ως μέσου λαϊκής αντιπολίτευσης προς τους Ολλανδούς. Τα έργα του δεν αφορούν τη θρησκεία και δεν έχουν σαφή θρησκευτικά θέματα. Αντιτάχθηκε στους ανθρώπους που χρησιμοποιούσαν τη θρησκεία για να ελέγχουν τον τρόπο σκέψης των ανθρώπων. Μερικές φορές έγραφε αρνητικά για τους θρησκευτικά ευσεβείς.