Ο Fiver, ένα κουνέλι με το χάρισμα να βλέπει το μέλλον, που ζει στο Sandleford Warren, βλέπει στο μέλλον το σπίτι του να καταστρέφεται από έναν εργολάβο ανάπτυξης γης. Πείθει τον αδελφό του, τον Χέιζελ, να μιλήσει στον αρχηγό των λαγών, τον Θριάρα, για να φύγει από το Γουόρεν, ωστόσο ο αρχηγός των λαγών δεν έχει καμία πρόθεση να φύγει. Η Χέιζελ, ο Φάιβερ και εννέα άλλα κουνέλια ξεκινούν τότε για να αναζητήσουν ένα νέο σπίτι (τότε, απλώς με βάση τα όνειρα του Φάιβερ ότι ένα καλό σπίτι τους περιμένει κάπου μακριά).
Ταξιδεύουν μέσα από δάση, χωράφια, πάνω από ποτάμια και δρόμους γεμάτους με hrududu's (αυτοκίνητα) πριν η κούραση τους αναγκάσει να σταματήσουν σε ένα κρησφύγετο με επικεφαλής ένα κουνέλι που ονομάζεται Cowslip. Μετά από πολλές συζητήσεις, τα κουνέλια συμφωνούν να μείνουν στο κρησφύγετο του Καουλούπ. Το κλουβί όμως, τους φαίνεται λάθος (ειδικά στον Φάιβερ) λόγω των παράξενων συνηθειών των άλλων κουνελιών.
Σύντομα ανακαλύπτουν ότι οι παράξενες ενέργειες που επιδεικνύουν τα κουνέλια του Cowslip οφείλονται στο γεγονός ότι απλώς τα ταΐζει και τα φροντίζει ένας αγρότης για να τα σκοτώσει ένα προς ένα για τροφή. Φεύγουν από το κλουβί του Κάουσλιπ, αν και ο Μπίγκγουιγκ παραλίγο να πεθάνει στο δρόμο.
Συνεχίζουν να πηγαίνουν μέχρι να φτάσουν στην τοποθεσία Watership Down, έναν ψηλό λόφο που είναι μακριά από τον άνθρωπο και γεμάτος καλό φαγητό και ασφάλεια. Μετά από μια-δυο μέρες στην καλή γη που τους είχε υποσχεθεί ο Φάιβερ, η Χέιζελ ανακηρύσσεται ανεπίσημα αρχηγικό κουνέλι του Γουώτερσινγκ Ντάουν. Ωστόσο, η Χέιζελ συνειδητοποιεί ότι δεν υπάρχουν θηλυκά κουνέλια (θηλυκά κουνέλια) ανάμεσά τους και δεν μπορούν να έχουν ένα υγιές κουνελοτροφείο χωρίς θηλυκά κουνέλια.
Αργότερα η Φουντουκιά σώζει έναν μεγάλο γλάρο που ονομάζεται Kehaar, ο οποίος έχει πληγωθεί από μια γάτα. Αφού φροντίζει τον Κέχαρ, ο Κέχαρ συμφωνεί να βοηθήσει προς το παρόν τα κουνέλια σε αντάλλαγμα για την καλοσύνη τους προς αυτόν. Αφού του ζητήθηκε από την Hazel να ελέγξει την περιοχή, ο Kehaar βρίσκει ένα μεγάλο κρησφύγετο που ονομάζεται Efrafa στα νότια της θέσης τους. Αφού ακούει ότι η Efrafa είναι μεγάλη και πολύ γεμάτη, η Hazel στέλνει τέσσερα κουνέλια στην Efrafa για να τους ζητήσει αν θα μπορούσαν να φέρουν μερικά θηλυκά στο κρησφύγετο τους.
Ωστόσο, η Efrafa, ως ένα μεγάλο κλουβί με πάρα πολλά κουνέλια, ελέγχεται αυστηρά από ένα κουνέλι που ονομάζεται Στρατηγός Woundwort και τον μεγάλο στρατό του. Σε κάθε κουνέλι λένε πότε και πού επιτρέπεται να τρώει, να κοιμάται και πολλά άλλα. Τίποτα δεν συμβαίνει χωρίς την έγκριση του στρατηγού, συμπεριλαμβανομένης της εξόδου από το κρησφύγετο. Τα τέσσερα κουνέλια μόλις και μετά βίας το σκάνε, αφού παίξουν ένα παιχνίδι με έναν λοχαγό των Εφραφάν.
Την ίδια στιγμή που τα τέσσερα κουνέλια βρίσκονται στην Εφραφά, η Χέιζελ οδηγεί μια μικρή ομάδα για να εξετάσει την αναφορά του Κέχαρ ότι υπάρχει μια φάρμα με μερικά κουνέλια σε κλουβιά, μεταξύ των οποίων και θηλυκά κουνέλια. Μετά από μερικές επιδρομές, τα κουνέλια του Γουότερσινγκ απελευθερώνουν μερικά κουνέλια σε κλουβιά από τη φάρμα, αλλά η Χέιζελ πυροβολείται κατά την έξοδο. Ο Φάιβερ έχει όμως ένα όραμα όπου βρίσκεται η Φουντουκιά και η Φουντουκιά βρίσκεται και επανέρχεται στην υγεία της.
Ακούγοντας τώρα πώς είναι η Εφραφά, η αποδυναμωμένη Φουντουκιά αποφασίζει να ελευθερώσει τα κουνέλια από την Εφραφά. Όλα τα κουνέλια του Γουότερσινγκ ταξιδεύουν προσεκτικά στις άκρες της Εφραφά. Προσποιούμενος τον περιπλανώμενο μοναχικό λαγό, ο Bigwig διεισδύει στην Efrafa ως αξιωματικός της Owsla τους. Μυστικά, όμως, ο Μπίγκγουιγκ βοηθάει να βρει κουνέλια που θα βοηθήσουν στην απόδραση. Συναντά τον Hyzenthlay και τον Thethunninnang, δύο does που του λένε ότι, αν έχει ένα λειτουργικό σχέδιο, αυτοί και μερικά άλλα κουνέλια θα επιχειρήσουν μαζί του την απόδραση.
Αφού παραλίγο να πολεμήσουν με τον στρατηγό Woundwort, ο Bigwig και τα παιδιά δραπετεύουν από την Efrafa με τη βοήθεια του Kehaar. Φυσικά η απόδραση αυτή γίνεται αντιληπτή από τους φρουρούς και σύντομα ο ίδιος ο στρατηγός και ο μικρός στρατός του πιάνουν τον Bigwig και τα κουνέλια που το έσκασαν. Ξεφεύγουν μόνο επειδή ο Kehaar επιτίθεται στον Woundwort. Ο Woundwort συνεχίζει να κυνηγάει τα κουνέλια μέχρι ένα ρυάκι, και τα κουνέλια δραπετεύουν με μια μικρή βάρκα. Δύο δεν πεθαίνουν στο δρόμο για το Γουότερσινγκ Ντάουν, αλλά τα περισσότερα κουνέλια φτάνουν εκεί με ασφάλεια.
Τα κουνέλια χαίρονται να βλέπουν τα νέα κουνέλια. Ωστόσο, ένα ποντίκι προειδοποιεί τα κουνέλια ότι ο στρατηγός Woundwort και μια μικρή ομάδα κρούσης έρχονται. Ο Στρατηγός επιτίθεται στη συνέχεια στη φωλιά τη νύχτα, καθώς τα κουνέλια του Γουότερσινγκ κατευθύνονται στα βαθύτερα λαγούμια τους, αποκλείοντας τις σήραγγες σε μια προσπάθεια να κρατήσουν μακριά τους Εφραίμ.
Ενώ βρίσκεται σε ένα λαγούμι, ο Fiver λιποθυμά καθώς του έρχονται πολλά οράματα ταυτόχρονα. Εν τω μεταξύ, η Φουντουκιά έχει ένα όραμα για το πώς να σταματήσει τους Εφραφάν. Η Χέιζελ λέει στον Μπίγκγουιγκ να μείνει εκεί και να πολεμήσει και αυτός παίρνει το Μαύρο Μούρο και την Πικραλίδα από το λαγούμι. Το σχέδιο της Χέιζελ είναι να χρησιμοποιήσει τον σκύλο στην κοντινή φάρμα Νουτχάνγκερ για να νικήσει τους Εφρέφαν.
Το σχέδιο της Χέιζελ πετυχαίνει, ωστόσο ο Μπίγκγουιγκ και η Χέιζελ τραυματίζονται κατά τη διαδικασία. Ο στρατηγός Woundwort εξαφανίζεται, χωρίς να τον ξαναδούν ποτέ. Ο λοχαγός Κάμπιον και οι άλλοι επιτιθέμενοι επιστρέφουν στην Εφραφά, όπου ο Κάμπιον γίνεται Αρχηγός Κουνέλι.
Ο Χέιζελ ζει μια μακρά ζωή ως αρχηγός κουνελιού του Γουότερσινγκ Ντάουν, ενώ η φωλιά του πάει καλά και είναι ειρηνική. Ο Φάιβερ αναρρώνει και ο Μπίγκγουιγκ γίνεται ο σεβαστός αρχηγός της φρουράς.
