Στην αρχή της βασιλείας του, η αυτοκρατορία, υπό την κοινή διακυβέρνηση του Μάρκου και του Λούκιου Βέρου, νίκησε την αναζωογονημένη αυτοκρατορία των Πάρθων σε έναν πόλεμο από το 161 έως το 166.
Οι απρόβλεπτες συνέπειες για την αυτοκρατορία ήταν μεγάλες. Τα στρατεύματα που επέστρεφαν έφεραν μαζί τους μια πανούκλα (τη λεγόμενη πανούκλα του Αντωνίνου), η οποία μπορεί να ήταν ευλογιά. Θα σκότωνε τελικά περίπου 5 εκατομμύρια ανθρώπους και θα αποδυνάμωνε σοβαρά την αυτοκρατορία.
Ο Αυρήλιος πολέμησε τις γερμανικές φυλές κατά τη διάρκεια ενός μακροχρόνιου πολέμου από το 166 έως το 180. Η πίεση από την κίνηση των Γότθων προς τα δυτικά έσπρωξε τα εγκαταστημένα γερμανικά φύλα να εισβάλουν σε ρωμαϊκά πελατειακά κράτη στη Γαλατία και πέρα από τον Δούναβη.
Ο λοιμός που μαινόταν στην αυτοκρατορία περιόρισε την ικανότητα της Ρώμης να αντιδράσει. Η φυλή των Μαρκομάνων εισήλθε στην Ιταλία, στην οποία δεν είχε γίνει εισβολή για σχεδόν 200 χρόνια, και νίκησε τον στρατό του έπαρχου των πραιτοριανών.
Η καταστροφή αυτή ανάγκασε τον Μάρκο να συγκεντρώσει δυνάμεις από άλλα σύνορα και να τις μετακινήσει εναντίον των Μαρκομάνων. Τον ρωμαϊκό στρατό διοικούσε ο Κλαύδιος Πομπήιος, γαμπρός του Μάρκου, με έναν από τους υπολοχαγούς του τον μελλοντικό αυτοκράτορα Περτίναξ. Οι εισβολείς εκδιώχθηκαν από την Ιταλία και ο Μάρκος άρχισε να σχεδιάζει να περάσει τον Δούναβη στην επικράτειά τους.
Ακολούθησε έντονη διπλωματική δραστηριότητα, καθώς οι Ρωμαίοι προσπαθούσαν να κερδίσουν διάφορες βαρβαρικές φυλές για να προετοιμάσουν τη διάβαση του Δούναβη. Με ορισμένες φυλές υπογράφηκε συνθήκη ειρήνης, ενώ άλλες έγιναν σύμμαχοι των Ρωμαίων. Το 172, ο Μάρκος νίκησε τους Μαρκομάνους και το 173 οι σύμμαχοί τους, οι Κουάντι, ηττήθηκαν. Χρειάστηκε να φτάσει το 174 για να υποταχθούν οι Κουάδες.
Ο Μάρκος διακόπηκε τώρα από μια εξέγερση στα ανατολικά, με επικεφαλής τον Ρωμαίο στρατηγό Αβίδιο Κάσσιο. Καταπνίγηκε από τον στρατό του Μάρκου. Στη συνέχεια ο Μάρκος επέστρεψε στη Ρώμη. Γιορτάστηκε ένας θρίαμβος με τον γιο του Κόμμοδο.
Το 177 οι Κουάντι επαναστάτησαν ξανά και οι Μαρκομάνι ενώθηκαν μαζί τους. Ο Μάρκος έφθασε στο προσκήνιο τον Αύγουστο του 178, και εν ευθέτω χρόνω οι Ρωμαίοι κέρδισαν μια αποφασιστική μάχη στην περιοχή της σημερινής Σλοβακίας. Ο αυτοκράτορας Μάρκος πέθανε το 180, εξακολουθώντας να πολεμά τις γερμανικές φυλές.
Τα επόμενα δύο χρόνια επιτεύχθηκαν νίκες, αρκετές για να διεκδικήσει ο Κόμμοδος τα εύσημα ενός θριάμβου. Οι μάχες δόθηκαν από τους στρατηγούς του.
