Στην αρχή, ο Μοχάμεντ Αλί διεξήγαγε πόλεμο για λογαριασμό του Οθωμανού σουλτάνου Μαχμούτ Β' στην Αραβία και την Ελλάδα. Αργότερα, ήρθε σε ανοιχτή σύγκρουση με την Οθωμανική Αυτοκρατορία.
Η πρώτη του στρατιωτική εκστρατεία ήταν μια εκστρατεία στην Αραβική Χερσόνησο. Οι ιερές πόλεις της Μέκκας και της Μεδίνας είχαν καταληφθεί από τον Οίκο των Σαούντ, ο οποίος υποστήριζε μια μορφή του Ισλάμ που ονομαζόταν Ουαχαμπισμός. Οπλισμένοι με τον νέο θρησκευτικό τους ζήλο, οι Μωάμεθ ιμπν Σαούντ άρχισαν να κατακτούν τμήματα της Αραβίας.
Με τον κύριο οθωμανικό στρατό απασχολημένο στην Ευρώπη, ο Μαχμούτ Β΄ στράφηκε στον Μοχάμεντ Αλή για να ανακαταλάβει τα αραβικά εδάφη. Ο Μοχάμεντ Αλί με τη σειρά του διόρισε τον γιο του, τον Τουσούν πασά, να ηγηθεί μιας στρατιωτικής αποστολής το 1811. Η εκστρατεία ανατράπηκε στην Αραβία- ωστόσο, το 1812 εξαπολύθηκε μια δεύτερη επίθεση που ανακατέλαβε το Χετζάζ. σελ. 43-44 Μετά από μια διετή εκστρατεία, οι Σαουδάραβες συντρίφτηκαν και το μεγαλύτερο μέρος της σαουδαραβικής οικογένειας αιχμαλωτίστηκε. Ο αρχηγός της οικογένειας, ο Αμπντουλάχ ιμπν Σαούντ, στάλθηκε στην Κωνσταντινούπολη και εκτελέστηκε. σελ. 48
Στη συνέχεια ο Μοχάμεντ Αλί έστρεψε την προσοχή του σε στρατιωτικές εκστρατείες του δικού του σχεδιασμού, ξεκινώντας με το Σουδάν, το οποίο θεωρούσε πολύτιμη προσθήκη εδαφών, χρυσού και σκλάβων. Το Σουδάν εκείνη την εποχή δεν είχε πραγματική κεντρική εξουσία και χρησιμοποιούσε πρωτόγονα όπλα στις φυλετικές του διαμάχες.
Το 1820 ο Μοχάμεντ Αλί απέστειλε στρατό 5.000 στρατιωτών υπό τη διοίκηση του τρίτου γιου του, Ισμαήλ, νότια στο Σουδάν με σκοπό να κατακτήσει την περιοχή και να την υποτάξει στην εξουσία του. p51 Τα στρατεύματα του Αλί προχώρησαν στο Σουδάν το 1821, αλλά συνάντησαν σθεναρή αντίσταση. Τελικά, τα αιγυπτιακά στρατεύματα και τα πυροβόλα όπλα εξασφάλισαν την κατάκτηση του Σουδάν. Ο Αλί είχε πλέον ένα προκεχωρημένο φυλάκιο από το οποίο μπορούσε να επεκταθεί προς τις πηγές του Νείλου στην Αιθιοπία και την Ουγκάντα. Η διοίκησή του αιχμαλώτισε σκλάβους από το Σουδάν, οι οποίοι στη συνέχεια μετατράπηκαν σε πεζικό σύνταγμα στρατιωτών. Η σκληρή βασιλεία του Αλί στο Σουδάν και των άμεσων διαδόχων του οδήγησε τελικά στον λαϊκό αγώνα ανεξαρτησίας του αυτοανακηρυχθέντος Μαχντί, Μοχάμεντ Αχμέντ, το 1881.
Καθώς ο Μοχάμεντ Αλί επέκτεινε την εξουσία του στην Αφρική, η Οθωμανική Αυτοκρατορία αντιμετώπιζε εθνοτικές εξεγέρσεις στα ευρωπαϊκά εδάφη της. Η ελληνική εξέγερση κατά της οθωμανικής κυριαρχίας ξεκίνησε το 1821. Ο οθωμανικός στρατός απέτυχε να καταπνίξει την εξέγερση και η εθνοτική βία εξαπλώθηκε μέχρι την Κωνσταντινούπολη. Ο σουλτάνος Μαχμούτ Β΄ προσέφερε στον Μωάμεθ Αλή το νησί της Κρήτης σε αντάλλαγμα για την υποστήριξή του στην κατάπνιξη της εξέγερσης.
Ο Μοχάμεντ Αλί έστειλε 16.000 στρατιώτες, 100 μεταγωγικά και 63 πλοία συνοδείας υπό τη διοίκηση του γιου του, Ιμπραήμ πασά. σελ. 71. Η Βρετανία, η Γαλλία και η Ρωσία επενέβησαν για να προστατεύσουν τους Έλληνες. Στις 20 Οκτωβρίου 1827 στο Ναβαρίνο, ολόκληρος ο αιγυπτιακός στόλος βυθίστηκε από τον ευρωπαϊκό συμμαχικό στόλο υπό τη διοίκηση του ναυάρχου Έντουαρντ Κόδριγκτον (1770-1851). Ο Μοχάμεντ Αλί υπέστη την απώλεια του ικανού και ακριβού ναυτικού του. Με τον στόλο του κατεστραμμένο, η Αίγυπτος δεν είχε τρόπο να υποστηρίξει τις δυνάμεις της στην Ελλάδα και αναγκάστηκε να αποσυρθεί. Τελικά η εκστρατεία κόστισε στον Μοχάμεντ Αλί το ναυτικό του χωρίς κανένα κέρδος.
Για να αντισταθμίσει τις απώλειες του ίδιου και της Αιγύπτου, δρομολογήθηκε η κατάκτηση της Συρίας. Όπως και άλλοι ηγεμόνες της Αιγύπτου πριν από αυτόν, ο Αλί επιθυμούσε να ελέγξει το Λεβάντε, τόσο για τη στρατηγική του αξία όσο και για τους πλούσιους φυσικούς του πόρους. Η Συρία δεν διέθετε μόνο άφθονους φυσικούς πόρους, αλλά και μια ακμάζουσα διεθνή εμπορική κοινότητα με ανεπτυγμένες αγορές σε όλο το Λεβάντε. Θα αποτελούσε δέσμια αγορά για τα αγαθά που παρήγαγε τώρα η Αίγυπτος. Ίσως το καλύτερο από όλα, η Συρία ήταν επιθυμητή ως ρυθμιστικό κράτος μεταξύ της Αιγύπτου και του Οθωμανού σουλτάνου.
Κατασκευάστηκε νέος στόλος, συγκροτήθηκε νέος στρατός και στις 31 Οκτωβρίου 1831, υπό τον Ιμπραήμ Πασά, η αιγυπτιακή εισβολή στη Συρία ξεκίνησε τον Πρώτο Τουρκοαιγυπτιακό Πόλεμο. Οι Αιγύπτιοι κατέλαβαν με ευκολία το μεγαλύτερο μέρος της Συρίας. Η ισχυρότερη και μόνη πραγματικά σημαντική αντίσταση προέβαλε η πόλη-λιμάνι της Άκκρας. Η αιγυπτιακή δύναμη κατέλαβε τελικά την πόλη μετά από εξάμηνη πολιορκία. Η αναταραχή στο εσωτερικό μέτωπο των Αιγυπτίων αυξήθηκε κατά τη διάρκεια της πολιορκίας. Ο Αλί αναγκάστηκε να πιέζει όλο και περισσότερο την Αίγυπτο για να υποστηρίξει την εκστρατεία του και ο λαός του δυσανασχετούσε με το αυξημένο βάρος.
Μετά την πτώση της Άκκρας, ο αιγυπτιακός στρατός βάδισε βόρεια στην Ανατολία. Στη μάχη της Κόνια (21 Δεκεμβρίου 1832), ο Ιμπραήμ πασάς νίκησε παταγωδώς τον οθωμανικό στρατό με επικεφαλής τον Μεγάλο Βεζίρη Ρεσίντ πασά. Δεν υπήρχαν πλέον στρατιωτικά εμπόδια μεταξύ των δυνάμεων του Ιμπραήμ και της ίδιας της Κωνσταντινούπολης.
Κατά τη διάρκεια της εκστρατείας, ο Μοχάμεντ Άλι παρακολουθούσε προσεκτικά τις ευρωπαϊκές δυνάμεις. Φοβούμενος μια νέα επέμβαση που θα ανέτρεπε όλα τα κέρδη του, προχώρησε αργά και προσεκτικά. Για παράδειγμα, συνέχισε την πρακτική της χρήσης του ονόματος του Σουλτάνου στις προσευχές της Παρασκευής στα νεοαποκτηθέντα εδάφη. Συνέχισε να κυκλοφορεί οθωμανικά νομίσματα αντί να εκδώσει νέα με το ομοίωμά του. σ111 Όσο η πορεία του Μοχάμεντ Αλί δεν απειλούσε την πλήρη κατάρρευση του οθωμανικού κράτους, οι δυνάμεις στην Ευρώπη παρέμειναν παθητικοί παρατηρητές.
Παρά την παράσταση αυτή, ο στόχος του Μοχάμεντ Αλί ήταν πλέον να απομακρύνει τον σημερινό Οθωμανό σουλτάνο Μαχμούτ Β΄ και να τον αντικαταστήσει με τον γιο του σουλτάνου, τον μικρό Αμπντουλμεκίντ. Το ενδεχόμενο αυτό θορύβησε τόσο πολύ τον Μαχμούτ Β΄, ώστε αποδέχθηκε την προσφορά στρατιωτικής βοήθειας της Ρωσίας. Αυτό οδήγησε στη Συνθήκη του Hünkâr İskelesi. σ72 Το κέρδος της Ρωσίας απογοήτευσε τις βρετανικές και γαλλικές κυβερνήσεις, οπότε εργάστηκαν για μια λύση με διαπραγματεύσεις. Τον Μάιο του 1833 υπογράφηκε η Σύμβαση της Kutahya.
Οι όροι της ειρήνης ήταν ότι ο Αλή θα απέσυρε τις δυνάμεις του από την Ανατολία και θα λάμβανε ως αποζημίωση τα εδάφη της Κρήτης και του Χετζάζ. Ο Ιμπραήμ πασάς θα διοριζόταν Wāli της Συρίας. Ωστόσο, η ειρηνευτική συμφωνία υπολειπόταν στο να παραχωρήσει στον Μοχάμεντ Αλί ένα ανεξάρτητο βασίλειο για τον εαυτό του, αφήνοντάς τον να λείπει. σ122
