Πρώιμα χρόνια
Η εμπορευματοκιβωτιοποίηση έχει τις ρίζες της στις περιοχές εξόρυξης άνθρακα στην Αγγλία από τα τέλη του 18ου αιώνα και μετά. Τα "χαλαρά κιβώτια" χρησιμοποιήθηκαν για την εμπορευματοποίηση του άνθρακα από τα τέλη της δεκαετίας του 1780, σε μέρη όπως το Bridgewater Canal. Χρησιμοποιούνταν για τη μετακίνηση άνθρακα πάνω και κάτω από φορτηγίδες.
Μέχρι τη δεκαετία του 1830, οι σιδηρόδρομοι σε διάφορες ηπείρους μετέφεραν εμπορευματοκιβώτια που μπορούσαν να μεταφερθούν σε άλλα μέσα μεταφοράς. Ο σιδηρόδρομος Λίβερπουλ και Μάντσεστερ στο Ηνωμένο Βασίλειο ήταν ένας από αυτούς. "Απλά ξύλινα κιβώτια, τέσσερα σε ένα βαγόνι, χρησιμοποιήθηκαν για τη μεταφορά άνθρακα από τα ανθρακωρυχεία του Lancashire στο Λίβερπουλ, όπου μεταφέρονταν σε ιππήλατα βαγόνια με γερανό". Μέχρι τη δεκαετία του 1840, χρησιμοποιούνταν σιδερένια κιβώτια καθώς και ξύλινα. Στις αρχές της δεκαετίας του 1900 εμφανίστηκαν κλειστά κιβώτια εμπορευματοκιβωτίων σχεδιασμένα για μετακίνηση μεταξύ οδικών και σιδηροδρομικών μεταφορών.
Στο Ηνωμένο Βασίλειο, αρκετές σιδηροδρομικές εταιρείες χρησιμοποιούσαν παρόμοια εμπορευματοκιβώτια στις αρχές του 20ού αιώνα και τη δεκαετία του 1920 το Railway Clearing House τυποποίησε το εμπορευματοκιβώτιο RCH. Με μήκος πέντε ή δέκα ποδιών, ξύλινα και μη στοιβαζόμενα, αυτά τα πρώιμα τυποποιημένα εμπορευματοκιβώτια σημείωσαν μεγάλη επιτυχία.
Από το 1926 έως το 1947 στις ΗΠΑ, ο σιδηρόδρομος Chicago North Shore and Milwaukee Railway μετέφερε οχήματα μεταφοράς αυτοκινήτων και φορτηγά φορτωμένα σε βαγόνια μεταξύ του Μιλγουόκι του Ουισκόνσιν και του Σικάγο του Ιλινόις. Από το 1929, η Seatrain Lines μετέφερε σιδηροδρομικά κιβωτάμαξες στα θαλάσσια πλοία της μεταξύ Νέας Υόρκης και Κούβας.
Κατά τη διάρκεια του Β' Παγκοσμίου Πολέμου ο αυστραλιανός στρατός χρησιμοποίησε κοντέινερ. Αυτά τα μη στοιβαζόμενα εμπορευματοκιβώτια είχαν περίπου το μέγεθος των μεταγενέστερων εμπορευματοκιβωτίων ISO των 20 ποδών και ίσως ήταν κατασκευασμένα κυρίως από ξύλο.
Επέκταση της δεκαετίας του 1950
Προς το τέλος του Β' Παγκοσμίου Πολέμου, ο στρατός των Ηνωμένων Πολιτειών χρησιμοποίησε εμπορευματοκιβώτια για να επιταχύνει τη φόρτωση και εκφόρτωση των μεταφορικών πλοίων. Ο στρατός χρησιμοποιούσε τον όρο "μεταφορείς" για τη μεταφορά των οικιακών αγαθών των αξιωματικών στο πεδίο της μάχης. Ένα "μεταφορέας" ήταν ένα επαναχρησιμοποιήσιμο εμπορευματοκιβώτιο, μήκους 8,5 ποδών (2,6 μ.), πλάτους 6,25 ποδών (1,91 μ.) και ύψους 6,83 ποδών (2,08 μ.), κατασκευασμένο από άκαμπτο χάλυβα με μεταφορική ικανότητα 9.000 κιλών.
Κατά τη διάρκεια του πολέμου της Κορέας, ο μεταφορέας αξιολογήθηκε για το χειρισμό ευαίσθητου στρατιωτικού εξοπλισμού και, καθώς αποδείχθηκε αποτελεσματικός, εγκρίθηκε για ευρύτερη χρήση.
Το 1952 ο στρατός άρχισε να χρησιμοποιεί τον όρο CONEX, συντομογραφία του "Container Express". Η πρώτη μεγάλη αποστολή CONEX, που περιείχε μηχανολογικό υλικό και ανταλλακτικά, έγινε σιδηροδρομικώς από τη γενική αποθήκη Columbus στη Georgia στο λιμάνι του San Francisco, στη συνέχεια με πλοίο στη Yokohama της Ιαπωνίας και στη συνέχεια στην Κορέα.
Το 1955, ένας ιδιοκτήτης εταιρείας φορτηγών, ο Malcom McLean, συνεργάστηκε με τον μηχανικό Keith Tantlinger για την ανάπτυξη του σύγχρονου εμπορευματοκιβωτίου. Η πρόκληση ήταν να σχεδιαστεί ένα εμπορευματοκιβώτιο που θα μπορούσε να φορτώνεται σε πλοία και να διατηρείται με ασφάλεια για μεγάλα θαλάσσια ταξίδια. Το αποτέλεσμα ήταν ένα κιβώτιο ύψους 2,4 μέτρων και πλάτους 2,4 μέτρων σε μονάδες μήκους 3,0 μέτρων, κατασκευασμένο από κυματοειδή χάλυβα πάχους 2,5 mm (0,098 in).
Το σχέδιο είχε έναν μηχανισμό twistlock στην κορυφή κάθε μιας από τις τέσσερις γωνίες. Αυτό σήμαινε ότι το εμπορευματοκιβώτιο μπορούσε εύκολα να ασφαλιστεί και να ανυψωθεί από γερανούς. Αφού βοήθησε τον McLean να φτιάξει τον επιτυχημένο σχεδιασμό, ο Tantlinger τον έπεισε να δώσει τα κατοχυρωμένα με δίπλωμα ευρεσιτεχνίας σχέδια στη βιομηχανία. Έτσι ξεκίνησε η διεθνής τυποποίηση των εμπορευματοκιβωτίων.
Το Υπουργείο Άμυνας των ΗΠΑ τυποποίησε ένα εμπορευματοκιβώτιο διατομής 8'×8' σε πολλαπλάσια μήκη των 10' για στρατιωτική χρήση. Αυτό ήταν ακριβώς το πρότυπο που πρότειναν οι McLean και Tantlinger στη Βρετανία και υιοθετήθηκε γρήγορα για ναυτιλιακούς σκοπούς.
Πρότυπο της ναυτιλιακής βιομηχανίας
Υπάρχουν πολλές παραλλαγές του τυποποιημένου μεγέθους 8'x8'x10', αλλά η χρήση των εμπορευματοκιβωτίων για μεταφορές είναι πλέον παγκόσμια. Εκτός από τα πλοία, τα εμπορευματοκιβώτια χρησιμοποιούνται καθολικά στα αεροπλάνα για τις διεθνείς αεροπορικές μεταφορές. Οι χώρες με μεγάλα σιδηροδρομικά δίκτυα εξακολουθούν να χρησιμοποιούν εμπορευματοκιβώτια για μεγάλο μέρος των εμπορευματικών τους μεταφορών.