Τα λεπιδόπτερα είναι οι πεταλούδες και οι σκώροι. Ωστόσο, αν και οι πεταλούδες αποτελούν μια φυσική μονοφυλετική ομάδα, οι σκώροι δεν είναι. Οι πεταλούδες συχνά τοποθετούνται στην υποτάξη Rhopalocera, η οποία περιλαμβάνει τα Papilionoidea (αληθινές πεταλούδες), τα Hesperiidae (πεταλούδες) και τα Hedylidae (πεταλούδες-πεταλούδες).

Στην ταξινομία του Λινναίου, οι σκώροι τοποθετούνται συνήθως στην υποτάξη Heterocera. Αυτό τείνει να καλύψει το γεγονός ότι δεν αποτελούν μια πραγματική φυσική μονοφυλετική ομάδα. Ωστόσο, οι σκώροι μοιάζουν και συμπεριφέρονται μάλλον διαφορετικά από τις πεταλούδες, γεγονός που εξηγεί γιατί οι άνθρωποι κατέληξαν να τους αποκαλούν με διαφορετικό όνομα.

Έχουν προταθεί και άλλα ταξινομικά συστήματα, αλλά κανένα από αυτά δεν είναι τέλειο. Τόσο οι ταξινομολόγοι όσο και οι ερασιτέχνες χρησιμοποιούν τις προφανείς διαφορές μεταξύ πεταλούδων και σκώρων.