Το 1869, ο Fujita γεννήθηκε στην επαρχία Awa (Tokushima).
Το 1895 αποφοίτησε από τη σχολή ελευθέρων τεχνών του Πανεπιστημίου του Τόκιο με πτυχίο στις σπουδές κινεζικής γλώσσας.
Στη συνέχεια δίδαξε την ιστορία της κινεζικής λογοτεχνίας στο Πανεπιστήμιο Waseda, στο Πανεπιστήμιο Toyo και σε άλλα σχολεία.
Το 1896 ίδρυσε το Dongya Xueyuan (東亞學院, East Asia College) μαζί με τον Oyanagi Shigeta και άλλους. Ο Fujita ίδρυσε επίσης το περιοδικό "Jiangsu Wenxue"《江湖文學》(Jiangsu Literature).
Το 1897 επισκέφθηκε τη Σαγκάη.
Το 1898 βοήθησε στη δημιουργία της Dongwen Xueshe (東文學社, κοινωνία λογοτεχνίας της Ανατολικής Ασίας) μαζί με τον Luo Zhenyu.
Μετά το 1904 ο Cen Chunxuan (岑春煊) κυβερνήτης της Guangxi και της Guangdong ζήτησε από τον Fujita να βοηθήσει με την εκπαίδευση.
Το 1905, βοήθησε επίσης στη δημιουργία του γυμνασίου Suzhou (江苏师范学堂). Προσκάλεσε περισσότερους από 10 δασκάλους από την Ιαπωνία. Στη συνέχεια, η δυναστεία Τσινγκ του απένειμε μετάλλιο. Το 1909 ο Φουτζίτα έγινε καθηγητής στο διάσημο Πανεπιστήμιο του Πεκίνου.
Το 1912, η Ιαπωνία επέστρεψε στην Ιαπωνία. Έζησε στο Τόκιο και ερεύνησε την ιστορία των αλληλεπιδράσεων Ανατολής-Δύσης. Το 1920 πήρε διδακτορικό δίπλωμα στη λογοτεχνία.
Το 1923 ήταν καθηγητής στο Πανεπιστήμιο Waseda. Δίδαξε την ιστορία των θαλάσσιων μεταφορών Ανατολής-Δύσης και την ιστορία των δυτικών περιοχών (Κίνα, Xiyu, το σημερινό Xinjiang).
Το 1925 έγινε καθηγητής στο αυτοκρατορικό Πανεπιστήμιο του Τόκιο και πρώτος λέκτορας στην ιστορία της Ανατολικής Ασίας.
Το 1928 έγινε καθηγητής και υπουργός πολιτισμού και πολιτικής στο Αυτοκρατορικό Πανεπιστήμιο Taibei (臺北帝國大學). Τον Μάιο του 1929 επέστρεψε στο Τόκιο για να δώσει και πάλι μια διάλεξη για την ιστορία του Xiyu. Αλλά τον Ιούλιο πέθανε από νεφρική ανεπάρκεια.
