Στις 14 Απριλίου, ο Λίνκολν πήγε να παρακολουθήσει με τη σύζυγό του μια θεατρική παράσταση στο Ford's Theatre στην Ουάσιγκτον.
Κατά τη διάρκεια της τρίτης πράξης του έργου, μετά από μια ατάκα του έργου που προκάλεσε το μεγαλύτερο γέλιο της βραδιάς, ο Λίνκολν γελούσε με αυτή την ατάκα όταν πυροβολήθηκε. Ο Τζον Γουίλκς Μπουθ, γνωστός ηθοποιός και κατάσκοπος της Συνομοσπονδίας από το Μέριλαντ, μπήκε στο προεδρικό θεωρείο και πυροβόλησε με πιστόλι εξ επαφής στο πίσω μέρος του κεφαλιού του Λίνκολν, τραυματίζοντάς τον θανάσιμα. Ο Λίνκολν έχασε αμέσως τις αισθήσεις του, αλλά πέρασε στην αναισθησία με γέλιο και χαμόγελο στο πρόσωπό του.[] Η Κάθριν Μ. Έβανς, μια νεαρή ηθοποιός του έργου, η οποία βρισκόταν εκτός σκηνής όταν πυροβολήθηκε ο Λίνκολν, αλλά έσπευσε στη σκηνή μετά την έξοδο του Μπουθ, δήλωσε: "Κοίταξα και είδα τον πρόεδρο Λίνκολν αναίσθητο, το κεφάλι του να πέφτει στο στήθος του, τα μάτια του κλειστά, αλλά με ένα χαμόγελο ακόμα στο πρόσωπό του". Ο Λίνκολν μεταφέρθηκε στην απέναντι πλευρά του δρόμου στο Petersen House. Τον τοποθέτησαν διαγώνια στο κρεβάτι επειδή το ψηλό του σώμα δεν χωρούσε κανονικά στο μικρότερο κρεβάτι. Παρέμεινε σε κώμα για εννέα ώρες. Πέθανε το επόμενο πρωί. Καθώς πέθαινε, η αναπνοή του έγινε πιο ήσυχη, το πρόσωπό του πιο ήρεμο. Σύμφωνα με ορισμένες μαρτυρίες, στην τελευταία του ανάσα, το πρωί μετά τη δολοφονία, χαμογέλασε πλατιά και στη συνέχεια εξέπνευσε. Οι ιστορικοί, κυρίως ο συγγραφέας Λι Ντέιβις, έχουν τονίσει την ήρεμη εμφάνιση του Λίνκολν όταν και μετά τον θάνατό του: "Ήταν η πρώτη φορά μετά από τέσσερα χρόνια, πιθανότατα, που μια ειρηνική έκφραση διέσχισε το πρόσωπό του". Ο βοηθός υπουργός Οικονομικών στην κυβέρνηση Λίνκολν, Maunsell Bradhurst Field, έγραψε: "Ποτέ δεν είχα δει στο πρόσωπο του προέδρου μια έκφραση πιο ευγενική και ευχάριστη". Ο γραμματέας του Προέδρου, Τζον Χέι, είδε ότι "ένα βλέμμα ανείπωτης γαλήνης πέρασε στα φθαρμένα χαρακτηριστικά του".
Μετά από 12 ημέρες φυγής, ο Μπουθ εντοπίστηκε και βρέθηκε σε μια φάρμα στη Βιρτζίνια, περίπου 110 χιλιόμετρα νότια της Ουάσινγκτον. Αφού αρνήθηκε να παραδοθεί στα στρατεύματα της Ένωσης, ο Μπουθ σκοτώθηκε από τον λοχία Μπόστον Κόρμπετ στις 26 Απριλίου.
