Ο αμερικανικός εμφύλιος πόλεμος διεξήχθη σε τρεις σημαντικές χερσαίες περιοχές, ή "θέατρα". Το ανατολικό θέατρο περιλάμβανε όλα τα εδάφη ανατολικά των Απαλαχίων Ορέων. Το δυτικό θέατρο περιλάμβανε όλα όσα βρίσκονταν μεταξύ των Απαλαχίων Ορέων και του ποταμού Μισισιπή και κατά μήκος του ποταμού. Το θέατρο Trans-Mississippi περιλάμβανε εδάφη δυτικά του ποταμού Μισισιπή.
Τόσο οι Ηνωμένες Πολιτείες όσο και η Συνομοσπονδία είχαν τις πρωτεύουσές τους στο ανατολικό θέατρο. Η Ουάσινγκτον ήταν η πρωτεύουσα των ΗΠΑ από το 1800. Όταν ο Νότος αποσχίστηκε, ονόμασε αρχικά το Μοντγκόμερι της Αλαμπάμα, αλλά σύντομα άλλαξε σε Ρίτσμοντ της Βιρτζίνια ως πρωτεύουσα των Συνομοσπονδιακών Πολιτειών. Το Ρίτσμοντ και η Ουάσινγκτον απέχουν μεταξύ τους μόλις 145 χιλιόμετρα (90 μίλια). Μια από τις πρώτες μάχες του πολέμου διεξήχθη στη Βιρτζίνια. Αυτή η πρώτη μάχη του Bull Run έγινε στις 21 Ιουλίου 1861. Οι Συνομοσπονδιακοί κέρδισαν τη μάχη. Ο ενωσιακός στρατός του Ποτόμακ προσπάθησε στη συνέχεια να καταλάβει το Ρίτσμοντ κατά την εκστρατεία της Χερσονήσου την άνοιξη του 1862. Εκείνη τη στιγμή, ο Ρόμπερτ Ε. Λι ανέλαβε τη διοίκηση της Στρατιάς της Βόρειας Βιρτζίνια και νίκησε τον στρατό της Ένωσης. Στη συνέχεια κέρδισε τη δεύτερη μάχη του Bull Run τον Αύγουστο του 1862. Ο Λι προσπάθησε να κερδίσει τον πόλεμο εισβάλλοντας στο Μέριλαντ. Όταν έχασε τη μάχη του Antietam, υποχώρησε πίσω στη Βιρτζίνια.
Στον Αμερικανικό Εμφύλιο Πόλεμο υπήρξε μεγάλος ναυτικός πόλεμος, αλλά το ναυτικό της Ένωσης ήταν πολύ ισχυρότερο. Ο Λίνκολν έθεσε τους Συνομοσπονδιακούς υπό αποκλεισμό, πράγμα που σήμαινε ότι το ναυτικό της Ένωσης δεν άφηνε κανένα πλοίο να μπαίνει ή να βγαίνει από τα λιμάνια του Νότου. Οι Συνομοσπονδιακοί χρησιμοποιούσαν πλοία που ονομάζονταν blockade runners για να φέρνουν πράγματα από την Ευρώπη. Τα πράγματα που έφεραν οι Συνομοσπονδιακοί περιλάμβαναν όπλα. Τα ναυτικά κάθε πλευράς πολεμούσαν επίσης στα ποτάμια. Τα πλοία περιλάμβαναν σιδερόπλοια, τα οποία προστατεύονταν από σίδηρο στις πλευρές τους, και βαμβακόπλοια, τα οποία χρησιμοποιούσαν βαμβάκι κατά μήκος των πλευρών τους. Κατά τη διάρκεια της μάχης του Hampton Roads, το σιδερόπλοιο Virginia της Συνομοσπονδίας πολέμησε ενάντια στο σιδερόπλοιο Monitor της Ένωσης. Αυτή ήταν η πρώτη φορά στην παγκόσμια ιστορία που δύο σιδερόπλακες πολέμησαν μεταξύ τους.
Στο δυτικό θέατρο, μεγάλο μέρος των μαχών έγινε κατά μήκος του ποταμού Μισισιπή. Ο Οδυσσέας Σ. Γκραντ ήταν σημαντικός στρατηγός της Ένωσης στη Δύση. Οι Συνομοσπονδιακοί προσπάθησαν να στείλουν τους στρατιώτες τους στην πολιτεία του Κεντάκι κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού του 1861. Κατά τους πρώτους μήνες του 1862, ο στρατός της Ένωσης ανάγκασε τους Συνομοσπονδιακούς να υποχωρήσουν από το Κεντάκι και από το δυτικό Τενεσί. Οι Συνομοσπονδιακοί προσπάθησαν να ανακαταλάβουν το δυτικό Τενεσί επιτιθέμενοι στο στρατό του Γκραντ στη μάχη του Σάιλο. Ο Γκραντ κέρδισε τη μάχη. Στη συνέχεια, οι Συνομοσπονδιακοί προσπάθησαν να στείλουν τους στρατιώτες τους στο ανατολικό Κεντάκι κατά τη διάρκεια του φθινοπώρου του 1862. Έφυγαν από το Κεντάκι αφού έχασαν τη μάχη του Πέριβιλ.
Ο Βορράς κέρδισε τον έλεγχο σχεδόν όλου του ποταμού Μισισιπή. Αυτό έγινε με την κατάληψη των πόλεων κατά μήκος του ποταμού κατά τη διάρκεια του φθινοπώρου του 1862 και της άνοιξης του 1863. Ωστόσο, η Συνομοσπονδία εξακολουθούσε να κατέχει το Βίξμπουργκ, μια σημαντική πόλη και οχυρό. Εάν κατείχαν την πόλη, οι Συνομοσπονδιακοί μπορούσαν να μεταφέρουν στρατιώτες και προμήθειες από τη μία πλευρά του ποταμού στην άλλη. Ο Γκραντ ξεκίνησε την πολιορκία του Βίξμπουργκ κατά τη διάρκεια του Μαΐου 1863. Η πολιορκία συνεχίστηκε για μεγάλο χρονικό διάστημα. Στις 4 Ιουλίου 1863, οι Συνομοσπονδιακοί στο Βίξμπουργκ παραδόθηκαν στον Γκραντ. Αυτό ήταν ένα από τα σημεία καμπής του πολέμου, διότι χώρισε τη Συνομοσπονδία σε δύο μέρη.
Υπήρξαν επίσης μάχες δυτικά της κοιλάδας του ποταμού Μισισιπή, στο θέατρο Trans-Mississippi. Για παράδειγμα, δύο σημαντικές μάχες ήταν η μάχη του Wilson's Creek και η μάχη του Pea Ridge. Οι Συνομοσπονδιακοί προσπάθησαν να εισβάλουν στο Νέο Μεξικό τον Φεβρουάριο και τον Μάρτιο του 1862, αλλά ηττήθηκαν στη μάχη του Glorieta Pass. Αφού η Ένωση κατέλαβε το Βίξμπουργκ, η περιοχή αυτή διαχωρίστηκε από τις υπόλοιπες συνομοσπονδιακές πολιτείες. Άλλες μάχες συνέβησαν στην περιοχή αυτή μετά την κατάληψη του Βίξμπουργκ.
Κατά τη διάρκεια της πολιορκίας του Βίξμπουργκ στα δυτικά, ένα άλλο σημείο καμπής ήρθε στα ανατολικά. Αφού κέρδισε κάποιες μάχες, ο Λι αποφάσισε να εισβάλει ξανά στον Βορρά. Ο Λι και η Στρατιά της Βόρειας Βιρτζίνια μπήκαν στην Πενσυλβάνια. Ο στρατός της Συνομοσπονδίας συνάντησε τον στρατό της Ένωσης κοντά στο Γκέτισμπεργκ της Πενσυλβάνια. Οι δύο στρατοί έδωσαν τη μάχη του Γκέτισμπεργκ. Η μάχη αυτή διήρκεσε τρεις ημέρες: 1 έως 3 Ιουλίου 1863. Στο Γκέτισμπεργκ έχασαν τη ζωή τους περισσότεροι στρατιώτες από ό,τι σε οποιαδήποτε άλλη μάχη του Εμφυλίου Πολέμου. Η Ένωση κέρδισε τη μάχη. Αυτό σταμάτησε την εισβολή του στρατού της Συνομοσπονδίας στον Βορρά. Ο Λι και τα στρατεύματά του απωθήθηκαν στο Νότο.
Μετά από αυτό, ο πρόεδρος Λίνκολν αποφάσισε ότι ο Γκραντ ήταν ο καλύτερος στρατηγός του. Έθεσε τον Γκραντ υπό τον έλεγχο όλων των στρατών της Ένωσης. Ο Λίνκολν έκανε επίσης τον Γουίλιαμ Τ. Σέρμαν στρατηγό επικεφαλής των στρατευμάτων της Ένωσης στη Τζόρτζια. Ο Γκραντ ηγήθηκε πολλών επιθέσεων κατά του στρατού του Λι. Αυτές οι μάχες αποτέλεσαν την εκστρατεία Overland Campaign. Εν τω μεταξύ, ο Σέρμαν έκαψε την Ατλάντα και τη Σαβάνα. Το έκανε αυτό για να προσπαθήσει να αποδυναμώσει τον Νότο και να δυσκολέψει τους κατοίκους του Νότου να προμηθεύουν τον στρατό της Συνομοσπονδίας με τρόφιμα και άλλα είδη πρώτης ανάγκης. Στη συνέχεια ο Σέρμαν βάδισε βόρεια μέσω της Νότιας Καρολίνας και της ΒόρειαςΚαρολίνας. Ο στρατηγός της Συνομοσπονδίας Τζόζεφ Ε. Τζόνστον επιτέθηκε στον Σέρμαν στη μάχη του Μπέντονβιλ. Ο Σέρμαν κέρδισε τη μάχη.
Ο Λι άντεξε όσο μπορούσε στη Βιρτζίνια. Τελικά αποφάσισε ότι είχε πολύ λίγους στρατιώτες για να συνεχίσει να πολεμά την Ένωση, η οποία είχε περισσότερους στρατιώτες και προμήθειες. Ο Λι παραδόθηκε στον Γκραντ στις 9 Απριλίου 1865, κοντά στο Appomattox Court House. Αφού παραδόθηκε ο Λι, παραδόθηκαν και πολλοί άλλοι στρατοί της Συνομοσπονδίας. Ο τελευταίος στρατηγός της Συνομοσπονδίας που παραδόθηκε ήταν ο ταξίαρχος Stand Watie. Παραδόθηκε στις 23 Ιουνίου 1865 στην Οκλαχόμα.
Μετά τη λήξη του πολέμου, ο πρόεδρος Λίνκολν έδωσε χάρη σε όλους τους στρατιώτες της Συνομοσπονδίας. Αυτό σήμαινε ότι οι στρατιώτες της Συνομοσπονδίας δεν θα συλλαμβάνονταν ούτε θα τιμωρούνταν για τον αγώνα τους κατά της Ένωσης. Οι νότιες πολιτείες θα μπορούσαν να επανενταχθούν και πάλι στις Ηνωμένες Πολιτείες. Ωστόσο, ορισμένοι Συνομόσπονδοι δεν ήθελαν να επιστρέψουν στις Ηνωμένες Πολιτείες. Ορισμένοι από αυτούς μετακόμισαν στο Μεξικό ή στη Βραζιλία.
