Το πλοίο αναχώρησε από την Ουσουάια της Αργεντινής στις 11 Νοεμβρίου 2007, για μια κρουαζιέρα 19 ημερών με σκοπό να ακολουθήσει τη διαδρομή του εξερευνητή του 20ού αιώνα Ernest Shackleton μέσω του περάσματος Drake (μια περιοχή με συνήθως θυελλώδη και άγρια θάλασσα). Αφού επισκέφθηκε τα νησιά Φόκλαντ και τη νήσο Νότια Γεωργία, το Explorer προσέκρουσε σε ένα άγνωστο βυθισμένο αντικείμενο στο στενό Μπράνσφιλντ κοντά στη νήσο King George στον Ανταρκτικό Ωκεανό, κοντά στα νησιά South Shetland, στις 23 Νοεμβρίου 2007. Το αντικείμενο που χτύπησε το Explorer προκάλεσε μια τρύπα 10 επί 4 ίντσες (25 × 10 cm) στην αριστερή πλευρά του πλοίου, η οποία επέτρεψε την είσοδο θαλασσινού νερού στο πλοίο.
Ένας επιβάτης ανέφερε θαλασσινό νερό στην καμπίνα περίπου στις 03:00 UTC. Αν και ορισμένες αναφορές αναφέρουν ότι δεν υπήρξε καμία αισθητή σύγκρουση, ή τουλάχιστον τίποτα περισσότερο από το φυσιολογικό τρίξιμο του πάγου που παρατηρείται όταν πλέουμε μέσα σε παγωμένα νερά, άλλες αναφορές λένε ότι υπήρξε ένας δυνατός κρότος. Ορισμένες αναφορές αναφέρουν επίσης ότι το πλοίο παρασύρθηκε σε ένα παγόβουνο στη δεξιά πλευρά του Explorer, ενώ το πλήρωμα εκτιμούσε τις ζημιές που προκλήθηκαν από την αρχική πρόσκρουση στην αριστερή πλευρά του πλοίου.
Το πλοίο εξέπεμψε σήμα κινδύνου στις 04:24 UTC και οι επιχειρήσεις διάσωσης συντονίστηκαν γρήγορα από την Prefectura Naval (Σώμα Ακτοφυλακής) της Δημοκρατίας της Αργεντινής και το Κέντρο Έρευνας και Διάσωσης του Ναυτικού της Χιλής. Η Χιλή έστειλε το παγοθραυστικό Almirante Viel και κοντινά εμπορικά πλοία, όπως το MN Ushuaia, το National Geographic Endeavor και το νορβηγικό πλοίο Coastal Express MS Nordnorge, το οποίο λειτουργούσε ως επιβατηγό κρουαζιερόπλοιο εκείνη την εποχή. Μέχρι τις 07:30 UTC, και οι 91 επιβάτες, 9 οδηγοί και 54 μέλη του πληρώματος, από περισσότερες από 14 χώρες , εγκατέλειψαν το πλοίο και επιβιβάστηκαν στις σωσίβιες λέμβους, όπου παρασύρθηκαν για τρεις έως τέσσερις ώρες, μέχρι να τους παραλάβει το νορβηγικό πλοίο MS Nordnorge, το οποίο έφτασε στο σημείο στις 10:00 UTC. Πιστεύεται ότι το Explorer βυθίστηκε περίπου στις 19:00 UTC. Συμπτωματικά, νωρίτερα το 2007, το MS Nordnorge συμμετείχε σε μια άλλη διάσωση στην Ανταρκτική, όταν εκκένωσε 294 επιβάτες από ένα αδελφό πλοίο, το MS Nordkapp, όταν το Nordkapp προσάραξε στο νησί Deception, τμήμα του ίδιου απομακρυσμένου αρχιπελάγους των Νήσων South Shetland.
Ορισμένοι από τους διασωθέντες από το Nordnorge μεταφέρθηκαν στον σταθμό Eduardo Frei Montalva της Χιλής στο νησί King George. Αργότερα μεταφέρθηκαν με μεταγωγικά αεροσκάφη C-130 Hercules της Χιλιανής Πολεμικής Αεροπορίας στην Πούντα Αρένας της Χιλής, σε δύο ξεχωριστές πτήσεις το Σάββατο 24 Νοεμβρίου και την Κυριακή 25 Νοεμβρίου 2007. Περίπου 70 από τους επιζώντες μεταφέρθηκαν στη βάση Artigas της Ουρουγουάης. Το Explorer βυθίστηκε μέσα σε 20 ώρες μετά από πρόσκρουση σε άγνωστο βυθισμένο αντικείμενο που αναφέρθηκε ότι ήταν πάγος.
