Φαρμακοθεραπεία είναι η θεραπεία με χρήση φαρμάκων, ξεχωριστά από τη θεραπεία με χειρουργική επέμβαση (χειρουργική θεραπεία), ακτινοβολία (ακτινοθεραπεία), κίνηση (φυσικοθεραπεία) ή άλλες μεθόδους. Μεταξύ των ιατρών, μερικές φορές ο όρος φαρμακοθεραπεία αναφέρεται ειδικά στη φαρμακοθεραπεία ως ξεχωριστή από τη χειρουργική ή άλλη θεραπεία- για παράδειγμα, στην ογκολογία, η ιατρική ογκολογία διαφοροποιείται από τη χειρουργική ογκολογία. Οι φαρμακοποιοί είναι ειδικοί στη φαρμακοθεραπεία και είναι υπεύθυνοι για τη διασφάλιση της ασφαλούς, κατάλληλης και οικονομικής χρήσης των φαρμακευτικών φαρμάκων. Οι δεξιότητες που απαιτούνται για να λειτουργήσει ένας φαρμακοποιός απαιτούν γνώσεις, κατάρτιση και εμπειρία στις βιοϊατρικές, φαρμακευτικές και κλινικές επιστήμες. Η φαρμακολογία είναι η επιστήμη που στοχεύει στη συνεχή βελτίωση της φαρμακοθεραπείας. Η φαρμακοβιομηχανία και η ακαδημαϊκή κοινότητα χρησιμοποιούν τη βασική επιστήμη, την εφαρμοσμένη επιστήμη και τη μεταφραστική επιστήμη για τη δημιουργία νέων φαρμακευτικών φαρμάκων.