Η πολυφυλία είναι όρος της κλαδιστικής. Περιγράφει μια ομάδα οργανισμών των οποίων ο τελευταίος κοινός πρόγονος δεν είναι μέλος της ομάδας. Ένας άλλος τρόπος έκφρασης είναι να πούμε ότι η πολυφυλία περιλαμβάνει ομάδες των οποίων ορισμένα μέλη προέρχονται από προγονικούς πληθυσμούς.
Τα διαγράμματα δείχνουν ότι τα πτηνά και τα θηλαστικά είναι πράγματι συγγενικά, αλλά μόνο στο επίπεδο των πρώτων αμνιωτών. Από την άποψη της εξέλιξης, υπάρχει ένα τεράστιο χάσμα μεταξύ τους.
Πιο συνηθισμένο στην παραδοσιακή ταξινομία είναι να συμπεριλαμβάνονται όλοι οι απόγονοι (ας πούμε, τα ζώντα θηλαστικά) χωρίς την ομάδα από την οποία εξελίχθηκαν (η οποία θα ήταν κάποια κλάση στα therapsida). Αυτό γίνεται για λόγους ευκολίας, αλλά καθιστά τα θηλαστικά πολυφυλετικά.
Η βιολογική ταξινόμηση αποσκοπεί στην ομαδοποίηση των ειδών έτσι ώστε κάθε ομάδα να προέρχεται από έναν κοινό πρόγονο. Μια πολυφυλετική ομάδα μπορεί να "σταθεροποιηθεί" είτε αποκλείοντας τις κλάσεις είτε προσθέτοντας τον κοινό πρόγονο.
Σύμφωνα με την κλαδιστική, στόχος της ταξινόμησης θα πρέπει να είναι να διασφαλίζεται ότι όλες οι ομάδες είναι μονοφυλετικές. Ωστόσο, άλλοι ταξινομιστές υποστηρίζουν ότι υπάρχει μια έγκυρη θέση για τις ομάδες που είναι παραφυλετικές ή περιέχουν τον πιο πρόσφατο κοινό πρόγονό τους αλλά όχι όλους τους απογόνους αυτού του προγόνου.
