Ο Κάρολος Δαρβίνος (1809-1882) ήταν ο πρώτος που δημιούργησε ένα εξελικτικό δέντρο της ζωής. Ήταν πολύ επιφυλακτικός ως προς τη δυνατότητα ανακατασκευής της ιστορίας της ζωής. Στο κεφάλαιο IV του βιβλίου Περί της καταγωγής των ειδών (1859) παρουσίασε ένα αφηρημένο διάγραμμα ενός θεωρητικού δέντρου ζωής για τα είδη ενός ανώνυμου μεγάλου γένους (βλ. σχήμα).
Με τα λόγια του ίδιου του Δαρβίνου: "Έτσι, οι μικρές διαφορές που διακρίνουν τις ποικιλίες του ίδιου είδους, θα τείνουν σταθερά να αυξάνονται μέχρι να φτάσουν να εξισωθούν με τις μεγαλύτερες διαφορές μεταξύ των ειδών του ίδιου γένους ή ακόμη και διαφορετικών γενών".
Πρόκειται για ένα μοτίβο διακλάδωσης χωρίς να δίνονται ονόματα στα είδη, σε αντίθεση με το πιο γραμμικό δέντρο που έφτιαξε ο Ernst Haeckel χρόνια αργότερα.
Στην περίληψή του στην ενότητα όπως αναθεωρήθηκε στην 6η έκδοση του 1872, ο Δαρβίνος εξηγεί τις απόψεις του για το Δέντρο της Ζωής:
Οι συγγένειες όλων των όντων της ίδιας κατηγορίας έχουν μερικές φορές αναπαρασταθεί από ένα μεγάλο δέντρο. Πιστεύω ότι αυτή η παρομοίωση εκφράζει σε μεγάλο βαθμό την αλήθεια. Τα πράσινα και εκπτυσσόμενα κλαδιά μπορεί να αντιπροσωπεύουν τα υπάρχοντα είδη- και εκείνα που παράγονται κατά τη διάρκεια των προηγούμενων ετών μπορεί να αντιπροσωπεύουν τη μακρά διαδοχή των εξαφανισμένων ειδών...
Τα άκρα που χωρίζονται σε μεγάλα κλαδιά, και αυτά σε μικρότερα και μικρότερα κλαδιά, ήταν τα ίδια κάποτε, όταν το δέντρο ήταν νεαρό, κλαδιά που έβγαζαν μπουμπούκια- και αυτή η σύνδεση των προηγούμενων και των σημερινών μπουμπουκιών με διακλαδισμένους κλάδους μπορεί κάλλιστα να αντιπροσωπεύει την ταξινόμηση όλων των εξαφανισμένων και ζωντανών ειδών σε ομάδες υποδεέστερες των ομάδων.
Από τα πολλά κλαδιά που ανθούσαν όταν το δέντρο ήταν ένας απλός θάμνος, μόνο δύο ή τρία, που τώρα έχουν εξελιχθεί σε μεγάλα κλαδιά, επιβιώνουν ακόμη και φέρουν τα άλλα κλαδιά- έτσι και με τα είδη που έζησαν κατά τη διάρκεια μακρινών γεωλογικών περιόδων, πολύ λίγα έχουν αφήσει ζωντανούς και τροποποιημένους απογόνους. Από την πρώτη ανάπτυξη του δέντρου, πολλά μέλη και κλαδιά έχουν αποσυντεθεί και πέσει- και αυτά τα πεσμένα κλαδιά διαφόρων μεγεθών μπορεί να αντιπροσωπεύουν ολόκληρες τάξεις, οικογένειες και γένη που δεν έχουν σήμερα ζωντανούς εκπροσώπους και που μας είναι γνωστά μόνο σε απολιθωμένη κατάσταση.
Όπως βλέπουμε εδώ και εκεί ένα λεπτό παραπαίον κλαδί να ξεπηδά από μια διακλάδωση χαμηλά σε ένα δέντρο, και το οποίο κατά τύχη ευνοήθηκε και είναι ακόμη ζωντανό στην κορυφή του, έτσι βλέπουμε περιστασιακά ένα ζώο όπως ο Ornithorhynchus (Πλατύπους) ή το Lepidosiren (πνευμονόψαρο της Νότιας Αμερικής), το οποίο σε κάποιο μικρό βαθμό συνδέει με τις συγγένειές του δύο μεγάλα κλαδιά της ζωής, και το οποίο προφανώς σώθηκε από τον μοιραίο ανταγωνισμό επειδή κατοικούσε σε μια προστατευμένη θέση.
Όπως οι οφθαλμοί γεννούν με την ανάπτυξη νέους οφθαλμούς, και αυτοί, αν είναι ζωηροί, διακλαδίζονται και ξεπερνούν από όλες τις πλευρές πολλά ασθενέστερα κλαδιά, έτσι πιστεύω ότι συνέβη
από γενιά
σε γενιά με το μεγάλο Δέντρο της Ζωής, το οποίο γεμίζει με τα νεκρά και σπασμένα κλαδιά του τον φλοιό της γης και καλύπτει την επιφάνεια με τις διαρκώς διακλαδιζόμενες και όμορφες διακλαδώσεις του.
