Κάποτε πίστευαν ότι οι αρουραίοι αποτελούσαν μία μονοφυλετική ομάδα, η οποία εξελίχθηκε μαζί στη Γκοντβάνα κατά την Ανώτερη Κρητιδική περίοδο. Στη συνέχεια εξελίχθηκαν με ξεχωριστούς τρόπους καθώς η Γκοντβάνα διασπάστηκε και τα μέρη απομακρύνθηκαν. Τα μέρη αυτά έγιναν οι σύγχρονες νότιες ήπειροι, καθώς και η Αφρική και η ινδική υποήπειρος.
Ωστόσο, η σύγχρονη γονιδιακή ανάλυση έρχεται σε αντίθεση με αυτό. Η ανάλυση του DNA δείχνει ότι οι ποντίκια διαχωρίστηκαν μεταξύ τους πολύ πρόσφατα για να μοιράζονται έναν κοινό πρόγονο της Γκοντβανίας. Ωστόσο, όλες οι αναλύσεις δείχνουν ότι ο rheas (Νότια Αμερική) και οι ζωντανοί αυστραλιανοί/ωκεάνιοι ποντικοί είναι μονοφυλετικοί.
Πρόσφατη ανάλυση είκοσι πυρηνικών γονιδίων υποδηλώνει ότι τα ιπτάμενα τίναμα ανήκουν στη γενεαλογική γραμμή των αρουραίων. Οι τιναμίδες είναι η αδελφή ομάδα των αρουραίων του Αυστραλο-Ειρηνικού.
Αν είναι έτσι, αυτό θα καθιστούσε τους "ratites", ως σύνολο, παραφυλετικούς και όχι μονοφυλετικούς. Δεδομένου ότι οι τίναμοι είναι αδύναμοι ιπτάμενοι, αυτό εγείρει ενδιαφέροντα ερωτήματα σχετικά με την εξέλιξη της έλλειψης πτήσης σε αυτή την ομάδα. Αν τα τινάμους βρίσκονται μέσα στην καταγωγή των αρουραίων, τότε οι αρουραίοι εξέλιξαν την έλλειψη πτήσης τουλάχιστον τρεις φορές. Η επανεξέλιξη της πτήσης στα tinamous θα ήταν μια εναλλακτική εξήγηση, αλλά αυτό δεν έχει προηγούμενο στην εξέλιξη των πτηνών, ενώ η απώλεια της πτήσης είναι κάτι συνηθισμένο.
