Η ιστορία υποτίθεται ότι διαδραματίζεται στα μέσα του 14ου αιώνα στη Γένοβα. Η Γένοβα (στα ιταλικά: Genova) είναι σήμερα μια πόλη της Ιταλίας, αλλά εκείνη την εποχή η Ιταλία δεν ήταν ακόμη ένα κράτος, και η Γένοβα, όπως και η Βενετία, ήταν μια μικρή δημοκρατία, που κυβερνιόταν από έναν Δόγη (προφέρεται "Doadz" στα αγγλικά. Είναι μια ιταλική λέξη που σημαίνει "δούκας"). Μέχρι την εποχή αυτής της ιστορίας ο Δόγης επιλέγονταν πάντα από έναν από τους πλούσιους πατρίκιους. Οι απλοί, κοινοί άνθρωποι (οι πληβείοι), δεν μπορούσαν να επιλεγούν για Δόγης.
Στην αρχή της ιστορίας ο Φιέσκο είναι ο Δόγης της Γένοβας. Έχει μια κόρη, τη Μαρία. Η Μαρία έχει ερωτευτεί τον Σιμόν Μποκανέγκρα, ο οποίος είναι πληβείος, οπότε δεν θα ήταν αρκετά σημαντικός για να του επιτραπεί να την παντρευτεί, παρόλο που έχει γίνει ήρωας επειδή έχει πολεμήσει πολλούς πειρατές. Ο Σάιμον και η Μαρία απέκτησαν ένα παιδί, ένα νεαρό κορίτσι. Αφού γεννήθηκε, το έδωσαν σε μια γριά γυναίκα να το φροντίζει, αλλά μια μέρα η γριά πέθανε και το μικρό παιδί περιπλανήθηκε μόνο του. Τη βρήκε να περιπλανιέται στην ακτή της θάλασσας ο κόμης Γκριμάλντι, ο οποίος την πήρε και τη φρόντισε σαν να ήταν δικό του παιδί.
Κανείς δεν γνωρίζει τι έχει συμβεί στο παιδί. Ο κόμης Γκριμάλντι δεν γνωρίζει ποια είναι. Νομίζει ότι είναι ορφανή.
Πρόλογος
Όταν αρχίζει η όπερα, ο Πάολο, ο ηγέτης του κόμματος των πληβείων, πείθει τον Πιέτρο να ενθαρρύνει τους πληβείους να ψηφίσουν τον Σιμόν Μποκανέγκρα ως νέο δόγη της Γένοβας. Ο Boccanegra καταφθάνει και συμφωνεί ότι θα γινόταν δόγης αν τον επέλεγαν. Ο Σιμόν πιστεύει ότι αυτό θα έκανε τον Φιέσκο να του επιτρέψει να παντρευτεί τη Μαρία. Τους τελευταίους τρεις μήνες ο Fiesco έχει κλειδώσει την κόρη του στο παλάτι επειδή είχε αποκτήσει παιδί με τον Simon.
Η Μαρία πεθαίνει (δεν την βλέπουμε ποτέ στην όπερα). Ο Fiesco θρηνεί τώρα για το θάνατο της κόρης του. Ο Simon παρακαλεί τον Fiesco να τον συγχωρέσει. Ο Fiesco δεν του λέει ότι η Μαρία μόλις πέθανε. Υπόσχεται να τον συγχωρέσει μόνο αν ο Σιμόν τον αφήσει να πάρει την εγγονή του. Ο Σιμόν του εξηγεί ότι δεν μπορεί να το κάνει γιατί το παιδί έχει εξαφανιστεί. Μπαίνει στο δωμάτιο της Μαρίας και διαπιστώνει ότι είναι νεκρή. Ο κόσμος τραγουδάει χαρούμενα γιατί ο Σιμόν είναι ο νέος Δόγης.
Πράξη 1
Η ιστορία της Πράξης Ι διαδραματίζεται 25 χρόνια αργότερα. Ο Σάιμον είναι ακόμη Δόγης. Έχει στείλει πολλούς από τους εχθρούς του στην εξορία και έχει αφαιρέσει την περιουσία τους. Ο κόμης Γκριμάλντι είναι ένας από τους ανθρώπους που έχουν εξοριστεί. Στο κάστρο των Γκριμάλντι, ο Φιέσκο αυτοαποκαλείται Αντρέα Γκριμάλντι, ώστε να μην ξέρουν οι άνθρωποι ποιος είναι. Συνωμοτεί με τους εχθρούς του Σιμόν για να τον ανατρέψουν. Δεν γνωρίζει ότι η εγγονή του (κόρη του Simon) είναι η νεαρή κοπέλα που ονομάζεται Amelia Grimaldi και ζει στο κάστρο.
Στην αρχή της Πράξης Ι βλέπουμε την Αμέλια να τραγουδά ένα όμορφο τραγούδι για το πρωί, τη θάλασσα και τα αστέρια. Έχει έναν εραστή, τον Gabriele Adorno. Όταν φτάνει εκείνος, τον προειδοποιεί για τους κινδύνους της πολιτικής συνωμοσίας. Του φέρνουν τα νέα ότι έρχεται ο Δόγης. Η Αμέλια ανησυχεί ότι ο Δόγης θα την αναγκάσει να παντρευτεί τον Πάολο, γι' αυτό ζητάει από τον Γκαμπριέλε να ζητήσει αμέσως από τον Αντρέα (που στην πραγματικότητα είναι ο Φιέσκο) την άδεια να παντρευτούν. Ο Φιέσκο συμφωνεί. Λέει στον Γκαμπριέλε ότι ήταν ένα φτωχό ορφανό που είχε βρεθεί (δεν συνειδητοποιεί ότι πρόκειται για την εγγονή του). Ο Gabriele λέει ότι δεν τον ενδιαφέρει αυτό, οπότε ο Fiesco ευλογεί τον γάμο.
Μπαίνει ο Simon. Της λέει ότι ο κόμης Γκριμάλντι έχει συγχωρεθεί και μπορεί να επιστρέψει στο σπίτι του. Τη ρωτάει αν θα ήθελε να παντρευτεί τον Πάολο, αλλά εκείνη αρνείται. Του λέει ότι είναι ορφανή και του δείχνει ένα μενταγιόν με τη φωτογραφία της μητέρας της. Ο Σιμόν συνειδητοποιεί ότι η Αμέλια είναι η χαμένη του κόρη. Είναι πολύ χαρούμενοι που βρήκαν ο ένας τον άλλον. Όταν μπαίνει ο Πάολο, ο Σιμόν του λέει ότι δεν μπορεί να την παντρευτεί. Ο Πάολο γίνεται έξαλλος και αποφασίζει να απαγάγει την Αμέλια.
Στην επόμενη σκηνή βλέπουμε τον Σίμωνα περιτριγυρισμένο από τα πληβείους και τους πατρικίους μέλη του Συμβουλίου του. Συζητούν για το αν θα πρέπει να συνάψουν ειρήνη με τη δημοκρατία της Βενετίας. Ξαφνικά εισέρχεται ένα πλήθος που φωνάζει να πεθάνει ο Σίμων. Κυνηγούν τον Gabriele. Ο Gabriele ομολογεί ότι σκότωσε τον Lorenzino επειδή προσπάθησε να απαγάγει την Amelia. Καθώς ο Lorenzino πέθαινε, είχε πει ότι του είχε πει ένα σημαντικό πρόσωπο να την απαγάγει. Ο Αντόρνο υποθέτει ότι ο Σιμόν πρέπει να έδωσε την εντολή για την απαγωγή. Είναι έτοιμος να του επιτεθεί όταν η Αμέλια ορμάει και σταματά τον καυγά Ο Σιμόν συλλαμβάνει τον Γκαμπριέλε. Συνειδητοποιεί ότι ο Πάολο πρέπει να είναι ο πραγματικός απαγωγέας και τους βάζει όλους (συμπεριλαμβανομένου του Πάολο) να τον καταριούνται. Ο Simon και η κόρη του μένουν μόνοι τους στη σκηνή στο τέλος της παράστασης.
Πράξη 2
Ο Πάολο είναι φοβισμένος. Είναι έξαλλος με τον Simon και αποφασίζει ότι πρέπει να τον δηλητηριάσει. Φέρνουν τον Φιέσκο και τον Γκαμπριέλε. Λέει στον Fiesco ότι μπορεί να ελευθερωθεί αν δολοφονήσει τον Simon. Ο Φιέσκο αρνείται. Την ώρα που ο Fiesco και ο Gabriele είναι έτοιμοι να φύγουν, ο Paolo ρωτάει τον Gabriele αν ξέρει ότι η Amelia βρίσκεται εδώ στο παλάτι και έχει σχέση με τον Simon. Ο Γκαμπριέλε είναι έξαλλος. Όταν η Αμέλια μπαίνει μέσα, αρνείται την ιστορία. Λέει στον Gabriele ότι τον αγαπάει και προσπαθεί να τον πείσει να φύγει, αλλά ο Simon έρχεται και ο Gabriele κρύβεται.
Η Αμέλια λέει στον Σάιμον ότι θα πέθαινε για τον Γκαμπριέλε. Ο Simon συμφωνεί να του δώσει χάρη. Πίνει από ένα δηλητηριασμένο ποτήρι κρασί, το οποίο ο Πάολο είχε βάλει στο τραπέζι, και αποκοιμιέται. Ο Γκαμπριέλε προσπαθεί να τον σκοτώσει, αλλά η Αμέλια τον εμποδίζει. Ο Σιμόν ξυπνάει. Λέει στον Γκαμπριέλε ότι η Αμέλια είναι κόρη του. Ο Γκαμπριέλε εκλιπαρεί τον Σιμόν για συγχώρεση και υπόσχεται ότι θα αγωνιστεί γι' αυτόν.
Πράξη 3
Η εκδήλωση λαμβάνει χώρα σε μια μεγάλη αίθουσα που βλέπει στο λιμάνι. Ο Φιέσκο έχει αφεθεί ελεύθερος, αλλά ο Πάολο καταδικάζεται σε θάνατο επειδή ηγήθηκε της εξέγερσης κατά του Δόγη. Ο Πάολο λέει στον Φιέσκο ότι δηλητηρίασε τον Σιμόν. Ο Φιέσκο πηγαίνει στον Σιμόν, ο οποίος πεθαίνει τώρα (το δηλητήριο δρα αργά). Ο Σιμόν αναγνωρίζει τον παλιό του εχθρό που νόμιζε ότι ήταν νεκρός. Με χαρά του λέει ότι η Αμέλια είναι η χαμένη του εγγονή. Ο Φιέσκο αισθάνεται τρομερή θλίψη και λέει στον Σιμόν για το δηλητήριο. Ο Γκαμπριέλε και η Αμέλια έχουν μόλις παντρευτεί. Διαπιστώνουν ότι ο πατέρας και ο παππούς της είναι πλέον φίλοι. Ο Σιμόν ζητάει από τον Γκαμπριέλε να είναι ο επόμενος Δόγης όταν πεθάνει. Ο Φιέσκο πηγαίνει στο παράθυρο και ανακοινώνει στο πλήθος ότι η Γκαμπριέλε Αντόρνο είναι πλέον ο νέος Δόγης και ότι ο Σιμόν Μποκανέγκρα είναι νεκρός.
