Σύμφωνα με την παράδοση, η οικογένεια των Ομαγιάδων (επίσης γνωστή ως Banu Abd-Shams) και ο ισλαμιστής Προφήτης Μωάμεθ έχουν έναν κοινό πρόγονο, τον Abd Manaf ibn Qusai. Ο Μωάμεθ καταγόταν από τον Αμπντ Μανάφ μέσω του γιου του Χασίμ, οι Ομαγιάδες καταγόταν από τον Αμπντ Μανάφ μέσω ενός άλλου γιου, του Αμπντ-Σαμς. Επομένως, οι δύο οικογένειες θεωρούνται διαφορετικές φυλές (αυτές του Χασίμ και των Ουμάγια, αντίστοιχα) της ίδιας αραβικής φυλής (αυτή των Κουράις).
Οι Ομαγιάδες και οι Χασιμίτες ήταν άσπονδοι αντίπαλοι. Η αντιπαλότητα προήλθε από την αρχική αντίθεση του Abu Sufyan ibn Harb, του εγγονού του Umayya, στον Μωάμεθ και στο Ισλάμ. Προσπάθησε να απαλλαγεί από τη νέα θρησκεία διεξάγοντας μια σειρά από μάχες. Τελικά όμως αποδέχθηκε το Ισλάμ, όπως και ο γιος του (ο μελλοντικός χαλίφης Μουαουίγια Α΄), και οι δύο τους παρείχαν τις αναγκαίες πολιτικές και διπλωματικές ικανότητες για τη διαχείριση της ταχέως επεκτεινόμενης ισλαμικής αυτοκρατορίας.
Οι απαρχές της κυριαρχίας των Ομαγιάδων χρονολογούνται από τη δολοφονία του Οθμάν το 656. Εκείνη τη στιγμή ο Αλί, μέλος της φατρίας των Χασίμ και εξάδελφος του Προφήτη Μωάμεθ, έγινε χαλίφης. Σύντομα συνάντησε την αντίσταση διαφόρων φατριών και μετέφερε την πρωτεύουσά του από τη Μεδίνα στην Κούφα. Η σύγκρουση που προέκυψε, η οποία διήρκεσε από το 656 έως το 661, είναι γνωστή ως η Πρώτη Φίτνα ("εποχή της δοκιμασίας").
Στον Αλί αντιτάχθηκε αρχικά μια συμμαχία με επικεφαλής την Αΐσα, τη χήρα του Μωάμεθ, και τους Ταλχά και Αλ-Ζουμπάιρ, δύο από τους συντρόφους του Προφήτη. Οι δύο πλευρές συγκρούστηκαν στη μάχη της καμήλας το 656, όπου ο Αλί κέρδισε μια αποφασιστική νίκη.
Όταν ο Αλί δολοφονήθηκε το 661, ο Μουαουίγια βάδισε προς την Κούφα. Εκεί έπεισε ορισμένους από τους υποστηρικτές του Αλί να τον αποδεχτούν ως χαλίφη αντί του γιου του Αλί, Χασάν. Στη συνέχεια μετέφερε την πρωτεύουσα του χαλιφάτου στη Δαμασκό. Η Συρία θα παρέμενε η βάση της εξουσίας των Ομαγιάδων μέχρι το τέλος της δυναστείας.
