Η πρώτη Fitna
Ο πρώτος εμφύλιος πόλεμος στο Ισλάμ, γνωστός και ως Πρώτη Φίτνα, ξέσπασε στο Ισλάμ κατά τη διάρκεια της διακυβέρνησης του τέταρτου χαλίφη Αλί και διήρκεσε καθ' όλη τη διάρκεια της χαλιφάτου του. Ο τρίτος χαλίφης Οθμάν ιμπν Αφάν είχε δολοφονηθεί από εξεγερμένες μουσουλμανικές ομάδες που είχαν πολιτικά κίνητρα. Μετά την ανάληψη της εξουσίας από τον Αλί, το σημαντικότερο πρόβλημα που αντιμετώπισε ήταν η τιμωρία των υπευθύνων για τις δολοφονίες. Ωστόσο, πολλοί άνθρωποι θεωρούσαν ότι προτού αποδεχθεί τη θέση του χαλίφη, ο Αλί θα έπρεπε να είχε επικεντρώσει την προσοχή του στην εξεύρεση και τιμωρία των δολοφόνων. Μια ομάδα ανθρώπων με επικεφαλής τη σύζυγο του Μωάμεθ, την Αΐσα, τους γαμπρούς της, τον Ταλχά και τον Ζουμπάιρ ιμπν αλ-Αουάμ, αρνήθηκαν να αναγνωρίσουν το χαλιφάτο του Αλί. Αντ' αυτού συγκρότησαν στρατό, ο οποίος συνάντησε τον στρατό του Αλί στη Βασόρα του Ιράκ, αρχικά για λόγους διαπραγμάτευσης. Τη νύχτα ξέσπασαν κάποιες μάχες, πιθανώς από σύγχυση ή λόγω ομάδων ανταρτών που συμμετείχαν στην περιβόητη δολοφονία. Αυτό οδήγησε στη μάχη της Μπασόρα (γνωστή και ως μάχη της καμήλας), στην οποία το κόμμα του Αλί βγήκε νικητής. Μετά τη μάχη ο Αλί συνόδευσε την Αΐσα πίσω στη Μεδίνα με τιμές.
Η μάχη αυτή, ωστόσο, δεν τερμάτισε εντελώς την ένταση στη μουσουλμανική αυτοκρατορία. Σύντομα ο Αλί αμφισβητήθηκε από τον Μουαουίγια, τον κυβερνήτη των μουσουλμανικών επαρχιών της Συρίας. Έθεσε και αυτός το ζήτημα της τιμωρίας των δολοφόνων του Οθμάν και αρνήθηκε να αναγνωρίσει τον Αλί ως χαλίφη μέχρι να λυθεί το ζήτημα. Ο Μουαουίγια ήταν συγγενής του Οθμάν και ο στρατός του δεσμεύτηκε να προσαγάγει στη δικαιοσύνη τους δολοφόνους και όσους τους φιλοξενούσαν. Αυτή η αναφορά στους ανθρώπους που παρέχουν καταφύγιο στους δολοφόνους ήταν προς τον Αλί και τους οπαδούς του. Κατά συνέπεια, οι δύο ομάδες συναντήθηκαν και έδωσαν μια μάχη, που ονομάστηκε Μάχη του Σιφίν. Η μάχη αυτή έληξε ισόπαλη και έτσι οι δύο ομάδες αποφάσισαν τη διαιτησία, η οποία επίσης δεν οδήγησε σε καμία συγκεκριμένη απόφαση. Μια άλλη ομάδα μουσουλμάνων, οι Χαριτζίτες, οι οποίοι προηγουμένως ήταν μαζί με τον Αλί, τον απέρριψαν εν τω μεταξύ, επειδή θεώρησαν ότι δεν ακολουθούσε το αληθινό Ισλάμ και ότι διεκπεραίωνε τις υποθέσεις του χαλιφάτου σαν να ήταν δική του ιδιοκτησία.
Τα επόμενα χρόνια οι κυβερνήτες του Αλί δεν μπόρεσαν να αποτρέψουν την απώλεια επαρχιών από τον Μουαουίγια, ο οποίος αύξησε τη δύναμή του επεκτείνοντας περαιτέρω τον στρατό του. Ο Αλί είχε μεταφέρει την πρωτεύουσα του χαλιφάτου από τη Μεδίνα στην Κούφα το 656. Σκοτώθηκε από έναν δολοφόνο των Χαριτζήδων στην Κούφα το 661.