Μετά από μια κάπως ταραγμένη παιδική ηλικία, η Άννα υποβλήθηκε σε ψυχανάλυση από τον πατέρα της. Όταν η ανάλυσή της ολοκληρώθηκε το 1922, έγινε η ίδια ψυχαναλύτρια. Δίδαξε στο Ινστιτούτο Ψυχαναλυτικής Εκπαίδευσης της Βιέννης την τεχνική της παιδικής ανάλυσης. Από το 1925 έως το 1934 ήταν γραμματέας της Διεθνούς Ψυχαναλυτικής Ένωσης. Συνέχισε την παιδική ανάλυση και τα σεμινάρια και τα συνέδρια για το θέμα αυτό.
Μετά το Anschluss του 1938 οι Φρόιντ εγκατέλειψαν τη Βιέννη και ήρθαν στο Λονδίνο. Ο ίδιος ο Φρόιντ πέθαινε από καρκίνο, οπότε η Άννα ανέλαβε το νοικοκυριό. Η Άννα είχε μια επαγγελματική διαφωνία με τη Μέλανι Κλάιν, η οποία είχε έρθει στο Λονδίνο πολύ νωρίτερα και είχε ήδη καθιερωθεί ως παιδοψυχολόγος. Μια σειρά από "αμφιλεγόμενες συζητήσεις" πραγματοποιήθηκαν από τη Βρετανική Ψυχαναλυτική Εταιρεία. Οι συζητήσεις αφορούσαν την εκπαίδευση και τις ιδέες και των δύο μερών. Τελικά επιτεύχθηκε συμφωνία ότι και οι δύο "σχολές" θα έπρεπε να συνυπάρχουν μέσα στην Εταιρεία. Η Εταιρεία έχει πλέον τρία τμήματα εκπαίδευσης: Κλαϊνιανός, Φροϋδικός και Ανεξάρτητος.
Κατά τη διάρκεια του πολέμου, ο Φρόιντ μελέτησε την επίδραση της στέρησης της γονικής φροντίδας στα παιδιά. Δημιούργησε ένα κέντρο για μικρά θύματα του πολέμου, το οποίο ονομάστηκε "The Hampstead War Nursery". Εδώ τα παιδιά έπαιρναν ανάδοχη φροντίδα, ενώ οι μητέρες ενθαρρύνονταν να τα επισκέπτονται όσο το δυνατόν συχνότερα.
Το 1947, ο Φρόιντ και η Κέιτ Φριντλέντερ ίδρυσαν τα μαθήματα παιδοθεραπείας του Χάμπστεντ. Πέντε χρόνια αργότερα, προστέθηκε μια παιδική κλινική. Ο Φρόιντ άρχισε να δίνει διαλέξεις για την παιδική ψυχολογία.
Από τη δεκαετία του 1950 μέχρι το τέλος της ζωής της η Φρόιντ ταξίδευε τακτικά στις Ηνωμένες Πολιτείες για να δώσει διαλέξεις, να διδάξει και να επισκεφθεί φίλους. Κατά τη διάρκεια της δεκαετίας του 1970 ασχολήθηκε με τα προβλήματα των συναισθηματικά στερημένων και κοινωνικά μειονεκτούντων παιδιών. Στη Νομική Σχολή του Γέιλ δίδασκε σεμινάρια για το έγκλημα και την οικογένεια.
Ο Φρόιντ πέθανε στο Λονδίνο στις 9 Οκτωβρίου 1982. Αποτεφρώθηκε στο κρεματόριο Golders Green Crematorium και η τέφρα της τοποθετήθηκε σε μαρμάρινο ράφι δίπλα στην αρχαία ελληνική νεκρική λάρνακα των γονέων της. Εκεί αναπαύονται επίσης η ισόβια φίλη της Dorothy Burlingham και αρκετά άλλα μέλη της οικογένειας Freud.
