Η DeGeneres γεννήθηκε στο Ochsner Foundation Hospital στο Jefferson της Λουιζιάνα και είναι κόρη της Elizabeth Jane "Betty" Pfeffer DeGeneres, λογοθεραπεύτριας, και του Elliott Everett DeGeneres, ασφαλιστή. Έχει έναν αδελφό, τον Vance. Ο αδελφός της είναι μουσικός και παραγωγός. Έχει γαλλική, αγγλική, γερμανική και ιρλανδική καταγωγή. Ανατράφηκε ως χριστιανή επιστήμονας μέχρι την ηλικία των 13 ετών. Το 1973, οι γονείς της κατέθεσαν αίτηση χωρισμού και χώρισαν τον επόμενο χρόνο. Λίγο αργότερα, η μητέρα της Ellen παντρεύτηκε τον Roy Gruessendorf, έναν πωλητή. Η Betty Jane και η Ellen μετακόμισαν με τον Gruessendorf από την περιοχή της Νέας Ορλεάνης στην Ατλάντα του Τέξας. Ο Βανς έμεινε με τον πατέρα του.
Η DeGeneres αποφοίτησε από το Λύκειο της Ατλάντα τον Μάιο του 1976. Τα πρώτα χρόνια του λυκείου της ήταν στο Grace King High School στο Metairie της Λουιζιάνα. Επέστρεψε στη Νέα Ορλεάνη για να φοιτήσει στο Πανεπιστήμιο της Νέας Ορλεάνης, όπου σπούδασε σπουδές επικοινωνίας. Μετά από ένα εξάμηνο, εγκατέλειψε τη σχολή για να κάνει γραφική εργασία σε ένα δικηγορικό γραφείο με μια ξαδέλφη της, τη Laura Gillen. Είχε επίσης μια δουλειά ως πωλήτρια ρούχων στην αλυσίδα καταστημάτων Merry-Go-Round στο εμπορικό κέντρο Lakeside.
Οι πρώτες της δουλειές περιλάμβαναν εργασία στο J. C. Penney, σερβιτόρα στο TGI Friday's και σε ένα άλλο εστιατόριο, ελαιοχρωματιστή, οικοδέσποινα και μπάρμαν. Μιλάει για τις εμπειρίες της ως παιδί και στην εργασία της στο κωμικό της έργο.
Σε ένα επεισόδιο της εκπομπής The Ellen DeGeneres Show στις 9 Φεβρουαρίου 2011, η DeGeneres μοιράστηκε μια επιστολή από την Ιστορική Γενεαλογική Εταιρεία της Νέας Αγγλίας. Έλεγε ότι είναι η 15η εξαδέλφη της Catherine, Δούκισσας του Cambridge, μέσω του κοινού τους προγόνου Thomas Fairfax. Η Μαντόνα είναι η ενδέκατη ξαδέλφη της Ντε Τζένερις.