Το 1961, ο Χόνεκερ ήταν υπεύθυνος για την κατασκευή του τείχους του Βερολίνου. Το 1971, ξεκίνησε έναν πολιτικό αγώνα εξουσίας. Οι Σοβιετικοί τον υποστήριξαν, οπότε ο Χόνεκερ έγινε ο νέος ηγέτης ή Γενικός Γραμματέας του Κόμματος Σοσιαλιστικής Ενότητας, αντικαθιστώντας τον Βάλτερ Ούλμπριχτ. Το 1976, έγινε επίσης πρόεδρος του Συμβουλίου του Κράτους (Staatsratsvorsitzender).
Επί Χόνεκερ υπήρξε μεγάλη βελτίωση του βιοτικού επιπέδου, παρόλο που η ΛΔΓ είχε το υψηλότερο βιοτικό επίπεδο στις χώρες του ανατολικού μπλοκ. Διατέθηκαν περισσότερα καταναλωτικά αγαθά και επιταχύνθηκε η κατασκευή νέων κατοικιών.
Παρόλο που ο Χόνεκερ ήταν πιο προσεκτικός απέναντι στους πολίτες όσον αφορά τα αγαθά και τη στέγαση, δεν επέτρεψε την κριτική στην κυβέρνηση. Ο πιο προφανής τρόπος που αυτό φάνηκε ήταν το τείχος του Βερολίνου. Περίπου 125 πολίτες της Ανατολικής Γερμανίας σκοτώθηκαν κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου ενώ προσπαθούσαν να περάσουν τα σύνορα στο Δυτικό Βερολίνο.
Στις εξωτερικές σχέσεις, ο Χόνεκερ δεν θα επέτρεπε ποτέ μια ενωμένη Γερμανία. Ήταν πολύ πιστός στην ΕΣΣΔ, αλλά αποδέχτηκε την αποκλιμάκωση (δηλαδή να γίνει πιο φιλικός προς τις δυτικές χώρες). Υπό την κυβέρνησή του η Ανατολική Γερμανία έγινε ακόμη πιο φιλική προς τη Δυτική Γερμανία. Τον Σεπτέμβριο του 1987 έγινε ο πρώτος αρχηγός κράτους της Ανατολικής Γερμανίας που επισκέφθηκε τη Δυτική Γερμανία.
Στα τέλη της δεκαετίας του 1980 ο Σοβιετικός ηγέτης Μιχαήλ Γκορμπατσόφ εισήγαγε τη γκλάσνοστ και την περεστρόικα, μεταρρυθμίσεις για τη φιλελευθεροποίηση του κομμουνισμού. Ο Χόνεκερ και η κυβέρνηση της Ανατολικής Γερμανίας, ωστόσο, αρνήθηκαν να εφαρμόσουν παρόμοιες μεταρρυθμίσεις στη ΛΔΓ. Καθώς το μεταρρυθμιστικό κίνημα εξαπλώθηκε σε όλη την Κεντρική και Ανατολική Ευρώπη, υπήρξαν διαδηλώσεις κατά της ανατολικογερμανικής κυβέρνησης. Οι μεγαλύτερες ήταν οι διαδηλώσεις της Δευτέρας του 1989 στην πόλη της Λειψίας. Οι υπόλοιποι ηγέτες της DDR αποφάσισαν να απαλλαγούν από τον Χόνεκερ και τον ανάγκασαν να παραιτηθεί στις 18 Οκτωβρίου 1989. Τη θέση του ανέλαβε ο Έγκον Κρενζ.