Το Miserere mei, Deus είναι ένα μοτέτο που γράφτηκε για να τραγουδηθεί από δύο χορωδίες. Η μία χορωδία αποτελείται από πέντε φωνές - σοπράνο, άλτο, δύο τενόρους και μπάσο. Η δεύτερη χορωδία αποτελείται από δύο σοπράνο, άλτο και βαρύτονο. Η μία χορωδία τραγουδάει ένα απλό είδος μελωδίας που ονομάζεται fauxbourdon και βασίζεται σε ένα plainchant. Η άλλη τραγουδάει μια πιο περίπλοκη εκδοχή, με ένα κορυφαίο μέρος που φτάνει μέχρι το top C (η νότα δύο οκτάβες ψηλότερα από το μεσαίο C). Οι τραγουδιστές αυτοσχεδίαζαν επίσης ορισμένα μέρη της μουσικής, συνθέτοντας περίτεχνα διακοσμημένα μέρη. Αυτοί οι αυτοσχεδιασμοί δεν καταγράφονταν, αλλά περνούσαν από τραγουδιστή σε τραγουδιστή της χορωδίας.
Ο Allegri έγραψε το Miserere για να τραγουδιέται στην Καπέλα Σιξτίνα κατά τη διάρκεια των εορτασμών του Πάσχα. Κατά τη διάρκεια της λειτουργίας, η οποία ξεκινούσε στις 3.00 π.μ., έκαιγαν 27 κεριά. Ο Πάπας έσβηνε σταδιακά τα κεριά μέχρι να μείνει μόνο ένα αναμμένο. Το Miserere εκτελούνταν καθώς ο Πάπας προσευχόταν στην Αγία Τράπεζα με το μοναδικό κερί.
Αυτό το μουσικό κομμάτι έγινε πολύ δημοφιλές και το Βατικανό δεν ήθελε να το ερμηνεύσει κανένας άλλος. Κανείς δεν επιτρεπόταν να πάρει τη μουσική από το παρεκκλήσι ή να κάνει αντίγραφά της. Το Βατικανό ζήτησε τον αφορισμό οποιουδήποτε προσπαθούσε να κάνει αντίγραφο. Ωστόσο, μέχρι το 1770 υπήρχαν τρία γνωστά αντίγραφα της μουσικής. Ένα από αυτά δόθηκε στον αυτοκράτορα Λεοπόλδο Α' από τον Πάπα. Ο Βόλφγκανγκ Αμαντέους Μότσαρτ επισκέφθηκε την Καπέλα Σιξτίνα κατά τη διάρκεια μιας περιοδείας στην Ευρώπη με τον πατέρα του το 1770. Ήταν μόλις 14 ετών, αλλά άκουσε το έργο και έγραψε όλη τη μουσική από μνήμης αργότερα την ίδια μέρα. Μια δεύτερη επίσκεψη του επέτρεψε να ελέγξει ότι το είχε γράψει σωστά. Πιστεύεται ότι το αντίγραφο της μουσικής του Μότσαρτ στάλθηκε στην Αγγλία όπου εκδόθηκε από τον Δρ Charles Burney. Υποτίθεται ότι ο Μότσαρτ θα είχε γράψει τους αυτοσχεδιασμούς στο αντίγραφό του. Από την έκδοση του Burney λείπουν οι αυτοσχεδιασμοί, οπότε είναι πιθανό να τους αφαίρεσε και να κατέστρεψε το αντίγραφο του Mozart για να αποφύγει προβλήματα με την εκκλησία. Εκείνη την εποχή δεν υπήρχαν νόμοι περί πνευματικών δικαιωμάτων, οπότε το Βατικανό δεν μπορούσε να κάνει τίποτα γι' αυτό.
Πιστεύεται ότι η εκδοχή του Miserere mei Deus που εκτελείται σήμερα είναι πολύ διαφορετική από το έργο που συνέθεσε ο Allegri.
